TALLER DE MICROBIOLOGA

TERCER CORTE

Responde las siguientes preguntas.

1. QU ES TAXONOMA MICROBIANA Y DESCRIBA ALGUNAS

CARACTERSTICAS FENOTPICAS DE VALOR TAXONMICO.
La taxonoma de los microorganismos se refiere a las formas de clasificacin con sus
respectivos mtodos. La taxonoma se encarga de la clasificacin, identificacin y
nomenclatura de los organismos.
La clasificacin se relaciona con la agrupacin de los organismos en grupos o taxones en
funcin de semejanzas mutuas o del parentesco evolutivo -filogeniaLa nomenclatura se ocupa de la asignacin de nombres a grupos taxonmicos de acuerdo con
normas establecidas.
La identificacin determina a que taxn pertenece un determinado organismo.
La base en que se fundamenta la taxonoma microbiana se origina en la investigacin de las
relaciones filogenticas resultantes de la evolucin, la cual desemboc en las tres grandes
categoras o dominios denominados por Carl Woese:
* Arqueobacteria o Archaea
* Eubacteria o Bacteria comprende las cianobacterias, los micoplasmas y las llamadas
"bacterias verdaderas"
* Eucariota o Eukarya a este domino pertenecen los microorganismos de los reinos Protisto:
protozoos y algas y del reino Fungi: los hongos filamentosos y los unicelulares como las
levaduras y los organismos del reino Plantas y del reino Animal.
Estos dominios agrupan a los microorganismos conocidos a excepcin de los
microorganismos a celulares como los virus, viroides y priones. La distancia entre cada uno
de los grupos incluidos en cada dominio indica el grado de parentesco entre ellos.

http://datateca.unad.edu.co/contenidos/201504/micro/1_2_1clasifmicrobian
a.htm

2. DIGA CUALES SON LOS NIVELES TAXONMICOS USADOS EN

MICROBIOLOGA PARA LA CLASIFICACIN DE UN ORGANISMO
PROCARIOTA. D UN EJEMPLO
3. QU ES UNA ESPECIE EN MICROBIOLOGA? CUL ES LA DIFERENCIA
CON EL CONCEPTO DE ESPECIE PARA ANIMALES O PLANTAS
4. QUE CONTIENE EL MANUAL DE BERGEY Y CUL ES SU IMPORTANCIA
EN EL ANLISIS ECOLGICO DE COMUNIDADES

BERGEYS MANUAL
Catedrtico de bacteriologa de la Universidad de Pennsylvania.
En 1923, junto a cuatro colaboradores ms, publicaron un manual sobre caractersticas de las
bacterias de inters mdico, que poda utilizarse para la identificacin bacteriana.
Este manual, el Bergey's Manual of Determinative Bacteriology, ha sido utilizado en muchos
laboratorios de Microbiologa de todo el mundo.

5. DEFINA QUE ES UN ECOSISTEMA MICROBIANO Y COMO ES SU

ESTRUCTURA.
Un ecosistema se puede definir como, un crecimiento celular el cual forma poblaciones, stas
a su vez metablicamente relacionadas se denominan gremios; y los conjuntos de
agrupaciones interaccionan formando comunidades microbianas, que interaccionan con
comunidades de microrganismos y con el ambiente.
Los ecosistemas de los microorganismos son muy distintos desde el punto de vista de su
tamao. Algunos ecosistemas pueden tratarse, por ejemplo, de una laguna o de la regin
radical de una planta. Los ecosistemas pueden ser tambin tan pequeos como la cavidad
bucal humana, el estmago de los rumiantes, el intestino de muchos insectos o una porcin
intestinal.
En los hbitats microbianos, las poblaciones celulares raramente viven aisladas, por lo general
se relacionan con otras poblaciones en conjuntos llamados comunidades microbianas. En una

comunidad microbiana, la diversidad y abundancia de microorganismos est controlada por

los recursos (alimentos) y por las condiciones (temperatura, H, concentracin de oxgeno,
etc.) que existen en el medio.
http://www.academia.edu/4976251/Ecosistema_microbiano_LISTO

6. CUL ES EL PRINCIPIO DE LA COLUMNA WINOGRADSKY Y QUE TIPO

DE ORGANISMOS PERMITE CRECER? EXPLICA CON UN ESQUEMA.
La columna Winogradsky es un instrumento til para estudiar las relaciones entre
diferentes tipos de microorganismos en comunidades mixtas, y constituye una forma
de diferenciar microorganismos con metabolismos energticos muy variables, adems
de ser una estupenda prctica para comprobar cmo se establece un ecosistema
microbiano, ya que se puede reproducir en el laboratorio, un ecosistema natural
correspondiente a un sedimento con contenido orgnico de diferente origen (restos de
races de plantas, hojarasca etc.). Esta columna es un sistema completo y autnomo de
reciclaje, mantenido slo por la energa lumnica.
La columna aqu descrita se enfoca sobre todo al ciclo del azufre, pero se podra
desarrollar igualmente la reproduccin de otros ciclos biogeoqumicos equivalentes
para nitrgeno, carbono y otros elementos.
La construccin de una Columna de Winogradsky es sencilla; se realiza a partir de un
cilindro de vidrio o plstico transparente mediante la adicin de sedimento rico en
materia orgnica, una fuente de carbono y energa para la cadena trfica microbiana,
que bien puede ser tiras de papel de filtro o de papel peridico, una base de sulfato
(sulfato de calcio, anhidrita o yeso) y un agente tamponador del pH (carbonato de
calcio o fragmentos de piedra caliza), cubierto todo por arena de color claro y agua de
la propia fuente de donde se recogi el sedimento o bien agua destilada.

A lo largo de la Columna de Winogradsky (Fig. 1) se presentan zonas de

estratificacin con diversos organismos. En la zona inferior (zona anaerobia) se
desarrollan organismos que desempean procesos fermentativos produciendo alcohol
y cidos grasos como subproductos de su metabolismo. Estos productos metablicos
son a su vez el sustrato para el desarrollo de bacterias reductoras de sulfato. Como
resultado se liberan productos sulfurados que difunden a la zona superior creando un
gradiente de sulfuro de hidrgeno ascendente, donde bacterias prpuras y verdes se
estratifican segn su tolerancia al sulfuro de hidrogeno. En la zona media (zona
microaerfila) se disponen bacterias

sulfo-oxidadoras

aerobias

y bacterias

fotosintticas que utilizan el azufre. Por encima de esta zona pueden desarrollarse
aquellas bacterias prpuras que no utilizan el azufre. En la zona superior (zona
aerobia) crecen algas eucariotas y cianobacterias que liberan oxgeno manteniendo
aerobia esta zona.
file:///D:/SEPTIMO%20SEMESTRE/MICROBIOLOGIA/966-1205-1-PB.pdf

7. QUE SON LAS SONDAS DE CIDOS NUCLEICOS Y CUL ES SU

IMPORTANCIA PARA LA ECOLOGA MICROBIANA.
Las sondas de cido nucleico son nuevas y poderosas herramientas aportadas por la
biotecnologa que se emplean tanto en la investigacin bsica como para diagnosticar
enfermedades, por ejemplo, ciertas patologas hereditarias. La posibilidad de utilizarlas con el

fin de detectar diversos agentes patgenos, sea en el ser humano, en plantas o animales, ya ha
tenido importantes repercusiones econmicas. Baste citar su uso para controlar plagas
agrcolas y para seleccionar semillas sanas, libres de viroides o virus.
Las sondas de cidos nucleicos son fragmentos de cido desoxirribonucleico (ADN) o de
cido ribonucleico (ARN) marcados con algn elemento que les permite revelar, mediante
una seal, su presencia. Estos fragmentos pueden cumplir su tarea como sondas debido a que
tienen la capacidad de unirse a fragmentos complementarios eventualmente presentes en la
muestra que se desea analizar. La descripcin de la estructura de los cidos nucleicos nos
llevar a comprender hasta qu punto es inherente a ellos el unirse a un complemento.

Las molculas de cido nucleico son llamadas as por tener carcter cido y por haber sido,
primeramente, identificadas en el interior del ncleo de la clula. Actualmente sabemos que
los cidos nucleicos pueden ser encontrados tanto dentro como fuera del ncleo y que son
ellos los responsables por la herencia biolgica.
Las sondas de cido nucleico se utilizan habitualmente siguiendo un procedimiento que
consta de los siguientes pasos: extraccin de los cidos nucleicos de una suspensin celular;
separacin por digestin con enzimas adecuadas y electroforesis en gel de agarosa;
transferencia (blotting) a una membrana de soporte de nitrocelulosa o nylon e hibridacin
sobre la membrana con la sonda marcada.
Debido a las posibilidades de conocerla secuencia del ADN que se ha de utilizar como sonda
o la secuencia de amino cidos de la protena cuyo gene se desea identificar, en la actualidad
resulta posible sintetizar oligonucletidos (grupos de entre quince y cuarenta nucletidos
colocados de acuerdo a un orden conocido) que se pueden marcar mientras son producidos.
Estas estrategias de produccin de las sondas tienen una gran flexibilidad y permiten cubrir
buena parte de los requerimientos actuales.

Fuente original: http://www.escuelapedia.com/la-estructura-de-los-acidos-nucleicos/

8. EXPLICA POR QU LA PRODUCCIN DE CLULAS EN EL AMBIENTE

NATURAL ES MUCHO MENOR QUE EN EL LABORATORIO?
La
produccin de clulas en el ambiente es mucho menor que en el laboratorio, debido a
algunas caractersticas del medio natural:
Disponibilidad de nutrientes, suele ser baja.
La distribucin de dichos nutrientes a lo largo del hbitat microbiano no suele ser
uniforme.
Salvo raras excepciones los microorganismos no se encuentran en cultivos axnicos en los
medios naturales, por lo que deben competir por los nutrientes.

9. QU VENTAJAS PRESENTAN LOS MTODOS DE CIDOS NUCLEICOS

(INDEPENDIENTES DE CULTIVO) DE LOS MTODOS TRADICIONALES
DE CULTIVO?
Los tradicionales mtodos microbiolgicos no permiten una comprensin completa de la
ecologa microbiana de estos sistemas complejos. Esto se debe principalmente a la capacidad
de ciertos microorganismos de crecer en medios microbiolgicos preferentemente con
respecto a otros. Adems, con estos mtodos, las clulas con estrs o daadas no pueden ser
detectados en las placas. En los ltimos 10 aos se han desarrollado nuevos mtodos basados

en el anlisis de los cidos nucleicos (DNA y RNA) que se extraen directamente de la muestra
sin necesidad de cultivo microbiano.

La dinmica microbiana de levaduras y bacterias se estudia desde los aos 1970 (Barnett et
al., 1972). Mediante el uso de los mtodos clsicos, se realizan recuentos de microorganismos
y se determina su diversidad en medios sintticos con agar, pero en algunos casos se requiere
un perodo de incubacin en medio lquido, para promover el crecimiento de
microorganismos especficos o seleccionarlos, ya que su aislamiento sera imposible sin este
paso. El gran inconveniente de los mtodos microbiolgicos clsicos dependientes de cultivo
es la imposibilidad de llegar a tener una visin precisa de la biodiversidad de estos
ecosistemas complejos. Al utilizar los mtodos de enriquecimiento y crecimiento en medios
microbiolgicos, la microbiota originalmente presente en la muestra es sometida a
importantes cambios debido a la capacidad de ciertas especies para dominar el entorno y
superar a los otros componentes microbianos. Por esta razn la poblacin numricamente
menos importante, o en condiciones de estrs, apenas es recuperada e identificada. Con los
mtodos dependientes de cultivo hay un alto riesgo de errores de identificacin de la ecologa
de los complejos ecosistemas microbianos (Hugenholtz et al., 1998).
A finales de los aos 1990, los enfoques moleculares abrieron nuevas fronteras en la
comprensin de la ecologa microbiana. Estos mtodos, llamados habitualmente como
independientes de cultivo, son capaces de detectar e identificar microorganismos directamente
en el sistema sin cultivarlos ni aislarlos, ya que analizan su DNA o RNA. Su novedad se basa
en la extraccin de los cidos nucleicos directamente de las matrices, los cuales
posteriormente son analizados por mtodos capaces de poner de relieve la diversidad

microbiana. Estudiando el DNA, es posible definir cuntas y cules son las especies
microbianas presentes en una muestra especfica, mientras que el estudio del RNA permite
entender cul es la parte metablicamente activa de la poblacin. ste es un aspecto muy
relevante en el caso de los alimentos fermentados, como el vino, donde es necesario estudiar
las especies que son responsables de la transformacin. Uno de los mtodos independientes de
cultivo ms populares y ms a menudo utilizado por los investigadores es la electroforesis en
gel con gradiente desnaturalizante (DGGE), junto con la reaccin en cadena de la polimerasa
(PCR). En la PCR-DGGE, los cidos nucleicos son sometidos a amplificacin con cebadores
universales, que son capaces de amplificar, en teora, todo el DNA o el RNA de bacterias y
levaduras presentes en un ecosistema especfico. Despus de la PCR, el amplicn estar
constituido por una mezcla de diferentes productos de amplificacin, que son ms
heterogneas si la diversidad biolgica en la muestra es compleja. Las secuencias de
nucletidos amplificados se separarn posteriormente con una electroforesis en un gel de
poliacrilamida con un gradiente qumico de los desnaturalizantes (urea y formamida). Cuando
las molculas de DNA encuentran el gradiente desnaturalizante capaz de abrir parcialmente
(desnaturalizar) la doble hlice, se produce un cambio en la movilidad electrofortica de la
molcula, que en un momento dado har que se detenga por completo en el gel. Dado que la
desnaturalizacin del DNA depende de su secuencia, las diferentes molculas de DNA tendrn
una movilidad electrofortica diferente. Con este enfoque entonces es posible diferenciar los
microorganismos presentes en el mismo ecosistema, siempre y cuando presenten regiones de
amplificacin con secuencias diferentes. Para las fermentaciones alcohlica y malolctica,
diversos estudios han puesto de relieve que para las levaduras el bucle D1-D2 del gen del
RNAr 26S (Cocolin et al., 2000) (fig. 1) y la regin V7-V8 del gen del RNAr 16S de bacterias
(Lpez et al., 2003) son ptimas para ser utilizadas en el estudio de la ecologa microbiana
durante la vinificacin.
http://www.acenologia.com/cienciaytecnologia/ecologia_microbiana_fermenta_2cienc0810.ht
m

10. QU TIPOS DE CONTAMINANTES SE PUEDEN ELIMINAR POR

BIORREMEDIACIN?

Qu es la biorremediacin?
La biorremediacin es el uso de seres vivos para restaurar ambientes contaminados. Es un
concepto que no se debe de confundir con depuracin. La depuracin es la eliminacin, ya sea
por mtodos fsico/qumicos o biolgicos, de un contaminante antes de que ste alcance el
medio ambiente. Cuando la contaminacin ya se ha producido, se precisa restaurar el
ecosistema contaminado, para lo que se pueden utilizar diversas estrategias. Una de ellas es la
biorremediacin.
Qu organismos participan?
Se pueden emplear diversos organismos en los procesos de biorremediacin. Los ms usados
son los microorganismos (tanto bacterias, como algas y hongos) y las plantas (en procesos
llamados fitorremediacin), pero tambin se pueden utilizar otros seres vivos tales como los
nematodos (vermiremediacin).
Entre los microorganismos destacan especialmente las bacterias, los seres vivos con mayor
capacidad metablica del planeta. Las bacterias pueden degradar prcticamente cualquier
sustancia orgnica. Si la sustancia se degrada completamente se habla de mineralizacin; este
es el proceso ideal, pero no siempre ocurre. Algunas sustancias no son degradadas sino
transformadas en otras (biotransformacin). La biotransformacin puede ser peligrosa, ya que
la nueva sustancia formada puede ser tan nociva o ms que la de partida. Finalmente hay
sustancias que no son degradadas y se las denomina recalcitrantes. stas se acumulan durante
mucho en el medio ambiente, especialmente si adems son resistentes a procesos
fsico/qumicos
como
la
radiacin
ultravioleta
o
la
oxidacin.
Las bacterias adems pueden eliminar los contaminantes en ambientes donde hay oxgeno
(llamados aerbicos), pero tambin en ambientes sin oxgeno (llamados anaerbicos), ya que
pueden respirar otras sustancias diferentes al oxgeno (aceptores de electrones), como por
ejemplo el nitrato, el sulfato, el hierro (III), el manganeso, el selenio y un largo etctera.
Qu tipos de contaminantes se pueden eliminar por biorremediacin?
Todos aquellos contaminantes que puedan ser degradados o transformados por los seres vivos
son susceptibles de ser eliminados mediante procesos de biorremediacin. Los compuestos
orgnicos suelen ser degradados total o parcialmente y eliminados por completo del
ecosistema. Por ejemplo, compuestos contaminantes tales como el tolueno, el fenol o los
polibifenilos clorados (PCBs) pueden ser utilizados como fuente de carbono por bacterias,

tanto en condiciones aerbicas como anaerbicas. Bacterias de los gneros Pseudomonas,

Ralstonia, Burkholderia o Mycobacterium pueden eliminar hidrocarburos aromticos como el
tolueno o el naftaleno, pesticidas como las atrazinas, aditivos de la gasolina como el tricloruro
de etilo o sustancias venenosas como el cianuro potsico, tanto de ambientes slidos (suelos)
como lquidos (ros y mares).
Pero, adems muchas bacterias son capaces de modificar sustancias qumicas peligrosas,
transformndolas en otras menos txicas. As, algunas bacterias pueden reducir la
biodisponibilidad (hacerla menos accesible y por tanto menos txica) de metales pesados tales
como el mercurio, el arsnico, el cromo, el cadmio, el zinc o el cobre.

Figura: Ejemplo del empleo de bacterias para la eliminacin de unos contaminantes en capas
profundas del suelo. En este ejemplo las sustancias contaminantes estn haciendo peligrar un
acufero. Para su eliminacin se inyecta en el suelo nutriente y aceptores de electrones que
favorecen el crecimiento de microrganismos que acabarn eliminando la sustancia txica.
Qu utilidad tienen los microorganismos usados en biorremediacin?
El estudio de los procesos de biorremediacin tiene un gran inters, y no slo por las ventajas
que posee la restauracin de un ecosistema. Las bacterias responsables de la biorremediacin,
los procesos bioqumicos que llevan a las reacciones de degradacin, as como los genes que
codifican las enzimas responsables de estos procesos se estn analizando tanto para un
conocimiento desde un punto de vista bsico como aplicado. Conocer las protenas
responsables de estos procesos, as como los genes que codifican stas, como han

evolucionado y se han dispersado en los diferentes ecosistemas, permite conocer mejor la

evolucin ligada a procesos geoqumicos de nuestro planeta.
Adems ese conocimiento ha servido y est sirviendo para desarrollar herramientas de inters
biotecnolgico como por ejemplo, el uso de las bacterias, o parte de ellas en procesos de
biominera (extraccin de metales de inters usando bacterias), de bioproduccin de
sustancias de inters tales como bioplsticos o biopolmeros, energa (electricidad), sustancias
de inters farmacolgico, o enzimas que realizan procesos qumicos de una forma ms
eficiente y ms respetuosa con el medio ambiente que la industria qumica. Estas bacterias, o
parte de ellas tambin pueden ser usadas para desarrollar biosensores, sistemas de deteccin
de sustancias ms eficientes y rpidas que los tpicos anlisis qumicos. Todas estas
aplicaciones slo se han podido obtener despus de un profundo conocimiento de la biologa
molecular que subyace en los procesos de biorremediacin. Pero eso ser otro tema.
https://oldearth.wordpress.com/microbios-en-accion/biorremediacion-i-unaestrategia-para-eliminar-contaminantes-respetuosa-con-el-medio-ambiente/