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Fattori esogeni:

Chimici
Fisici
Biologici
Alimentari

Fattori endogeni:

Patologia eredo-familiare
Individualit genetica
Individualit epigenetica

Genoma umano:

Nucleare
o Geni e sequenze correlate ai geni:
Dna codificante (10%)
Dna non codificante (90%):
Pseudogeni
Frammenti genici
Introni
Sequenze non tradotte
o Dna extragenico:
Copia unica o livello basso di ripetizioni (80%)
Mediamente o altamente ripetuto (20%)
o Ripetizioni a tandem o a cluster
Dna satellite (centromeri)
Dna microsatellite (short tandem repeats)
Dna minisatellite (VNTR, telomeri)
o Ripetizioni intersperse (mediamente ripetuto no
tandem)
Classe I Retrotrasposoni:
Long terminal repeats
LINE
SINE (Alu)
Classe II Trasposoni
Mitocondriale (no introni, geni multimerici), 37 geni:
o 22 tRna
o 2 rRna (23S e 16S)
o 13 proteine

Gradi di complessit DNA:

Dna svolto, sequenza primaria2nm


Cromatina svolta (nucleosomi composti da dna+istoni), collana di perle11nm
Fibre di cromatina30nm
Cromatina avvolta in anse (domain circolari)300nm
Cromatina superavvolta (700nm)
Cromosoma (in metafase)1400nm

3 paradossi della biologia:

La complessit di un organismo non dipende dal numero di cromosomi (K-value)


La complessit di un organismo non dipende dal numero di geni (N-value)
La complessit di un organismo non dipende dalle dimensioni del genoma (Cvalue)

Ingresso molecole nel nucleo (poro nucleare):

Ingresso diretto (ormoni steroidei), azione 1:1


Signal trasduction (amplificazione del segnale):
o Importina si lega a segnale NLS allN-terminale della proteina
o Entra nel nucleo e lega Ran-GTP
o Proteina si dissocia
o Ran-GTP+importina escono dal nucleo
o Idrolisi GTP a GDP e distacco importina

Varianti strutturali genoma (2100-2500 oltre alle SNP):

SNP (99,9% del totale)


SSR (Short sequence repeat)
CNV (Copy number variation)
Delezioni
Inserzioni Alu
Inserzioni L1
Inserzioni SVA
Inversioni

Filtri (diaframmi) delle mutazioni:

Patogeniche (eredo-familiari)
Predisponenti (polimorfismi che si correlano statisticamente a malattie)
Neutre (non si pu definire correlazione con malattie)

Promotori:

Rna pol I (rRNA 28S, 18S, 5.8S):


o UCE (Upstream control element) a -100
o CPE (Core promoter element) da -45 a +20: sito dinizio
o UBF e SL1 legano UCE e CPE
o Fattore di terminazione si lega al DNA a valle del sito di terminazione
Rna pol II (mRNA, snoRNA e alcuni sn RNA):
o Upstream elements
GC box
BRE (riconoscimento di TFIIB)
CBF: lega CCAAT box
Enhancer e silencer (p.e PDX1 per gene insulina)
o TATA box (al -25) a cui si lega TBP con fattori TAF
o Sequenza YYANTAYY (elemento inziatore consenso)
o Promotori non canonici: Inr+DPE (Downstream promoter element)
o Estremit 3 determinata da un taglio enzimatico
Rna pol III (rRNA 5S, tRNA e alcuni snRNA):
o 2 core promoter in regione trascritta legati entrambi da TFIIIC
o Terminazione dopo una fila di U che destabilizza ibrido DNA-RNA

Capping mRNA (cappuccio di 7-metil guanosina) al 5:

1. Perdita di gamma-fosfato dal nucleotide al 5


2. Aggiunta di GMP
3. Metilazione dellatomo di N al 7 della guanosina e e del carbonio 2 del ribosio
sul nucleotide adiacente (si forma legame trifosfato 5-5)
Mutazioni SNP sinonime (codon usage) incidono sul fenotipo modificando:

Cinetica di traduzione
Struttura e stabilit mRNA
Splicing alternativi

Sequenze inizio traduzione RBS (ribosome binding site):

Procarioti: sequenza di Shine-Dalgarno (AGGAGG) 10 nucleotidi prima di AUG


Eucarioti: sequenza di Kozac (A/GCC-ACC-AUG-G)

Splicing mRNA:

Donor site al 5 (GT)


Acceptor site al 3 (AG)
Branch site (A) vicino ad acceptor site (<20 nucleotidi)
SnRNP: U1 (si lega a donor), U2 (si lega a branch), U4/5/6 (formano complesso
in cui U5 lega sia donor che branch)

Poliadenilazione al 3:

in un sito circa 15-30 nucleotidi dopo sequenza AAUAAA dellmRNA


dipende anche da segnali downstram (p.e. complesso alfa nellmRNA dellalfaglobina) al 3 UTR

Alterazioni delle sequenze di splicing possono determinare:

Exon skipping (scelta di cassette di esoni, p.e. troponina)


Intron ritention (p.e transposasi)
Splicing alternativi (sia al 3 che al 5)
Uso di siti criptici nellintrone
Promoter alternativi (p.e miosina)
Diversi siti di clivaggio/poliA (p.e. tropomiosina)

Sequenze di destinazione proteica:

RE: peptide segnale N-terminale


Mitocondri: peptide segnale N-terminale
Nucleo: sequenza aa interna
Lisosoma: residui di mannosio-6-fosfato

Complesso HLA (cromosoma 6):

HLA classe I (geni A-B-C)


o B27 e B57: resistenza a progressione HIV
o B35: suscettibilit a progressione HIV
o B53: resistenza a malaria
HLA classe II (geni DP-DQ-DR)
o DRB1*1302: resistenza a malaria e a persistenza HBV
o DPB1: resistenza a tubercolosi
o DQB1: resistenza a lebbra ma suscettibilit a tubercolosi

HLA classe 3 (proteine complemento, TNF, ormoni steroidei come CYP e heatshock proteins)

Polimorfismi genetici e fattori di rischio per aterosclerosi e malattia


coronarica:

ApoE (2/3/4)
Lipasi epatica (polimorfismo del promotore)
Fibrinogeno e plasminogeno (polimorfismo del promotore)
Fattore VIII e recettore beta2-adrenergico (polimorfismo missenso)
Angiotensinogeno (polimorfismo sia missenso che promotore)
ACE (polimorfismo inserzione-delezione)
Apo A1-C3-A4: polimorfismi multipli

Farmacogenetica/farmacocinetica (metabolismo del farmaco):

Assorbimento (penetrazione)
Distribuzione
Metabolismo (catabolismo/anabolismo)
Escrezioni

Farmacogenomica/farmacodinamica (efficacia, meccanismo dazione e target


del farmaco):

Recettori
Canali ionici
Enzimi
Proteine

Metabolizzatori:

Metabolizzatore
Metabolizzatore
Metabolizzatore
Metabolizzatore

povero
intermedio (24-36%)
normale (43-73%)
ultra-rapido (5%)

Personalized medicine:

Biopsia del tumore:


o Genoma
o Trascrittoma
o Proteinoma
Coltura del tumore

Microbioma (si evolve durante la vita):

Batteriodeti e firmicuti, vengono modificati da antibiotici o patologie:


o Allergie: aumento proteobatteri e IL-4
o Antibiotici: diminuzione batterioidi
o Obesit: aumento firmicuti, TNF-alfa e IL1beta, diminuzione batteriodeti
o Morbo di Crohn: diminuzione firmicuti

Mutazioni (fissate dopo 2 cicli di replicazione):

Ereditate
Indotte da mutageni
o Fisici

o Chimici
o Biologici
Spontanee (de novo)
o Non disgiunzioni cromosomiche
o Errori nella replicazione DNA
o Errori nella riparazione DNA

Categorie delle malattie genetiche:

Genetiche monogeniche (max correlazione genotipo-fenotipo, penetranza ed


espressivit)
o A trasmissione mendeliana:
Dominanti
Recessive
o Ad eredit atipica:
Da espansioni di triplette
Da geni mitocondriali
Da imprinting (delezione eterozigote, disomia uniparentale)
o Trasmissione sessuale
Anomalie cromosomiche:
o Numeriche:
Aneuploidia: monosomia, trisomia
Poliploidia (incompatibile col concepimento, presente nei tumori)
o Strutturali (bilanciate o non-bilanciate):
Traslocazioni (intra o intercromosomica):
Reciproche
Non reciproche (Robertsoniana, fusione centrica)
Delezioni
Duplicazioni
Inversione
o Alterazioni post-zigotiche:
Mosaicismi: cellule differenti dallo stesso zigote (Mosaicismo
gonadico: osteogenesi imperfetta)
Chimere: cellule differenti da 2 zigoti diversi
Errori congeniti del metabolismo
Tratti complessi (multigenici) o multifattoriali

Sistemi di riparazione del DNA:

Base excission repair (BER): AP endonucleasi, contro danni da raggi X, agenti


alchilanti e radicali dellossigeno che causano rottura su catena singola.
Nucleoside excision repair (NER): contro danni da raggi UV e radicali
dellossigeno che causano formazione di dimeri di pirimidina.
o Global genomic: TFIIH (XPD elicasi, XPB ATPasi)
o Associata alla trascrizione (CSA, CSB)
Riparazione ricombinazionale: contro danni da raggi X e raggi UV, radicali
dellossigeno che causano rottura su entrambe le catene.
o Ricombinazione omologa (HR): ATM, senza possibilit di errore essendo
omologa
o Non homologus end joining (NHEJ): ricombina senza omologia
Riparazione mismatch (MMR, 10 geni): contro errori di replicazione che causano
appaiamenti scorretti, delezioni e inserzioni.
Direct reversal (DR): contro metilazione non-enzimatica del DNA causata da Sadenosilmetionina, che causa formazione di O-6-metilguanine.

MGMT: test nella terapia del glioblastoma

Alleli alta frequenza/bassa penetranza (punto di vista epidemiologico):

APC I1307K: adenocarcinoma del colon


ApoE4: malattia di Alzheimer
Factor V Leiden: trombosi venosa
deltaCCR5 (delezione di 32bp dal gene CMKBR5): resistenza a HIV

Alleli bassa frequenza/alta penetranza (maggiori successi, fattori di rischio


relativo alti):

HNPCC: adenocarcinoma del colon


BRCA1 e 2: adenocarcinoma della mammella e dellovaio
MODY 1,2,3: diabete
Alfa-sinucleina: morbo di Parkinson

Correlazione apoE4-Alzheimer:

Omozigosi apoE4: insorgenza prematura della malattia


Eterozigosi apoE3/apoE4: alto rischio relativo per presenza di apoE4
Omozigosi apoE2: protezione contro Alzheimer ma alterazioni di tipo lipidologico
Eterozigosi apoE2/apoE4: cambia incidenza
Omozigosi apoE3/apoE3: rischio minimo