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INTRODUCCIN
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Introduccin
2. INTRODUCCIN
2.1. ASPECTOS HISTRICOS Y PERSPECTIVAS DE LA TAXONOMA
BACTERIANA.
Posiblemente, con la aparicin de la segunda edicin del tratado The Procaryotes,
publicado hace catorce aos, desglosado en cuatro volmenes y editado por A.
Balows, H.G.Trper, H. Dworkin, W. Harder y K.H. Schleifer (1991), se ha consolidado
una nueva visin, un nuevo enfoque, en el estudio de la taxonoma bacteriana. Segn
sus autores trata de la ecofisiologa, aislamiento, identificacin y aplicaciones de la
biologa de las bacterias.
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Estudio taxonmico polifsico de bacterias procedentes de ambientes antrticos: descripcin de cuatro nuevas especies.
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Introduccin
En 1872, Cohn, asigna por vez primera a las bacterias una naturaleza vegetal y
distingue 6 gneros: Micrococcus (esfricos), Bacterium (bacilos cortos), Bacillus
(bacilos largos), Vibrio (bacilos largos ligeramente curvados), Spirillum (espirales
rgidas) y Spirochaeta (espirales flexibles).
En 1895 Migula distingue dos rdenes, el de las Thiobacteriales o bacterias del azufre
y el orden de las Eubacteriales o bacterias verdaderas; las Eubacteriales las ordena a
su vez en 4 familias:
1. Familia Coccaceae, que comprende las formas esfricas y que a su vez clasifica
de acuerdo a la movilidad:
2. Familia Bacteriaceae, que incluye las formas bacilares y que clasifica a vez en
funcin de la movilidad en los siguientes gneros:
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Estudio taxonmico polifsico de bacterias procedentes de ambientes antrticos: descripcin de cuatro nuevas especies.
3. Familia Spirillaceae, que comprende las formas curvadas y en la que distingue los
siguientes gneros:
Figura 2.2: Lminas I, II, III y IV. Imgenes extraordinarias de distintas especies
bacterianas obtenidas por Migula, obviamente con la denominacin recogida por el
autor (System der Bakterien. Migula 1897).
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Introduccin
Lmina I)
1.
2.
3.
4.
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5.
6.
7.
8.
Estudio taxonmico polifsico de bacterias procedentes de ambientes antrticos: descripcin de cuatro nuevas especies.
Lmina II)
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
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Bacillus vulgaris
Bacillus typhi
Bacillus suicida
Bacillus typhimurium
Introduccin
Lmina III)
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
Microspira comma
Microspira smithii
Microspira nigricans
Spirillum serpens
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Spirillum undula
Spirillum undula
Thiospirillum rufum
Spirillum rubrum
Estudio taxonmico polifsico de bacterias procedentes de ambientes antrticos: descripcin de cuatro nuevas especies.
Lmina IV)
1.
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4.
5.
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7.
8.
Bacillus typhi
Bacillus coli
Microspira comma
Bacterium septatum
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Bacterium anthracis
Bacterium anthracis
Pseudomonas capsulata
Bacillus oxalaticus
Introduccin
1) Oxidobacteriaceas o grandes
proteicos y de hidrgeno.
2) Actinomycetaceas que comprenderan aquellas bacterias con tendencia
a formar micelios ramificados.
3) Rhodobacteriaceas o bacterias purpreas.
4) Trichobacteriaceas o bacterias filamentosas y acuticas ligadas al
metabolismo del hierro.
5) Luminibacteriaceas o bacterias luminiscentes.
6) Rheducibacteriaceas o bacterias con actividades reductoras.
mediante
una
flagelacin
peritrica.
En
general
son
bacterias
bacterias
anaerbicas
responsables
de
putrefacciones.
Entre los aos 1914 y 1920 aparece otro sistema de clasificacin bacteriana que tuvo
una gran aceptacin entre los bacterilogos mdicos. Es la clasificacin de Lehmann y
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Estudio taxonmico polifsico de bacterias procedentes de ambientes antrticos: descripcin de cuatro nuevas especies.
Neumann. Estos autores introducen las bacterias de tipo fungceo en un grupo a parte
constituido por tres gneros de inters:
Otro grupo convencional sera el de las Bacteriaceas que son las formas bacilares y
en el que aparecen dos gneros de referencia:
9. Vibrio que incluye las formas curvadas con uno o dos flagelos polares.
10. Spirillum que corresponde a formas espirales largas y rgidas.
11. Spirochaeta que corresponde a formas espirales largas y flexibles sin flagelos.
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Introduccin
Con estas caractersticas haba que reconocer una relativa semejanza morfolgica
entre Eubacteriales y Pseudomonadales. Las primeras agruparan preferentemente a
bacterias provistas de flagelacin peritrica y metabolismo fermentativo mientras que
las Pseudomonadales comprenderan elementos de metabolismo oxidativo y
flagelacin polar. Esta diferenciacin no es muy rigurosa y los mismos autores del 1er
Bergeys Manual of Determinative Bacteriology reconocen errores como el caso de
Chromobacterium en el que la posicin del flagelo polar o peritrica depende de las
condiciones culturales. Este tratado se basa en la ordenacin de las bacterias
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Estudio taxonmico polifsico de bacterias procedentes de ambientes antrticos: descripcin de cuatro nuevas especies.
1. Azotobacteriaceae
7. Micrococcaceae
2. Rhizobiaceae
8. Neisseriaceae
3. Achromobacteriaceae
9. Brevibacteriaceae
4. Enterobacteriaceae
10. Lactobacillaceae
5. Brucelaceae
11. Bacillaceae
6. Bacteroidaceae
12. Propionibacteriaceae
13. Corynebacteriaceae
Esta agrupacin familiar se puede redistribuir en funcin del Gram de modo que se
puede hablar de las familias constituidas por:
Eubacterias Gram negativas:
1. Actinomycetaceaes
o bacterias
que
recuerdan
por
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su
morfologa
Introduccin
Poco a poco surge el germen del concepto moderno de los grandes grupos
bacterianos, en algunos casos con sistemas taxonmicos poco afortunados, nos
referimos a la taxonoma impuesta por la escuela francesa de Prvot y la rusa de
Krassilnikov.
Prvot, en su libro de Sistemtica Bacteriana (1961), firmado como jefe de Servicio del
Instituto Pasteur y miembro del Comit Internacional de Nomenclatura Bacteriana,
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Estudio taxonmico polifsico de bacterias procedentes de ambientes antrticos: descripcin de cuatro nuevas especies.
seala los inmensos progresos que se han producido durante aquellos aos en el rea
de la bacteriologa.
Prvot comenta, por otra parte, la importancia del Bergeys Manual, aunque su
impresin es, en general, desfavorable. Un ejemplo puede ser el caso de las
Thiobacteriales, grupo muy homogneo que utiliza el H2S como metabolito energtico,
con una singularidad suficiente en la que destaca el mecanismo fotosinttico mediante
sus bacterioclorofilas y la presencia o no de pigmentos carotenoideos rojos. En
cambio, el Manual Bergey escinde a este grupo y ubica a sus representantes en las
Pseudomonadales si poseen un flagelo polar o en Beggiatoales si carecen de esta
estructura.
Figura 2.4. Distribucin de los principales grupos bacterianos segn Prvot (1961).
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Introduccin
Sin embargo, bien es cierto que Prvot distribuye a los principales grupos bacterianos
de un modo muy personal, con ciertas connotaciones que recuerdan terminologas
eucariotas. Distingue a las Eubacterias o bacterias verdaderas, Mycobacterias o
bacterias afines a los hongos, Algobacterias o bacterias afines a las algas y
Protozoobacterias o bacterias afines a los protozoos. En la figura 2.4. se representa la
distribucin de los principales grupos bacterianos segn este excelente microbilogo
francs especializado en bacterias anaerobias.
Krassilnikov, experto en bacterias del suelo y aguas, es muy crtico con otros grupos
de taxnomos. No duda en sealar las carencias de la primera edicin del Manual
Bergey as como los trabajos de Stanier y Van Niel. Comenta como en el Manual
Bergey formas muy distintas se consideran pertenecientes a un mismo grupo. Por
ejemplo, la familia Rhizobiaceae incluye bacterias tuberosas incoloras del gnero
Rhizobium
junto
organismos
coloreados
del
gnero
Chromobacterium
1. Actinomyceta
2. Eubacteria
3. Myxobacteria
4. Spirochaeta
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Estudio taxonmico polifsico de bacterias procedentes de ambientes antrticos: descripcin de cuatro nuevas especies.
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Actinomicetales
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Mycobacteriales
3.
Cocales
1. Eubacteriales
2. Chamydobacteriales
3. Ferribacteriales
4. Thiobacteriales
1. Spirochaetales
2. Chlamydozoales
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Introduccin
Los avances logrados en los ltimos aos en cuanto a los conocimientos sobre la
filogenia bacteriana condujeron a la creacin de una divisin denominada
Mendosicutes y dentro de ella a la clase Archaeobacteria. Ello puso de manifiesto que
el esquema procariota/eucariota no era tan concluyente puesto que dentro de los
procariotas era necesario distinguir entre Archaeobacteria y Eubacteria.
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Estudio taxonmico polifsico de bacterias procedentes de ambientes antrticos: descripcin de cuatro nuevas especies.
bacteriana,
se
introducen
las
variedades
(serovariedades,
Los criterios taxonmicos que se comentan han servido para aplicarse en esta nueva
edicin del Bergeys Manual of Systematic Bacteriology, aunque muchos de ellos ya se
haban aplicado en la 8 edicin del Bergeys Manual of Determinative Bacteriology.
En la divisin Firmicutes sus componentes poseen una pared bacteriana con las
caractersticas
de
las
bacterias
Gram
positivas.
No
comprenden
especies
fotosintticas.
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Introduccin
Divisin IV Mendosicutes
Clase I Archaebacteria: presentan compuestos atpicos en la composicin de la pared
celular y membranas.
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Estudio taxonmico polifsico de bacterias procedentes de ambientes antrticos: descripcin de cuatro nuevas especies.
Este Manual sigue una clasificacin muy abierta, slo en tres ocasiones se llega a la
categora taxonmica de Orden: Spirochaetales, Rickettiales y Chlamydiales. Adems
se reconocen 13 famlias, 3 de ellas alcanzan por vez primera esta categora;
Leptospiraceae, desmembrada de las Spirochetaceae; Legionellaceae de obligada
creacin como consecuencia del descubrimiento de Legionella pneumophila y la
tercera nueva familia Pasteurelaceae en la que se han integrado los tres gneros:
Pasteurella, Haemophilus y Actinobacillus.
As
mismo,
en
el
gnero
Pseudomonas
las
dificultades
encontradas
son
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Introduccin
Esta nueva edicin del Manual Bergey considera as mismo la idea resucitada en 1956
por Sneath de un nuevo sistema de clasificacin, la denominada taxonoma numrica
o Adansoniana; sugerida por el botnico Adanson a finales del siglo XVIII y cuyos
principios bsicos son los siguientes:
El pasado agosto del ao 2004 estaba prevista la publicacin del 2 volumen del
nuevo Manual Bergey. Su contenido se basa en el estudio y presentacin de las
Proteobacterias, desafortunadamente no conocemos el perfil que sobre estas
bacterias presentarn sus editores.
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Estudio taxonmico polifsico de bacterias procedentes de ambientes antrticos: descripcin de cuatro nuevas especies.
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Introduccin
Staphylococcus
Streptococcus
Enterococcus
Peptococcus
Peptostreptococcus
Neisseria
Branhamella
Moraxella
Acinetobacter
Veillonella
Bacillus
Clostridium
Lactobacillus
Listeria
Erysipelothrix
Propionibacterium
Corynebacterium
Mycobacterium (cidoresistente)
Nocardia (cido-resistente)
Actinomyces
Streptomyces
Brucella
Bordetella
Francisella
Pseudomonas
Enterobacteriaceae (E.coli)
Legionella
Vibrio
Campylobacter
Haemophilus
Pasteurella
Bacteroides
Fusobacterium
Bacterias inusuales
Spirochetas
Mycoplasmas
Treponema
Leptospira
Borrelia
Mycoplasma
Ureaplasma
Rickettsias y Chlamydias
(Parsitos intracelulares obligados)
Ehrlichia
Rickettsia
Coxiella
Chlamydia
Bartonella
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Estudio taxonmico polifsico de bacterias procedentes de ambientes antrticos: descripcin de cuatro nuevas especies.
Se pretenda crear una estrategia revolucionaria que paliase los graves defectos de
informacin que afectaban a la taxonoma bacteriana. Esta estrategia se basaba en la
posibilidad de utilizar diferencias entre genes o protenas para conocer parentescos y
dependencias entre seres vivos, en lugar de ceirse a caracteres anatmicos o
fisiolgicos.
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Introduccin
Desde que las relaciones bacterianas se han basado exclusivamente en una sola
molcula, RNA 16S o RNA 5S, se asume que las filogenias as inferidas representan
al organismo tal como es. Por otra parte, la relacin de las bacterias respecto a los
eucariotas no ha sido un objeto fructfero de discusin y en general pareca que haba
un acuerdo que afirmaba que las bacterias no estaban relacionadas entre s. Podra
entenderse al establecer una distincin importante entre las Cianobacterias y las
bacterias y en el rechazo en admitir a Mixobacterias y Espiroquetas en esquemas
taxonmicos usuales. En definitiva, exista una diversidad excesiva entre estos grupos
como para que los bacterilogos premoleculares se sintiesen conformes con el
concepto de que las bacterias fuesen un solo grupo monofiltico.
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Estudio taxonmico polifsico de bacterias procedentes de ambientes antrticos: descripcin de cuatro nuevas especies.
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Figura 2.7. Versin revisada del rbol de la vida. Mantiene una estructura ramificada
en la parte superior del dominio Eukarya y acepta que los eucariotas adquirieron de las
bacterias las mitocondrias y los cloroplastos. Incluye tambin una extensa trama de
enlaces transversales entre ramas, enlaces que se han distribuido al azar para
simbolizar el alto grado de transferencia lateral de un gen o un grupo, un fenmeno
persistente entre seres unicelulares. El rbol reformado se caracteriza tambin por
carecer de una clula nica en su raz; los tres dominios de la vida (Bacteria, Archaea
y Eukarya) se originaron probablemente a partir de una poblacin de clulas primitivas
cuyos genes fueron divergiendo.
Tal como se representa en la figura 2.7., otro enigma relativamente resuelto es el que
hace referencia a los organismos eucariticos. Tambin en este caso han resultado
muy tiles los estudios de filogenia molecular. Parece ser que la evolucin de la lnea
que condicionaba la aparicin del ncleo se produjo de una forma discontinua. As los
Microsporidia seran los organismos del dominio Eucarya ms primitivos. Como es
sabido, se trata de parsitos obligados carentes de mitocondrias que poseen un RNAm
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Estudio taxonmico polifsico de bacterias procedentes de ambientes antrticos: descripcin de cuatro nuevas especies.
La figura 2.7. presenta una visin de conjunto de los principales grupos taxonmicos
que figuran en el tratado The Procaryotes. Est basada fundamentalmente en el
anlisis del rRNA 16S. Adems se apoya en otros parmetros filogenticamente
distintos que comprenden agrupaciones de datos basados en la determinacin de las
secuencias del RNA ribosmico, secuencias de la transcriptasa reversa (RT),
hibridacin DNA / rRNA, anlisis de la secuencia de genes o productos gnicos, factor
de elongacin (Ef), Ferredoxina (Ferr) y Citocromo C (Cytc), entre otros.
Hay otros datos que resultan interesantes respecto al estudio de la similitud entre dos
organismos y que se basan en la Tm (temperatura de fusin). Se ha comprobado que
aquellas especies que muestran una homologa superior al 60% no suelen diferir en
ms de un 2% en el valor de la Tm. Como afirma Stakerbrandt, este parmetro
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Introduccin
Ocurre en ocasiones que taxones que han sido fenotpicamente descritos de una
forma adecuada pueden variar de una forma significativa en su profundidad
filogentica, por ejemplo, el tiempo relativo que ha transcurrido entre dos
representantes relacionados procedentes de un ancestro comn.
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Estudio taxonmico polifsico de bacterias procedentes de ambientes antrticos: descripcin de cuatro nuevas especies.
Actualmente, para los genes rRNA 16S, el grado de variacin entre los miembros de
un gnero puede oscilar entre valores que estn por encima del 95% (es el caso de los
estreptomicetos), hasta valores mucho ms significativos (alrededor el 78% para
espiroquetas).
Los miembros del primer grupo de edad han surgido durante la fase anaerbica de
la evolucin. Las especies descritas en este grupo suelen encontrarse bien
separadas, como se demuestra mediante la hibridacin DNA/DNA. Se han
encontrado gneros representativos de este grupo en algunas familias de bacterias
metanognicas, as como en los casos de Bacteriodes, Spirochaeta y Clostridium y
otras lneas que precisan reclasificarse. Se ha de tener presente que aos atrs se
tena en cuenta una seleccin subjetiva de ciertos rasgos fenotpicos usados para
la descripcin de un taxn, por ejemplo, una seleccin adecuada de algunos
parmetros, como la existencia de un proceso fermentativo, la formacin de
esporas, coloracin de Gram, morfologa, etc., que no permiten una determinacin
taxonmica exacta de la bacteria que se estudia. En este sentido es interesante
sealar que ciertos rasgos fenotpicos han permanecido inalterables durante
millones de aos.
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Introduccin
Este planteamiento parte de publicaciones que han surgido a partir de los ltimos
veinte aos y que, como es lgico, han producido una alteracin importante en
diversos captulos de la microbiologa. Hay zonas del conocimiento, sobre todo
aquellas que se refieren al ciclo de los elementos que estn relacionadas con
microorganismos desconocidos integrados en consorcios.
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Estudio taxonmico polifsico de bacterias procedentes de ambientes antrticos: descripcin de cuatro nuevas especies.
En este sentido cabe destacar al grupo de investigadores del Proyecto Base de Datos
Ribosmicos (RDP) que ya han logrado secuenciar cien mil casos del gene 16S. El
nmero de las secuencias conocidas se ha duplicado en los ltimos meses. El valor de
este archivo de datos es impresionante y permite llevar a cabo un estudio comparado
entre numerosos microorganismos. A mediados de noviembre de 2004 ya se dispona
de bases de datos completos para 168 organismos procariotas, 18 eran
arqueobacterias y 150 bacterias. Fox (2005), en un artculo, hace referencia a los
datos aportados por Norman Pace, en los que seala que esta progresin en el
conocimiento de la taxonoma ha conducido a un avance tal que en 1987 se
reconocan 12 Divisiones, con representantes cultivables en todas ellas, mientras que
en el ao 2004 ya se hablaba de 80 divisiones bacterianas y slo 26 contenan
representantes cultivables. Es claro que a partir de los datos obtenidos de las
secuencias es posible construir clases naturales y evitar que la clasificacin de los
seres vivos en general, y de las bacterias en particular, se apoye exclusivamente en
datos proporcionados por algunas propiedades fsicas y qumicas que conducen a una
clasificacin bacteriana muy sesgada, carente de metodologa rigurosa.
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Estudio taxonmico polifsico de bacterias procedentes de ambientes antrticos: descripcin de cuatro nuevas especies.
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