El canto de los grillos, Mxico: Imprenta Universitaria, 1958.
La feria distante, Mxico: Cuadernos del Viento, 1959. Doce y una, trece, Mxico: UNAM, 1961. Catlogo razonado, Mxico: Premi Editora, 1982. POESA Rquiem y elega, Mxico: Edicin privada, 1969. CUENTO La noche, Mxico: ERA, 1963. Imagen primera, Mxico: Universidad Veracruzana, 1963. Encuentros, Mxico: FCE, 1972. Figuraciones, Mxico: FCE., 1982. Cinco mujeres, Mxico: conaculta/Del Equilibrista, 1995. NOVELA Figura de paja, Mxico: Mortz, 1964. La casa en la playa, Mxico: Mortz, 1966. La presencia lejana, Montevideo: Arca, 1968. La cabaa, Mxico: Mortz, 1969. La vida perdurable, Mxico: Mortz, 1970. El nombre olvidado, Mxico: ERA, 1970. El libro, Mxico: Siglo XXI, 1970. La invitacin, Mxico: Mortiz, 1972. Unin, Mxico: Mortiz, 1974. El gato, Buenos Aires: Sudamericana, 1974. Crnica de la Intervencin, 2 t., Barcelona: Bruguera, 1982. De Anima, Mxico: Montesinos, 1984. Inmaculada o los placeres de la inocencia, Mxico: FCE., 1989. Pasado presente, Mxico: FCE., 1993. ENSAYO Cruce de caminos, Mxico: Universidad Veracruzana, 1965. Nueva visin de Klee, Mxico: Librera Madero, 1966. Rufino Tamayo, Mxico: Galera Misrachi, 1967. Desconsideraciones, Mxico: Mortiz, 1968. La aparicin de lo invisible, Mxico: Siglo XXI, 1968. Nueve pintores mexicanos, Mxico: ERA, 1968. Entrada en materia, Mxico: UNAM, 1968. Manuel lvarez Bravo, Mxico, 1968. Cinco ensayos, Mxico: Universidad de Guanajuato, 1969. El reino milenario, Montevideo: Arca, 1970. Vicente Rojo, Mxico: UNAM, 1971. Thomas Mann vivo, Mxico: ERA, 1972. Joaqun Clausell, Mxico: Fondo Editorial de la Plstica Mexicana, 1973. Trazos, Mxico: UNAM, 1974. Leonora Carrington, Mxico: ERA, 1974. Manuel Felgurez, Mxico: ERA, 1974. Teologa y pornografa, Pierre Klossowski en su obra: una descripcin, Mxico: ERA, 1975. La errancia sin fin: Musil, Borges, Klossowski, Barcelona: Anagrama, 1981. Diferencia y continuidad (Aforismos de Juan Garca Ponce que acompaan a 24 serigrafas de Manuel Felguerez), Mxico: Multiarte, 1982. Las huellas de la voz, Mxico: Coma, 1982.
Una lectura pseudognstica de la pintura de Balthus, Mxico: El Equilibrista, 1987.
Imgenes y visiones, Mxico: Vuelta, 1988. Las formas de la imaginacin: Vicente Rojo en su pintura, Mxico: FCE, 1992. Ante los demonios, Mxico: UNAM/El equilibrista, 1993. De viejos y nuevos amores, Volumen 1: Arte, Mxico: Mortiz/Planeta, 1998. De viejos y nuevos amores, Volumen 2: Literatura, Mxico: Mortiz/Planeta, 1998. Tres voces. Ensayos sobre Thomas Mann, Heimito von Doderer y Robert Musil, Mxico: Editorial Aldus, 2000. Entre las lneas, entre las vidas, Mxico: Oceano, 2001. AUTOBIOGRAFAS Juan Garca Ponce. Nuevos escritores mexicanos del siglo xx presentados por s mismos, Mxico: Empresas editoriales, 1966. Personas, lugares y anexas, Mxico: Mortiz, 1996. ANTOLOGAS Apariciones (Antologa de ensayos), Seleccin y prlogo de Daniel Goldin, Mxico: FCE., 1987. El gato y otros cuentos, Mxico: FCE, 1995. Cuentos completos, Prlogo de Christopher Domnguez, Mxico: Seix Barral, 1997. Novelas breves, Mxico: Alfaguara, 1997. Obras de un escritor yucateco sobre su tierra: Juan Garca Ponce, 2 t., Mrida: Ediciones de la Universidad Autnoma de Yucatn, 1997. TRADUCCIN William Styron, La larga marcha, Mxico: Mortiz, 1965. Herber Marcuse, Eros y civilizacin, Mxico: Mortiz, 1965. Herbert Marcuse, El nombre unidimensional, Mxico: Mortiz, 1968. Herbert Marcuse, Un ensayo sobre la liberacin, Mxico: Mortiz, 1968. Pierre Klossowski. La revocacin del Edicto de Nantes, Mxico: ERA, 1975. Pierre Klossowski, La vocacin suspendida, Mxico: ERA, 1976. Pierre Klossowski, Roberte esta noche, Mxico: ERA, 1976. Pierre Klossowski, El Baphomet, Valencia: Pre-Textos, 1980. CASET Tajimara: voz del autor. La direccin de literatura de la UNAM ha reeditado en disco compacto Tajimara. La edicin original de Tajimara para Voz Viva de Mxico se hizo en acetato. La presentacin entonces era de Huberto Batis. Ahora, la reedicin en disco compacto es presentada por Christopher Domnguez Michael, quien apunta al principio de su texto: "Juan Garca Ponce concita una devocin inslita entre los escritores mexicanos. Tirios y troyanos, letrados y pintores de diferentes corrientes artsticas y polticas, dueos de caracteres fuertemente contrastados, solemos hacer una tregua de admiracin ante Garca Ponce: su amor a la literatura est por encima de nuestras querellas". "Tajimara" es un cuento extrado del libro La noche. Ahora, subraya Domnguez Michael, grabado en un disco en voz del autor se convierte en "un documento".