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3. Extensin/Elongacin de la cadena
En la tercera etapa, la polimerasa sintetiza una nueva hebra de ADN
complementario a la hebra molde, aadiendo los dNTPs complementarios en
direccin 5` 3` uniendo el grupo 5`-fosfato de los dNTPs con el grupo 3`-hidroxilo
del final de la hebra de ADN creciente. La temperatura en esta etapa depende de
la ADN polimerasa que se utilice. Para la Taq polimerasa, la temperatura de
mxima actividad est entre 74-80C, aunque por lo general se usa 74C. El
tiempo de elongacin va a depender del tipo de polimerasa empleado, as como
tambin del tamao del fragmento de ADN que se requiere amplificar
4. Elongacin final
En la cuarta etapa, la temperatura es regulada de 70-74C durante 5-15 minutos
tras el ltimo ciclo de PCR, con el objeto de asegurar que cualquier ADN de
cadena simple restante sea totalmente amplificado.
Por ltimo, el producto amplificado es mantenido a una temperatura de 4C por un
periodo indefinido lo cual permite conservar el producto de la reaccin
Para comprobar que la PCR ha generado el fragmento de ADN esperado, se
emplean tcnicas como la electroforesis, que permite separar los fragmentos de
ADN generados de acuerdo a su tamao. Por lo general se emplea la
electroforesis en gel de agarosa para fragmentos grandes, en acrilamida para
fragmentos ms pequeos y asociada a marcaje fluorescente as como la
electroforesis capilar
5. Contaminacin en la PCR