mode | affinity | dist from best mode | (kcal/mol) | rmsd l.b.| rmsd u.b. -----+------------+----------+---------- Writing output ... done. WARNING: Could not find any conformations completely within the search space. WARNING: Check that it is large enough for all movable atoms, including those in the flexible side chains.
Beberapa parameter interaksi ligan-protein dapat dianalisis, di antaranya energi bebas ikatan (G), afinitas (pKi) tetapan inhibisi (Ki), efisiensi, dan ikatan hidrogen. Kompleks protein-ligan yang dipilih adalah yang memiliki nilai energi ikatan dan tetapan inhibisi terkecil untuk kemudian dibandingkan lebih lanjut dengan standar inhibitor kanker kolorektum.
RMSD (Root Mean Square Deviation) adalah parameter yang digunakan untuk mengevaluasi kemiripan dua buah struktur. Kemiripan tersebut diukur bedasarkan perbedaan jarak atom sejenis.
Analisa data perbandingan nilai dinyatakan dengan RMSD (Rate Mean Square Deviation). Metode docking dikatakan baik jika nilai RMSD-nya lebih kecil atau sama dengan 2,5 ( 2,5). Jika nilai RMSD yang diperoleh lebih besar dari 2,5 (> 2,5), metode yang digunakan tidak dapat dipercaya.
Nilai RMSD menunjukkan perbedaan koordinat antara dua ligan. Semakin kecil nilai RMSD, semakin mirip kedua struktur ligan yang ditumpangtindihkan. Nilai RMSD yang masih dapat diterima yaitu < 2,0