Los planos originales del templo fueron sometidos a diversos cambios a lo

largo de los casi 150 aos que demor su construccin. Muchas veces estos
cambios fueron "violentos y equivocados" a causa de los daos causados por
terremotos y la evolucin del arte y la cultura hasta alcanzar finalmente la forma
casi eclctica con la que la conocemos hoy en da; es por ello que San
Francisco es uno de los monumentos de mayor importancia dentro de la
arquitectura americana.
La fachada del templo refleja la presencia temprana, y por primera vez en
Amrica del Sur, de elementos manieristas, lo que lo convirti en un punto de
referencia de este estilo en el continente. La severidad renacentista y el
manierismo exteriores contrastan con la decoracin interna de la iglesia, en la
que se mezclan el mudjar y el barroco baados por pan de oro para dar un
esplendor inusual,
En sus tres naves, San Francisco devela artesonados moriscos con lazos
mudjares, retablos profusamente decorados y columnas de diversos estilos.
En el coro, la decoracin mudjar, original de finales del siglo XVI, se conserva
ntegra porque la nave central se vio abajo con un terremoto y fue reemplazado
por un artesonado barroco en1770.
El complejo se completa con el convento, en el que destaca la belleza
arquitectnica del claustro principal, dispuesto alrededor del inmenso patio, en
dos galeras superpuestas.