O principal inconveniente deste processo o licor escuro tambm conhecido como licor negro que produzido pela dissoluo

uo da lignina da madeira. Este licor deve ser tratado adequadamente devido a seu grande poder poluente, j que contm compostos de enxofre txicos e mal-cheirosos e grande carga orgnica. O reaproveitamento desta lignina diverso, podendo o licor ser concentrado por evaporao e usado at mesmo como combustvel para produo de vapor na prpria fbrica

O branqueamento da polpa de papel subsequente tambm potencialmente poluente, pois costumava ser feito com cloro, gerando compostos orgnicos clorados txicos e cancergenos. Atualmente o branqueamento feito por processos sem cloro elementar conhecido como ECF do ingls "elemental chlorine free" (usam dixido de cloro) ou totalmente livres de cloro conhecido como TCF do ingls "total chlorine free" (usam perxidos, oznio, etc.). Estudos apontam que o efluente que sai de ambos os processos quando tratado no possui diferena significativa quanto ao teor txico sendo ambos de baixssimo impacto ambienta