Figura 2.1 Estrutura dos nucleotdeos. (A) Estrutura geral.

(B) Os acares componentes; em detalhe, a posio C2, que diferencia a desoxirribose da ribose. (C) As estruturas do dA ! e do A !. Figura 2.2 Estrutura geral das bases nitrogenadas. (A) "ases pricas. (B) "ases pirim#dicas. Figura 2.3 Estrutura das ligaes qumicas em mol culas de !"A e de #"A. Esto mostradas as formas planares do $%A (fita simples& e do '%A e a representao tridimensional das liga(es no $%A (fita simples&. Obser)e as extremidades $%&os&ato e 3%'(, as liga(es &os&odi ster entre os nucleot#deos e as liga(es glicosdicas entre os aucares e as bases nitrogenadas. Figura 2.) *odelo da + lice du,la do !"A ,ro,osta ,or -atson e Cric. /!"A do ti,o B). A esquerda as letras representam a seq*+ncia do $%A, $%0 (extremidades ,-fosfato&, 3%'( (extremidades .- hidroxila&, as setas pretas indicam dist/ncias em nan0metros e as setas em a1ul indicam as ca)idades da mol2cula. A cadeia acar3fosfato da h2lice est4 representada na forma preenchimento de espao (spacefill& com os &1s&oros em ,reto, os o2ig3nios em ci4a claro e os carbonos em cin4a. 5oi desenhada uma fita preta ligando os 4tomos de f6sforo para realar as )oltas da h2lice dupla. As bases nitrogenadas esto em tons de a4ul e as ,ontes de +idrog3nio aparecem como lin+as ,ontil+adas. Obser)e que as bases nitrogenadas so perpendiculares ao eixo da h2lice e esto )oltadas para o seu interior. Figura 2.$ As ,ontes de +idrog3nio na mol cula de !"A /!"A do ti,o B). /A) 'epresenta a forma planar das duas fitas de $%A, mostrando a formao das pontes de hidrog+nio, /5) representa duas pontes de hidrog+nio, /6) representa tr+s pontes de hidrog+nio, $%0 (extremidades ,-fosfato&, 3%'( (extremidades .hidroxila&. (B) 'epresenta a forma planar dos pareamentos entre adenina e timina e entre citosina e guanina. As pontes de hidrog+nio esto representadas em a1ul. (C) 'epresentao da forma tridimensional da mol2cula de $%A, mostrando a estrutura dos aucares, ligados entre si por liga(es fosfodi2ster, em cin1a (preenchimento de espao, spacefill&, as bases nitrogenadas em preto, )oltadas para o interior da h2lice dupla, e as pontes de hidrog+nio em a1ul. O c#rculo mostra o detalhe das pontes de hidrog+nio na estrutura. Figura 2.7 Cur8as de Absorb9ncia a 27: nm de solues de !"A submetidas a ele8a;o da tem,eratura. (A) emperatura m2dia de fuso ( m& e efeito hipercr0mico. (B) A m )aria de acordo com a composio 789 ou A 9 do $%A ( m.: m;: m<&. Figura 2.< =i,os mais comuns de !"A /A, B e >). /A) 'epresentao da estrutura tridimensional das mol2culas, 8ista lateral. Os a?cares e as ligaes &os&odi ster esto em cin4a (=spacefill>&, as bases nitrogenadas em tons de a4ul e

os &os&atos em ,reto. 5oi desenhada uma fita preta ligando os 4tomos de f6sforo para realar as )oltas da h2lice dupla. As setas em a4ul mostram as ca8idades nas mol2culas. (B) ?ista trans8ersal das mol2culas mostrando a posio das bases nitrogenadas em relao ao eixo das h2lices. ( C) 'epresentao dos pareamentos entre os nucleot#deos em cada tipo de $%A. As ,ontes de +idrog3nio esto representadas por lin+as ,ontil+adas em ,reto. Obser)e as diferenas nos /ngulos entre acares e bases nitrogenadas. Figura 2.@ As &ormas do !"A. @edidas do superenrolamento. (A) @ol2culas de $%A fracionadas por eletroforese em gel de agarose, corado com brometo de et#dio. Os sinais (A& e (3& representam o sentido da migrao do $%A, que 2 )isuali1ado como bandas claras (fluorescentes& na presena de lu1 B?. O $%A foi tratado com topoisomerase C por diferentes per#odos de tempoD (<& tempo 1ero; (;& , min. e (.& .E min. As bandas de $%A intermedi4rias entre as formas de $%A totalmente relaxado e totalmente superenrolado representam diferentes graus de superenrolamento. (modificada de FtrGer, <HII&. (B) @ol2culas indi)iduais de $%A obser)adas por microscopia eletr0nica, ap6s tratamento, por diferentes tempos, com topoisomerase. (modificada de Jornberg K "aLer, <HH;&. ( C) $efinio matem4tica e topologia do superenrolamento. (modificada de Jornberg K "aLer, <HH;&. Figura 2.A Altera;o da &orma do !"A ,or brometo de etdio. $rogas que se intercalam entre as fitas do $%A pro)ocam altera(es na forma da mol2cula. As altera(es causadas pelo brometo de et#dio so re)ers#)eis e permitem a )isuali1ao do $%A, pois o agente intercalante fluoresce por ao de lu1 Bltra ?ioleta. Figura 2.1: *ecanismo ,ro,osto de ati8idade das !"ABto,oisomerases da sub&amlia do ti,o C. O mecanismo 2 proposto para a opoisomerase do tipo C de Escherichia coli. As barras em cin1a e preto representam cada uma da fitas da mol2cula de $%A. Obser)e que apenas uma das fitas 2 rompida e re3ligada no processo (@odificado de Mames M. 8hampoux, Annu. 'e). "iochem. ;EE<. NED.OHP Q<.&. Figura 2.11 *ecanismo ,ro,osto de ati8idade das !"ABto,oisomerases da sub&amlia do ti,o CC. O mecanismo 2 proposto para as opoisomerases do tipo CC de Escherichia coli. As espirais em cin1a e preto representam duas regi(es da mesma mol2cula de $%A. Obser)e que as duas fitas so rompidas e re3ligadas no processo (@odificado de Mames M. 8hampoux, Annu. 'e). "iochem. ;EE<. NED.OHP Q<.&.