Codul genetic. Translaia.

Reglarea sintezei proteinei

Codul genetic:
Informaia genetic referitor la biosinteza proteinelor se transmite cu ajutorul codului genetic - dicionar ce traduce secvena nucleotidelor din ADN n succesiunea AA din lanul polipeptidic.

Proprietile codului genetic:

Este triplet -64 codoni: 3 nonsens:UAG; UGA; UAA; 61 codific AA corespunztori este degenerat - unui AA poate s-i corespunda mai muli codoni (Ex. Arg, Leu, Ser - codificate de 6 codoni; Met- i Trp - un codon). Codonii unui aminoacid sint sinonime. Specificitatea codonului e determinat de primele dou litere. Degenerarea se refer la nivelul nucleotidului 3 din codon sau 1 din anticodon care oscileaza. nu este ambiguu- acelai triplet nu semnific 2 AA diferii Are o structur liniar (colinear) o concordan liniar ntre gen i proteina codifictoare Nu se suprapune (excepie- viruii) Este universal toate veuitoarele utilizeaz acelai mecanism de traducere (abatere prezint codul genetic al mitocondriilor); nu are virgule, semne de punctuatie - ce ar indica nceputul i sfritul fiecarui codon.

1. AUG - este codonul de initiere 2. UAG, UAA,UGA - codoni stop (non sens) 3. Toi codonii cu U (n pozitia 2) codifica AA hidrofobi 4. codonii cu A n pozitia -2 codific AA polari 5. Uracilul n poziia 1 prezint codonul nonsens 6. dac n anticodon n directia (5'->3') prima baz nucleotidic e: a) Citozina sau Adenina, el va citi un singur codon; b) Uracilul sau Guanina el va citi 2 codoni; c) inozina - respectiv va citi 3 codoni

Ribozomii:
mic) Structura ribozomilor procariotici: subunitatea 30 S conine ARNr 16S i 21 proteine. subunitatea 50S ARN r 5S, 23S i 31 proteine. Sinteza ARNr i formarea subunitilor are loc n citoplasm. Structura ribosomilor eucariotici: Reprezint sediul de traducere a ARNm i sinteza proteinelor. Structura- complexe ribonucleoproteice i sunt formai din dou subuniti de mrime inegal (mare i

 particulelor.

subunitatea 40S ARNr 18S i 33 proteine. subunitatea 60S ARN r 5S, 5,8S, 28S i 49 proteine. ARNr se formeaz n nucleol. Ribozomul va avea constanta de sedimentare 70S la procariote si 80S la eucariote. S este coeficientul de sedimentare Svedberg, care depinde de forma, densitatea i dimensiunea

Centrele catalitice ale ribosomilor:

Situsul A - aminoacil responsabil de unirea complexului aminoacil- ARNt Situsul P peptidil gzduiete ARNt legat de un lan polipeptidic deja sintetizat Situsul E e responsabil de eliminarea ARNt Procesul de sintez proteic poate fi schiat sumar prin interaciunea celor 3 tipuri de ARN - informaia din ARNm este citit in ribozom si transpus n proteine, AA necesari fiind adui de ARNt. n starea complet nedisociat ribozomii sunt activi. Deplasarea lber a ribozomilor n diferite sectoare ale celulei, sau combinarea lor n diferite locuri cu membranele reticulului endoplasmatic ofer posibilitatea de asamblare a proteinei n celul. Mai muli ribozomi pot citi simultan acela ARN mesager pe care il parcurg in acela sens. Se constituie astfel un poliribozom, structur ce permite accelerarea sintezei proteice.

Translaia:
Translaia sau biosinteza proteinelor propriu zis. Bazele moleculare ale translaiei: 1. m-RNA ca matri genetic, programul creia determin succesiunea AA n protein; 2. aminoacil tRNA; 3. ribozomii ca maini moleculare pentru unirea succesiv a AA n catena polipeptidic conform programului mRNA; 4. GTP ca surs de energie; 5. factorii proteici care vin n ajutor n diferite etape ale asamblrii proteinei n ribozomi; 6. unii ioni ca cofactori (Mg 2+, K+).

Etapele:
se realizeaza in 5 etape: Activarea AA. Iniierea lanului polipeptidic.

Elongarea lanului polipeptidic. Terminarea lanului polipeptidic si eliberarea acestuia. Prelucrri post traducere ale proteinei sintetizate.

Activarea AA:
1. 2. 3. 4. a. b. c. d. e. are loc n citozol Sunt necesare: AA (procariote Nformil-Met; la eucariote Met) ARNt ATP, Mg, K E aminoacil ARNt sintetaza (exist nu mai puin de 20 indentificate 32 de tipuri de ARNt): Posed 4 centre: pentru AA, ATP, ARNt, H2O Specificitatea E e determinat de structura ARNt Fidelitatea e asigurat de capacitatea de autocontrol Conine grupri libere sulfhidrilice sunt ligazele, care au o specificitate absolut.

1. NH2-CH-COOH
I

Se desfoar n dou etape: ATP PPi NH2-CH-CO O-AMP

I

Aminoacil Adenilat

2. NH2-CH-CO O-AMP+ARNt
I

NH2-CH-CO O-RNAt +AMP

Aminoia cil ARNt sintetaza
I

R
Aminoacil RNAt

reacia ireversibil.

I etap - AA reacioneaz cu ATP rezultnd aminoacil-AMP. PP eliberat este hidrolizat i in acest fel

II etap - complexul cedeaz AA moleculei de ARNt, specific acelui AA

Parcurge n 2 etape:

Esena procesului de activare este fixarea AA la ARNt propriu acestui AA, n zona acceptorie la 3' CCA OH (sau 2' OH) al ribozei restului adenilic Enzima poate recunoaste daca un AA gresit s-a fixat pe ARNt, situatie in care il elimina si il inlocuieste cu AA corespunzator deoarece prezinta si un locus hidrolitic. Activarea AA consum 2 legturi macroergice ARNt pe calea difuziunii simple transfer AA adiionat la el - la ribozomi, unde are loc asamblarea proteinei din AA.

Translaia propriu zis: terminal Iniierea: 1. 2. 3. 4. 5. Necesar: ARNm (AUG) Ribosomul cu subunitile disociate ARNt f-met (Met) GTP, Mg IF1, IF2, IF3 Scopul: formarea complexului de iniiere se desting trei etape: Iniierea Elongarea terminarea. Citirea ARNm se face n direcia 5- 3' iar proteina se sintetizeaz de la captul Nterminal la C

Formarea complexului de iniiere: Subunitatea mic leag IF3 i previne reasocierea ribosomilor

La subunitate adiioneaz ARNm (AUG) fixarea codonului e determinat de un fragment de pe ARNm compus din 6-8 resturi de A-G i este complementar cu succesiunea OH al ARNr La complex adiioneaz IF1, mai apoi IF2 legat de GTP i formil Met-ARNt ndat cum are loc fixarea anticodonului fMetARNt cu codonul AUG (ARNm), are loc hidroliza GTP, eliberarea FI i unirea subunitilor Formil Met-ARNt e fixat n centrul P

Elongarea: 1. 2. 3. 4. 1. 2. peptidice, 3. codon). Translocarea (deplasarea ARNm cu un Necesar: ARNm cu urmtorul codon ARNt cu urmtorul AA GTP FE: Tu, Ts, G Elongarea translaiei include trei etape: Legarea aminoacil ARNt; Transpeptidarea- formarea legturii

1. Adaptarea (legarea)AA: n centrul A a. Aminoacil-ARNt se fixeaz cu Tu+GTP adiioneaz la complexul de iniiere. b. AA se fixeaz n centrul A. Simultan are loc hidroliza GTP n GDP i P 2. Transpeptidarea: este formarea legturii peptidice ntre doi aminoacizi. AA din centrul P sub aciunea peptidiltransferazei trece n centrul A. Se formeaz dipeptida n centrul P rmne ARNt liber 3. Translocarea: Tu-GDP+GTP-Ts------Tu-GTP are loc dup principiul codon- anticodon

deplasarea ARNm cu un triplet n direcia 5- 3' . Dipeptida din centrul A trece n centrul P sub aciunea factorului G (translocazei) i GTP ARNt din P prsete ribosomul

Elongarea: Decurge n 3 etape :1 fixarea noului Aminoacil ARNt complexul: aminoacil-ARNt, factorul de elongare T (FE-T) i GTP. se fixeaz pe situsul A, dup ce are loc hidroliza GTP la GDP care se elibereaz mpreun cu FE-T. 2. formarea legturii peptidice. Enzima peptidil-transferaza catalizeaz formarea legturii peptidice ntre doi AA din situsul A i P.Peptida rmne ataat de RNAt de pe situsul A. translocaia ribozomul se deplaseaz la urmtorul codon de pe ARNm i peptidilARNt trece de pe situsul A pe P aceast etap necesit factorul de elongare G (FE-G) i GTP (necesar pentru realizarea modificrilor conformaionale care deplaseaz ribozomul).

Terminarea: are loc cnd sunt ntlnii codonii UAA, UGA, UAG i factorii proteici de terminare: R1, R2, S. nici un tRNA nu se poate lega cu codonii de terminare. factorii de terminare: elibereaz lanul polipeptidic elimin ARNt din centrul P disocierea ribosomului n subunitile respective La formarea unei legturi peptidice se consum patru legturi macroergice: 2 n etapa de activare a AA (ATP) i 2 n elongare: legare i translocare - GTP.

Prelucrrile posttraducere: 1. 2. 3. 4. Modificarea captului N- i C-terminal; captul N se acetileaz; ndeprtarea secvenei semnalizante cu ajutorul unei peptidaze; modificarea unor AA: hidroxilarea enzimatic a Pro, Lyz obinerea hidroxiprolinei, hidroxilizinei . metilarea (Lyz n muchi) carboxilarea Glu - -carboxil-glutamatului (protrombin) oxidarea reziduuriilor de Cis - cistinei;

5.

iodurarea reziduurilor de Tir ale tireoglobulinei.

ataarea unor gr. funcionale: fosfat, glicozil, metalelor pentru formarea fosfoproteinelor,glicoproteinelor, metaloproteinelor .a. Formarea punilor disulfurice Proteina se autoasambleaz formnd conformaia nativ structura tridimensional

Inhibitori ai sintezei proteinei: 1. 2. la nivelul replicrii: Mitomicina mpiedica separarea catenelor de ADN Acid nalidixic inhiba ADN giraza la nivelul transcriptiei: Actinomicina D - se fixeaza pe AND Rifampicina - inhiba ARN polimeraza

la nivelul translatiei: Streptomicina inhiba legarea ARNt initiator la subunitatea 30S Cloramfenicol -inhiba peptidil transferaza Tetraciclina - inhiba legarea ARNt la ribozomi Eritromicina,Azitromicina blocheaza subunitatea 50S Puromicina blocheaza elongarea inhibnd competitiv ARNt Streptomicina - interfer cu legarea formil-Met-ARNt la locul de iniiere. Neomicina, Kanamicin - erori n reproducerea codului genetic Toxina difteric - inhib translocaza

Reglarea sintezei proteinelor: 1. 2. 3. Sinteza proteinelor nu e constant ea trebuie s se adapteze cerinelor vitale Celulel dispun de 3 tipuri de enzime : Constitutive - se sintetizeaz n celul cu o vitez constant. Inductible - sunt E a cror concentraie depinde de prezena sau absena din mediu a unui compus denumit inductor. Sunt implicate n cile catabolice, Represible - sunt E a cror concentraie depinde de prezena sau absena din mediu a unui compus denumit corepresor. Sunt implicate n cile anabolice.

n mod normal cantitatea de E inductibile n celule este foarte mic,dar ea poate crete atunci cnd apare necesitatea utilizrii substratului E respective ( S care se comport ca inductor).

Teoria lac-operonului: Schema reglrii biosintezei proteinei la procariote a fost descris n 1961 de ctre Jacob i Monod poart denumirea de teoria lac-operonului . Modelul e bazat pe studiul reglrii mtabolismului lactozei n Escheria coli. Exprimarea GS (conin informaia cu privire la biosinteza E impicate n utilizarea lactozei: galactozidaza, permeaza i transacetilaza 1,2,3) e controlat de un fragment de ADN denumit gen reglatoare (GR) codific represorul (R). R se leag de un fragment de ADN denumit operator (O). Legarea R la O blocheaz accesul ARN polimerazei la promotor avnd ca rezultat suprimarea transcrierii GS.

Ce se ntmpl dac bacteria dispune simultan de glucoz i lactoz? Bacteria nu consum energie pentru sinteza lac-operonului, atta timp ct dispune de glucoz. Bacteria crete pe seama glucozei - i numai atunci cnd c% acesteea devine minim ncepe s utilizeze lactoza. Metabolizarea simultan a glucozei i lactozei sunt excluse. Cum se comut activitatea bacteriei pe utilizarea lactozei cnd c% glucozei scade?

Bacteria are ca surs glucoza:

Reglarea sintezei proteinei prin inducie: n prezena lactozei: Inductorul (n acest caz lactoza) se leag specific la R, ca urmare are loc desprinderea acestuia de la operator. n aceast situaie, ARN p se leag la promotor, iniiind transcrierea GS, adc a ARNm care codific E implicate n catabolismul lactozei.

Bacteria are ca surs lactoza:

n lipsa glucozei se mrete c% AMPc ce reprezint semnalul foamei la bacterii. Ca urmare, AMPc se leag de o protein receptoare specific (proteina activatoare a genei catabolice CAP) - formeaz complex (CAP- AMPc), apt s se lege de promotor (p-locus) Acest proces favorizeaz ptrunderea ARNp n locusul de reglare. Dac lactoza este prezent n mediu, operatorul este liber i ARNp efectueaz transcrierea genelor lac. CAP dispune de 2 centre: pentru AMPc i pentru AND

Reglarea lac-operonului ntr-un mediu ce conine glucoz: Cu ct c% glucozei e mai mare, c%AMPc e mai mic. Lipsete i complexul CAP- AMPc. n final ARNp nu se leag de P i GS nu sunt transcrise, indiferent dac exist sau nu lactoz, indiferent de faptul dac operatorul este sau nu ocupat de R.

Ilustrarea mecanismului de reglare a sintezei proteinei prin represie: Teoria operonului explic i represia prin produs final al biosintezei E Ex: sinteza His: la c% mari de His (corepresor) se leag de R, modificndu-i conformaia activndu-l n rezultat favorizeaz legarea R la O. His produs final, CoR- sisteaz transcrierea genelor ce codific E implicate n propria sa sintez

Ilustrarea mecanismului de reglare a sintezei proteinei prin represie: REZUMM: GR controleaz exprimarea anumitor GS prin intermediul unei proteine R Ra suprim sinteza de ARNm, deci de proteine; R inactivat permite transcrierea GS i sinteza proteinei E inductibile Ra nu are loc transcrierea. Cnd n mediul apare I R se inactiveaz are loc sinteza ARNm- proteinei E represibile R este inactiv are loc transcripia i translaia. Cnd n mediu se acumuleaz produsul final al cii anabolice (CoR)- R se activeaz, formarea complexului R-CoR i sistarea transcripiei i translaiei.

Reglarea sintezei la eucariote: proteine specifice) Reglarea exspresiei genetice prin moleculele proteice legate de ADN (histonele) sinteza ARN pe ADN e inhibat prin adaosul de histone Reglarea proteinei la nivelul translaiei e posibil prin aciunea factorilor proteici, care contribuie iniierea, elongarea, terminarea. Att la nivelul transcripiei ct i la nivelul translaiei Reglarea hormonal (cortizol- sinteza E gluconeogenezei; estrogenii, androgenii, vitamina D sintez de

Ingineria genetic: tiinta, preocupat de crearea noilor fenotipuri prin transplantarea genei unui organism n genomul altuia n scop de a lichida defectele ereditare ale genomului, adic tratarea afectiunilor ereditare (gena ntrodus nu gureaz n patrimoniul ereditar al genomului -gazd) Se obtin molecule hibride (himerice)

1. Cptarea genei

n linii marl procedura include etapele:

2. Cptarea ADN-ului recombinat 3.Clonarea ADN-ului recombinat Cptarea genei:Stiind structura primar a proteinei n laborator se poate obline gena respectiv (se oblin gene pn la 250 codoane)- mai greu e obtinerea genei din genomul celulei (genele se despart prin introni)- mai uor e cptarea genelor din virusuri cu enzima revertaza.

Cptarea ADN-ului recombinat: gena necesar se ntroduce n celul pentru a se integra cu genomul acestuia. Pentru aceastan vitro gena se unete cu ADN-vector(plasmide ce conin ADN inelar (cteva gene). De regul se folosete E Coli, ce contine un cromozom i plasmide, ce plutesc n citozol (plasmida este de 1000 ori mai mica dect cromozomul). Plasmidele se replica independent de replicarea materialului genetic. Unele plasmide se pot include n cromozom i apoi din nou s-l prseasc. Plasmidele pot trece dintr-o celul n alta n procesul deconjugare. Plasmidele se separ din E.Coli i li se nltur o parte de ADN inelar cu ajutorulenzimelor restrictaze, care recunosc i taiediferite sectoare. Folosind restrictaze diferite se poate de tiat ADN n locusurile necesare. Inrezultat se formeaz capete lipicioase (sectoaremonocatenare, capabile de a uni nucleotide complimentare. La fel se procedeaz i cu gena,care trebuie ntrodus (se formeaz capete lipicioase complimentare capetelor plasmidei). Dac se amestec gena i plasmida ele se vor uni cu capetele lipicioase. Enzima ligaza va uni capetele i se va cpta molecula ADN inelara, care contine gena menit pentru transplantare.

3.Clonarea: ADN-ului recombinat- obtinerea cantitilor dorite de protein codificat de gena eucariot ntrodus n plasmid. Dac n cultura E.Coli se ntroduc plasmide recombinate, se formeaz bacterii recombinate. In celul plasmidele se replic. Bacteriile nmulindu-se formeaz celule, care conin aceste plasmide. Acum din masa bacterian se poate de capatat cantitti sufuciente de ADN recombine Ranadamentul sintezei bacteriene este impresionabil: Ex- 100 celule E.Coli produc prin clonare 5 mg somatostatin (cantitate, ce se obine prin prelucrarea a 100 tone de creier de bovine). Prin tehnica ingineriei genetice sau obtinut cantiti mari de insulin (Humulun), Interferon, vaccine. Diversitatea formelor n Iimita uneia i aceai specie se datorete mutaiilor i ntr-o msura mai mare recombinrii genetice.

Mutaiile : Modificrile genomului organismului, care se pstreaz i se transmit prin ereditate se transmit apoi de la o generaie la alta. Modificrile pot interesa o pereche de baze (mutatii punctiforme) sau un grup de baze pe una sau pe ambele catene ale unei molecule de DNA.

Mutatiile punctiforme: pot decurge prin: l. substitutie (misens mutatii, unde deosebim 2 tipuri): a. Tranzitie - o BA purinic este nlocuit tot cu una purinc, una pirimidinic -tot cu una pirimidinic. b.Transversie - o pereche de baze purinice este nlocuit cu una pirimidinic sau invers.

2. Inserie acest mecanism const n ntroducerea unei perechi de baze suplimentare n catena de DNA. 3. Deleia const n excluderea unei perechi de baze n aa mod ca ea nu mai poate f complementar i la replicare apare "golul" n ambele catene. Unele modificri n secventa nucleotidic pot duce la formarea codonului sinonim i succesiunea aminoacizilor nu se va schimba (mutatii benigne). La afectarea segmentelor mari de gen apar mutatii ntinse. In dependent de consecinele modificrilor deosebim mutaie benign, neutr, nociv. Agenii mutageni pot provoca mutaiile spontane ct i mutaiile induse.

Secvena de AA n poriunea variabil este diferit pentru fiecare anticorp. Lanurile sunt unite ntre ele prin legturi disulfidice. Genele ce corespund poriunilor V" i C ale unui anumit tip de lan uor sunt foarte apropiate n ADN al imunocitelor care produc acest tip de lan uor, dar se gsesc departe una de alta n ADN al celulelor ce produc alte tipuride anticorpi. De aici reiese, c n imunocit se selecteaz un anumit segment de ADN, ce codific poriunea variabil a unui anumit lant uor, care se transfer prin transpoziie n vecintatea secvenei codificatoare a poriunii constante a lantului uor. Deci ADN ce codific sectoarele V" ale lanurilor H" i "L" const din cteva gene de tip diferit care-i pot schimba locurile proprii i asocia cu formarea imenselor combinaii.

Sinteza Anticorpilor : Fiecare dintre milioanele de anticorpi produi leag unul dintre milioanele de antigene posibile. Este greu de crezut c organismul are n patrimoniul su genetic cte o gen pentru fiecare anticorp pe care-l produce ntruct aceasta ar presupune o supradimensionare a genomului eucariot. Gradul de diversificare n obinerea lanurilor H" i L" este crescut prin faptul c o poriune variabil este rezultatul asamblrii a 3 regiuni. Deci ADN ce determin poriunea variabil a anticorpului este constituit din: 1. 2. 3. Poriunea variabil (V) constituit din - 400 de gene. Poriunea de diversitate (D) ce cuprinde -12 gene Portiunea de articulare sau jonciune (J) - 4 gene

Asamblarea acestor gene n diferite combinaii permite construirea a 20000 de sectoare V - fapt ce asigur extrema varietate a anticorpilor.