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Traduçãoda 6ª Edição Americana
Traduçãoda
6ª Edição
Americana
Traduçãoda 6ª Edição Americana Manual de Bioquímica com Correlações Clínicas Thomas M. Devlin Lançamento 2007

Manual de Bioquímica com Correlações Clínicas

Thomas M. Devlin

Lançamento 2007

ISBN: 9788521204060 Páginas: 1216 Formato: 21x28 cm Peso: 2.948 kg

BioQ.00 7 CONTEÚDO | VII RESUMO DO CONTEÚDO PARTE I | ESTRUTURA DE MACROMOLÉCULAS 1

BioQ.00

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CONTEÚDO

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VII

BioQ.00 7 CONTEÚDO | VII RESUMO DO CONTEÚDO PARTE I | ESTRUTURA DE MACROMOLÉCULAS 1 Estrutura
BioQ.00 7 CONTEÚDO | VII RESUMO DO CONTEÚDO PARTE I | ESTRUTURA DE MACROMOLÉCULAS 1 Estrutura

RESUMO DO CONTEÚDO

BioQ.00 7 CONTEÚDO | VII RESUMO DO CONTEÚDO PARTE I | ESTRUTURA DE MACROMOLÉCULAS 1 Estrutura

PARTE I

|

ESTRUTURA DE MACROMOLÉCULAS

1 Estrutura da Célula Eucariótica, 1

2 DNA e RNA: Composição e Estrutura, 23

3 Proteínas I: Composição e Estrutura, 73

PARTE II | TRANSMISSÃO DA INFORMAÇÃO

PARTE II | TRANSMISSÃO DA INFORMAÇÃO

4 Replicação, Recombinação e Reparo do DNA, 132

5 RNA: Transcrição e Processamento, 172

6 Síntese de Proteínas: Tradução e Modificações Pós-Tradução, 197

7 DNA Recombinante e Biotecnologia, 241

8 Regulação da Expressão Gênica, 287

PARTE III | FUNÇÕES DE PROTEÍNAS

PARTE III | FUNÇÕES DE PROTEÍNAS

9 Proteínas II: Relações Estrutura-Função em Famílias de Proteínas, 315

10 Enzimas: Classificação, Cinética e Controle, 358

11 Citocromos P450 e Óxido Nítrico Sintases, 407

12 Membranas Biológicas: Estruturas e Transporte em Membranas, 436

13 Fundamentos da Transdução de Sinal, 483

PARTE IV | VIAS METABÓLICAS E SEU CONTROLE

PARTE IV | VIAS METABÓLICAS E SEU CONTROLE

14 Bioenergética e Metabolismo Oxidativo, 521

15 Metabolismo de Carboidratos I: Principais Vias Metabólicas e Seu Controle, 572

16 Metabolismo de Carboidratos II: Vias Especiais e Glicoconjugados, 626

17 Metabolismo de Lipídeos I: Síntese, Armazena- mento e Utilização de ácidos Graxos e Triacilgli- ceróis, 650

18 Metabolismo de Lipídeos II: Vias do Metabolis- mo de Lipídeos Especiais, 683

19 Metabolismo de aminoácidos, 725

20 Metabolismo de Purina e Pirimidina Nucletíde- os, 770

21 Metabolismo do Heme e do Ferro, 803

22 Inter-Relações Metabólicas, 829

PARTE V |

PROCESSOS

FISIOLÓGICOS

23 Bioquímica de Hormônios, 870

24 Biologia Molecular das Células, 925

25 Ciclo Celular, Morte Celular Programada e Cân- cer, 987

26 Digestão e Absorção de Constituintes Nutricio- nais Básicos, 1009

27 Princípios de Nutrição I: Macronutrientes, 1043

28 Princípios de Nutrição II: Micronutrientes, 1063

APÊNDICE REVISÃO DE QUÍMICA ORGÂNICA, 1094 GLOSSÁRIO, 1107 ÍNDICE, 1134

22.01.07

II: Micronutrientes, 1063 APÊNDICE REVISÃO DE QUÍMICA ORGÂNICA, 1094 GLOSSÁRIO, 1107 ÍNDICE, 1134 22.01.07 16:25:01

16:25:01

BioQ.00 9 CONTEÚDO | IX CONTEÚDO PREFÁCIO, XXI PREFÁCIO PARA A EDIÇÃO BRASILEIRA, XXIII AGRADECIMENTOS,

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CONTEÚDO

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IX

BioQ.00 9 CONTEÚDO | IX CONTEÚDO PREFÁCIO, XXI PREFÁCIO PARA A EDIÇÃO BRASILEIRA, XXIII AGRADECIMENTOS, XXV
BioQ.00 9 CONTEÚDO | IX CONTEÚDO PREFÁCIO, XXI PREFÁCIO PARA A EDIÇÃO BRASILEIRA, XXIII AGRADECIMENTOS, XXV

CONTEÚDO

BioQ.00 9 CONTEÚDO | IX CONTEÚDO PREFÁCIO, XXI PREFÁCIO PARA A EDIÇÃO BRASILEIRA, XXIII AGRADECIMENTOS, XXV

PREFÁCIO, XXI PREFÁCIO PARA A EDIÇÃO BRASILEIRA, XXIII AGRADECIMENTOS, XXV TRADUTOR E CO-AUTORES, XXVII

PARTE I |

ESTRUTURA DE MACROMOLÉCULAS

1 | ESTRUTURA DA CÉLULA EUCARIÓTICA, 1

1.1 VISÃO GERAL: CÉLULAS E COMPARTI- MENTOS CELULARES, 2

1.2 ÁGUA, PH E SOLUTOS: O AMBIENTE AQUOSO DAS CÉLULAS, 3

1.3 COMPOSIÇÃO DE CÉLULAS EUCARIÓTI-

CAS: PAPÉIS FUNCIONAIS DE ORGANE- LAS SUBCELULARES E SISTEMAS DE MEMBRANAS, 11

1.4 INTEGRAÇÃO E CONTROLE DAS FUN- ÇÕES CELURES, 19

BIBLIOGRAFIA, 20 QUESTÕES E RESPOSTAS, 20 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

1.1 Concentração Sangüínea de Bicar-

bonato na Acidose Metabólica, 10

1.2 Doenças Mitocondriais, 15

1.3 Enzimas Lisossomais e Gota, 16

1.4 Deficiência de Lipase Ácida Lisossomal, 18

1.5 Doenças da Biogênese de Peroxis- somos (PBDs), 19

2

|

DNA E RNA: COMPOSIÇÃO E ESTRUTURA,

23

2.1 VISÃO GERAL, 24

2.2 COMPONENTES ESTRUTURAIS DOS ÁCI- DOS NUCLÉICOS: NUCLEOBASES, NU- CLEOSÍDEOS E NUCLEOTÍDEOS, 26

2.3 ESTRUTURA DO DNA, 28

2.4 ORDEM SUPERIOR DA ESTRUTURA DO DNA, 47

2.5 SEQÜÊNCIA E FUNÇÃO DO DNA, 57

2.6 ESTRUTURA DO RNA, 61

2.7 TIPOS DE RNA, 64

BIBLIOGRAFIA, 69 QUESTÕES E RESPOSTAS, 70 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

2.1 Vacinas de DNA, 25

2.2 Uso Diagnóstico de Matrizes (Ar- rays) de DNA em Medicina e Gené- tica, 38

2.3 Antibióticos Antitumorais que Mu- dam a Forma do DNA, 42

2.4 Persistência Hereditária de Hemo- globina Fetal, 45

2.5 Telomerase como Alvo para Agen- tes Anticâncer, 46

2.6 Expansão de Tripletes de DNA re- petitivos em Doença Humana, 48

2.7 Topoisomerases no Tratamento de Doença, 52

2.8 Resistência de Staphylococcus à Eritromicina, 65

3

|

PROTEÍNAS I: COMPOSIÇÃO E ESTRUTURA,

73

3.1 PAPÉIS FUNCIONAIS DE PROTEÍNAS NO HOMEM, 74

3.2 COMPOSIÇÃO EM AMINOÁCIDOS DE PROTEÍNAS, 75

3.3 PROPRIEDADES DE CARGAS E QUÍMICAS DE AMINOÁCIDOS E PROTEÍNAS, 81

3.4 ESTRUTURA PRIMÁRIA DE PROTEÍNAS, 88

3.5 NÍVEIS SUPERIORES DE ORGANIZAÇÃO PROTEÍCA, 90

3.6 OUTROS TIPOS DE PROTEÍNAS, 97

3.7 DOBRAMENTO (FOLDING) DE PROTEÍ- NAS DE ESTRUTURAS ALEATÓRIAS PARA SINGULARES: ESTABILIDADE DA PROTEÍNA, 108

3.8 ASPECTOS DINÂMICOS DA ESTRUTURA DE PROTEÍNAS, 115

3.9 CARACTERIZAÇÃO, PURIFICAÇÃO E DETERMINAÇÃO DA ESTRUTURA E OR- GANIZAÇÃO DE PROTEÍNAS, 116

BIBLIOGRAFIA, 128 QUESTÕES E RESPOSTAS, 129 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

3.1 Proteínas Plasmáticas no Diagnósti- co de Doenças, 86

22.01.07

E RESPOSTAS, 129 CORRELAÇÕES CLÍNICAS 3.1 Proteínas Plasmáticas no Diagnósti- co de Doenças, 86 22.01.07 16:25:01

16:25:01

X

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CONTEÚDO

3.2 Diferenças em Insulinas Usadas em Tratamento de Diabetes Mellitus,

89

3.3 Uma Mutação Não-Conservativa Ocorre em Anemia Falciforme, 90

3.4 Doenças de síntese de Colágeno, 98

3.5 Hiperlipidemias, 103

3.6 Hipolipoproteinemias, 105

3.7 Hemoglobina Glicosilada, HbA 1c ,

108

3.8 Proteínas Como Agentes Infeccio- sos: Príons e Encefalopatias Espon- giformes Transmissíveis Humanas (TSEs), 110

3.9 Uso de Análise de Aminoácidos em Diagnóstico de Doenças, 121

PARTE II | TRANSMISSÃO DA INFORMAÇÃO

PARTE II | TRANSMISSÃO DA

INFORMAÇÃO

4

|

REPLICAÇÃO, RECOMBINAÇÃO E REPARO DO DNA, 132

4.1 CARACTERÍSTICAS COMUNS DA REPLI- CAÇÃO, RECOMBINAÇÃO E REPARO,

133

4.2 REPLICAÇÃO DO DNA, 133

4.3 RECOMBINAÇÃO, 151

4.4 REPARO, 156

BIBLIOGRAFIA, 169

QUESTÕES E RESPOSTAS, 169 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

4.1 Quimioterapia Pode Ter Como Al-

vos Precursores da Síntese do DNA,

135

4.2 Topoisomerases Como Alvos Para Drogas, 144

4.3 Câncer e o Ciclo Celular, 149

4.4 Análogos de Nucleosídeos e Resis-

tência a Drogas na Terapia do HIV,

149

4.5 Terapia Gênica, 156

4.6 Quimioterapia, Lesão do DNA e Reparo, 157

4.7 Análogos de Nucleosídeos Como Drogas: Tiopurinas, 158

4.8 Medicina Individualizada, 159

4.9 Xeroderma Pigmentoso, 162

4.10 Reparo de Pareamento Errado e Câncer, 164

162 4.10 Reparo de Pareamento Errado e Câncer, 164 BioQ.00 10 5 RNA: TRANSCRIÇÃO E PROCESSAMENTO,

BioQ.00

10

5 RNA: TRANSCRIÇÃO E PROCESSAMENTO,

|

172

5.1 VISÃO GERAL, 173

5.2 MECANISMOS DE TRANSCRIÇÃO, 173

5.3 TRANSCRIÇÃO EM EUCARIOTOS, 178

5.4 PROCESSAMENTO DE RNA, 184

5.5 EXPORTAÇÃO DO RNA E CONTROLE DE QUALIDADE, 191

5.6 RNAs PEQUENOS INIBITÓRIOS, 192

5.7 REPARO DO DNA ACOPLADO À TRANS- CRIÇÃO, 192

5.8 NUCLEASES E TURNOVER DO RNA, 193

BIBLIOGRAFIA, 194

QUESTÕES E RESPOSTAS, 195 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

5.1 Antibióticos e Toxinas Que Têm RNA Polimerase Como Alvo, 176

5.2 Síndrome do X Frágil: Uma Doença de RNA-Cromatina?, 179

5.3 Envolvimento de Fatores Transcrip- cionais em Carcinogênese, 182

5.4 Talassemia Devido a Defeitos na Síntese de RNA Mensageiro, 188

5.5 Auto-Imunidade em Doença do Tecico Conjuntivo, 189

5.6 Síndrome de Cockayne, 193

6 SÍNTESE DE PROTEÍNAS: TRADUÇÃO E MODIFICAÇÕES PÓS-TRADUÇÃO, 197

|

6.1 VISÃO GERAL, 198

6.2 COMPONENTES DO APARELHO DE TRA- DUÇÃO, 198

6.3 BIOSSÍNTESE DE PROTEÍNAS, 209

6.4 AMADURECIMENTO DE PROTEÍNAS:

DOBRAMENTO, MODIFICAÇÃO, SECRE- ÇÃO E DIRECIONAMENTO, 218

6.5 DIRECIONAMENTO PARA MEMBRANA E ORGANELAS, 224

6.6 MAIS MODIFICAÇÕES PÓS-TRADUÇÃO,

227

6.7 REGULAÇÃO DA TRADUÇÃO, 234

6.8 DEGRADAÇÃO E TURNOVER DE PROTEÍ- NAS, 235

BIBLIOGRAFIA, 237

QUESTÕES E RESPOSTAS, 239 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

6.1 Mutações Com Sentido Errado:

Hemoglobina, 202

6.2 Mutação Gerando Códon de Ter- minação, 202

6.3 α-Talassemia, 203

6.4 Mudança na Fase de Leitura (Fra- meshifting) Programada na Bios- síntese das Proteínas de HIV, 204

22.01.07

Mudança na Fase de Leitura ( Fra- meshifting ) Programada na Bios- síntese das Proteínas de

16:25:02

6.5 Mutação em RNA Ribossômico Mitocondrial Resulta em Surdez Induzida por Antibiótico, 217

6.6 Deleção de um Códon, Modifica- ção Pós-Tradução Incorreta e de Gradação Prematura de Proteína:

Fibrose Cística, 219

6.7 Dobramento Errado e Agregação de Proteína: Doença de Creuz- feldt-Jacob, Doença da Vaca Lou- ca, Doença de Alzheimer e Doen- ça de Huntington, 220

6.8 Doenças de Função de Lisosso- mos, 226

6.9 Hiperproinsulinemia Familiar, 229

6.10 Ausência de modificação Pós-Tra- dução: Deficiência Múltipla de Sulfatases, 230

6.11 Defeitos na Síntese de Colágeno,

7

|

233

DNA RECOMBINANTE E BIOTECNOLOGIA,

241

7.1 VISÃO GERAL, 242

7.2 A REAÇÃO DE POLIMERASE EM CADEIA (POLYMERASE CHAIN REACTION), 243

7.3 ENDONUCLEASES DE RESTRIÇÃO E MAPAS DE RESTRIÇÃO, 243

7.4 SEQÜENCIAMENTO DE DNA, 245

7.5 DNA RECOMBINANTE E CLONAGEM,

248

7.6 SELEÇÃO DE UM DNA ESPECÍFICO CLONADO EM BIBLIOTECAS, 252

7.7 DETECÇÃO E IDENTIFICAÇÃO DE ÁCIDOS NUCLÉICOS E PROTEÍNAS QUE LIGAM DNA, 254

7.8 DNA COMPLEMENTAR E BIBLIOTECAS DE DNA COMPLEMENTAR, 260

7.9 BACTERIÓFAGO, COSMÍDEO E VETORES

DE CLONAGEM EM LEVEDURA, 262

7.10 ANÁLISE DE LONGAS SEQÜÊNCIAS DE DNA, 265

7.11 VETORES DE EXPRESSÃO E PROTEÍNAS DE FUSÃO, 265

7.12 VETORES DE EXPRESSÃO EM CÉLULAS EUCARIÓTICAS, 267

7.13 MUTAGÊNESE SÍTIO-DIRIGIDA, 269

7.14 APLICAÇÕES DA TECNOLOGIA DO DNA RECOMBINANTE, 272

7.15 GENÔMICA, PROTEÔMICA E ANÁLISE MICROARRAY, 279

BIBLIOGRAFIA, 283

QUESTÕES E RESPOSTAS, 284 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

7.1 Reação de Polimerase em Cadeia (Polymerase Chain Reaction), 245

de Polimerase em Cadeia ( Polymerase Chain Reaction ), 245 BioQ.00 11 CONTEÚDO | XI 7.2

BioQ.00

11

CONTEÚDO

|
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XI

7.2 Mapas de Restrição e Evolução, 246

7.3 Seqüenciamento Direto de DNA para o Diagnóstico de Doenças Genéticas, 248

7.4 Análise por PCR Multiplex de Defeitos no Gene de HGPRTase na Síndrome de Lesch-Nyhan, 252

7.5 Polimorfismo de Comprimento de Fragmentos de Restrição Determina a Origem Clonal de Tumores, 257

7.6 Polimorfismo de Conformação de Cadeia-Única para Detecção de Mutações Espontâneas que Podem Levar a SIDS, 259

7.7 Mutagênese Sítio-Dirigida de HSV IgD, 271

7.8 Inibição de HIV Mediada por RNA,

274

7.9 Terapia Gênica: Genes Normais

Podem Ser Introduzidos em Células com Genes Defectivos, 276

7.10 Modelos de Animais Transgênicos,

277

7.11 Camundongos Knockout para Definir um Papel para o Purinoceptor P2Y 1 , 279

7.12 Análise por Microarray de Câncer de Mama, 280

8 | REGULAÇÃO DA EXPRESSÃO GÊNICA, 287

8.1 VISÃO GERAL, 288

8.2 UNIDADE DE TRANSCRIÇÃO EM BACTÉRIAS: O OPERON, 288

8.3 OPERON LACTOSE DE E. COLI, 288

8.4 OPERON TRIPTOFANO DE E. COLI, 293

8.5 OUTROS OPERONS BACTERIANOS, 297

8.6 TRANSPOSONS BACTERIANOS,

8.7 EXPRESSÃO GÊNICA EM EUCARIOTOS,

299

300

8.8 COMPLEXO DE PRÉ-INICIAÇÃO EM EUCARIOTOS: FATORES DE TRANSCRI- ÇÃO, RNA POLIMERASE II E DNA, 303

8.9 REGULAÇÃO DA EXPRESSÃO GÊNICA EUCARIÓTICA, 308

BIBLIOGRAFIA, 312 QUESTÕES E RESPOSTAS, 312 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

8.1 Resistência Transmissível a Múltiplas Drogas, 300

8.2 Síndrome de Rubstein-Taybi, 302

8.3 Tamoxifeno e Receptor de Estrógeno como Alvo, 309

8.4 Fatores de Transcrição e Doença

Cardiovascular, 310

22.01.07

e Receptor de Estrógeno como Alvo, 309 8.4 Fatores de Transcrição e Doença Cardiovascular, 310 22.01.07

16:25:02

XII

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|

CONTEÚDO

PARTE III | FUNÇÕES DE PROTEÍNAS

PARTE III | FUNÇÕES DE PROTEÍNAS

9

|

PROTEÍNAS II: RELAÇÕES ESTRUTURA- FUNÇÃO EM FAMÍLIAS DE PROTEÍNAS,

315

 

9.1 VISÃO GERAL, 316

9.2 MOLÉCULAS DE ANTICORPOS:

SUPERFAMÍLIA DE PROTEÍNAS IMUNOGLOBULINAS, 316

9.3 PROTEÍNAS COM UM MECANISMO CATALÍTICO COMUM: SERINO PROTEASES, 324

9.4 HEMOGLOBINA E MIOGLOBINA, 334

9.5 O COMPLEXO PROTÉICO DA LÂMINA BASAL, 347

BIBLIOGRAFIA, 355

QUESTÕES E RESPOSTAS, 355 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

9.1 As Proteínas do Complemento, 319

9.2 Funções de Diferentes Classes de Anticorpos, 319

9.3 Imunização, 320

9.4 Formação de Fibrina em um Infarto do Miocárdio e Uso de Ativador de Plasminogênio Tecidual Recombinante (rt-PA), 326

9.5 Envolvimento de Serino Proteases em

Metástase de Células Tumorais, 326

9.6 Hemoglobinopatias, 335

10

|

ENZIMAS: CLASSIFICAÇÃO, CINÉTICA E CONTROLE, 358

10.1 VISÃO GERAL, 359

10.2 CLASSIFICAÇÃO DE ENZIMAS, 360

10.3 CONCEITOS GERAIS DE MECANISMOS ENZIMÁTICOS, 363

10.4 SÍTIO ATIVO DE UMA ENZIMA, 368

10.5 COENZIMAS, CO-SUBSTRATOS E COFATORES, 371

10.6 CINÉTICA DE REAÇÕES QUÍMICAS, 376

10.7 CINÉTICA ENZIMÁTICA DE REAÇÕES DE UM SUBSTRATO, 379

10.8 CINÉTICA DE REAÇÕES DE DOIS SUBSTRATOS, 387

10.9 INIBIDORES, 388

10.10 REGULAÇÃO DE ATIVIDADE ENZIMÁ- TICA, 394

10.11 REGULAÇÃO DE VIAS METABÓLICAS,

398

10.12 APLICAÇÕES CLÍNICAS DE ENZIMAS, 399

BIBLIOGRAFIA, 404 QUESTÕES E RESPOSTAS, 404

DE ENZIMAS, 399 BIBLIOGRAFIA, 404 QUESTÕES E RESPOSTAS, 404 BioQ.00 12 CORRELAÇÕES CLÍNICAS 10.1 Mutação de

BioQ.00

12

CORRELAÇÕES CLÍNICAS

10.1 Mutação de um Sítio de Ligação de Coenzima Resulta em Doença Clínica,

371

10.2 Um Caso de Gota Demonstra Duas Fases no Mecanismo de Ação Enzimática, 382

10.3 Efeito Fisiológico de Mudanças nos Valores de K m de Enzimas, 383

10.4 Labilidade Térmica da Glicose-6- Fosfato Desidrogenase Resulta em Anemia Hemolítica, 386

10.5 Isoenzimas da Álcool Desidrogenase com Diferentes pHs Ótimos, 386

10.6 Inibidores de Xantina Oxidase Isolados de Plantas, 388

10.7 Planejamento de um Inibidor Seletivo,

390

10.8 Um Caso de Envenenamento, 393

10.9 Cogumelos e Metabolismo de Álcool,

393

10.10 Um Caso de Gota Demonstra a Dife- rença entre um Sítio Alostérico e um Sítio de Ligação de Substrato, 394

10.11 Identificação e Tratamento de uma Deficiência Enzimática, 400

10.12 Ambigüidade no Ensaio de Enzimas Mutadas, 401

11

|

CITOCROMOS P450 E ÓXIDO NÍTRICO SINTASES, 407

11.1 VISÃO GERAL, 408

11.2 CITOCROMOS P450: PROPRIEDADES E FUNÇÃO, 408

11.3 CICLO DE REAÇÃO DO CITOCROMO P450, 409

11.4 SISTEMAS DE TRANSPORTE DE ELÉTRONS DOS CITOCROMOS P450, 410

11.5 CITOCROMO P450: NOMENCLATURA E ISOFORMAS, 412

11.6 CITOCROMOS P450: SUBSTRATOS E FUNÇÕES FISIOLÓGICAS, 413

11.7 CITOCROMOS P450 PARTICIPAM DE SÍNTESE DE HORMÔNIOS ESTERÓIDES E DE OXIGENAÇÃO DE COMPOSTOS ENDÓGENOS, 414

11.8 INDUÇÃO E INIBIÇÃO DE CITOCROMO P450, 423

11.9 AS ÓXIDO NÍTRICO SINTASES:

PROPRIEDADES E FUNÇÃO, 425

11.10 ISOFORMAS DE ÓXIDO NÍTRICO SINTASES E FUNÇÕES FISIOLÓGICAS

428

BIBLIOGRAFIA, 432 QUESTÕES E RESPOSTAS, 434

22.01.07

DE ÓXIDO NÍTRICO SINTASES E FUNÇÕES FISIOLÓGICAS 428 BIBLIOGRAFIA, 432 QUESTÕES E RESPOSTAS, 434 22.01.07 16:25:03

16:25:03

CORRELAÇÕES CLÍNICAS

11.1 Hiperplasia Adrenal Congênita:

Deficiência de CYP21A2, 416

11.2 Produção de Hormônios Esteróides Durante a Gestação, 418

11.3 Inibição de Citocromo P450:

Interações Droga-Droga e Efeitos Adversos, 420

11.4 Papel de CYP2E1 em Toxicidade Hepática Induzida por Acetaminofen, 422

11.5 Indução de Citocromo P450:

Interações Droga-Droga e Efeitos Adversos, 423

11.6 Polimorfismos Genéticos das Enzimas P450, 426

11.7 Mecanismo de Ação de Sildenafil,

430

11.8 Aspectos Clínicos da Produção de Óxido Nítrico, 431

11.9 História da Nitroglicerina, 432

12

|

MEMBRANAS BIOLÓGICAS: ESTRUTURA E TRANSPORTE EM MEMBRANAS, 436

12.1 VISÃO GERAL, 437

12.2 COMPOSIÇÃO QUÍMICA DE MEMBRANAS, 438

12.3 MICELAS, BICAMADAS LIPÍDICAS E LIPOSSOMOS, 445

12.4 ESTRUTURA DE MEMBRANAS BIOLÓGICAS, 447

12.5 MOVIMENTO DE MOLÉCULAS ATRAVÉS DE MEMBRANAS, 456

12.6 CANAIS DE MEMBRANAS, 458

12.7 TRANSPORTADORES DE MEMBRANA,

466

12.8 TRANSPORTE PASSIVO, 468

12.9 TRANSPORTE ATIVO, 469

12.10 IONÓFOROS, 478

BIBLIOGRAFIA, 479 QUESTÕES E RESPOSTAS, 480

CORRELAÇÕES CLÍNICAS

12.1 Lipossomos como Carregadores de Drogas e Enzimas, 447

12.2 Anomalias na Fluidez de Membranas Celulares em Doenças,

454

12.3 Fibrose Cística e o Canal de Cl , 460

12.4 O Rim de Mamíferos e Aquaporinas, 462

12.5 Doenças Envolvendo a Superfamília de Transportadores ABC, 475

12.6 Doenças que se Devem à Perda de Sistemas de Transporte de Membranas, 476

Devem à Perda de Sistemas de Transporte de Membranas, 476 BioQ.00 13 13 | CONTEÚDO |

BioQ.00

13

13

|

CONTEÚDO

|
|

XIII

FUNDAMENTOS DA TRANSDUÇÃO DE SINAL, 483

13.1 VISÃO GERAL, 484

13.2 TRANSDUÇÃO DE SINAL INTERCELULAR,

485

13.3 RECEPTORES PARA MOLÉCULAS SECRETADAS, 487

13.4 TRANSDUÇÃO DE SINAL INTRACELULAR POR RECEPTORES DE SUPERFÍCIE CELULAR, 488

13.5 RECEPTORES CANAIS IÔNICOS LIGANTE- DEPENDENTES, 493

13.6 RECEPTORES LIGADOS A ENZIMAS, 496

13.7 RECEPTORES DE CITOCINAS, 500

13.8 RECEPTORES ACOPLADOS A PROTEÍNA G, 500

13.9 TRANSDUÇÃO DE SINAL BASEADA EM AMP CÍCLICO, 506

13.10 TRANSDUÇÃO DE SINAL BASEADA EM GMP CÍCLICO, 509

13.11 TRANSDUÇÃO DE SINAL BASEADA EM CÁLCIO, 512

13.12 TRANSDUÇÃO DE SINAL BASEADA EM FOSFOLIPÍDEOS, 514

BIBLIOGRAFIA, 517

QUESTÕES E RESPOSTAS, 518 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

13.1 Família de Receptores Tirosina Quinases ErbB/HER como Alvos para Quimioterapia do Câncer, 498

13.2 Receptores de Quimiocinas Acoplados a Proteína G como Alvos para o Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV), 502

13.3 Mutações em Proteína G Gsα em Tumores de Glândula Pituitária e Doenças Endócrinas, 504

13.4 Alterações em Proteínas Sinalizadoras de Receptor β- Adrenérgico em Insuficiência Cardíaca Congestiva, 507

13.5 Eixos Sinalizadores Óxido Nítrico/ cGMP como Alvos Terapêuticos em Doenças Cardíacas e Vasculares, 511

22.01.07

Sinalizadores Óxido Nítrico/ cGMP como Alvos Terapêuticos em Doenças Cardíacas e Vasculares, 511 22.01.07 16:25:03

16:25:03

XIV

|
|

CONTEÚDO

PARTE IV | VIAS METABÓLICAS E SEU CONTROLE

PARTE IV | VIAS METABÓLICAS E SEU CONTROLE

14 BIOENERGÉTICA E METABOLISMO OXIDATIVO, 521

|

14.1 SISTEMAS DE PRODUÇÃO E DE UTILIZAÇÃO DE ENERGIA, 522

14.2 RELAÇÕES TERMODINÂMICAS E COMPONENTES RICOS EM ENERGIA, 524

14.3 FONTES E DESTINOS DA ACETIL- COENZIMA A, 529

14.4 CICLO DOS ÁCIDOS TRICARBOXÍLICOS,

534

14.5 ESTRUTURA E COMPARTIMENTALI- ZAÇÃO POR MEMBRANAS MITOCON- DRIAIS, 540

14.6 CADEIA DE TRANSPORTE DE ELÉTRONS,

542

14.7 FOSFORILAÇÃO OXIDATIVA, 553

14.8 MEMBRANA MITOCONDRIAL INTERNA CONTÉM SISTEMAS DE TRANSPORTE DE SUBSTRATO 559

14.9 GENES MITOCONDRIAIS E DOENÇAS,

563

14.10 ESPÉCIES REATIVAS DE OXIGÊNIO (ROS),

565

BIBLIOGRAFIA, 568 QUESTÕES E RESPOSTAS, 569 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

14.1 Deficiência de Piruvato Desidrogenase, 533

14.2 Deficiência de Fumarase, 537

14.3 Envenenamento por Cianeto, 552

14.4 Neuropatia Óptica Hereditária de Leber, 564

14.5 Miopatias Mitocondriais Devido a Mutações em Genes de tRNA, 564

14.6 Intolerância a Exercício em Pacientes com Mutações no Citocromo b, 565

14.7 Lesão por Isquemia/Reperfusão,

567

15 METABOLISMO DE CARBOIDRATOS I:

|

PRINCIPAIS VIAS METABÓLICAS E SEU CONTROLE, 572

15.1 VISÃO GERAL, 573

15.2 GLICÓLISE, 574

15.3 VIA GLICOLÍTICA, 577

15.4 REGULAÇÃO DA GLICÓLISE, 584

15.5 GLUCONEOGÊNESE, 597

REGULAÇÃO DA GLICÓLISE, 584 15.5 GLUCONEOGÊNESE, 597 BioQ.00 14 15.6 GLICOGENÓLISE E GLICOGÊNESE, 609

BioQ.00

14

15.6 GLICOGENÓLISE E GLICOGÊNESE, 609

BIBLIOGRAFIA, 623 QUESTÕES E RESPOSTAS, 623

CORRELAÇÕES CLÍNICAS

15.1 Álcool e Barbituratos, 584

15.2 Envenenamento por Arsênico, 585

15.3 Intolerância à Frutose, 587

15.4 Diabetes Mellitus, 589

15.5 Acidose Láctica, 591

15.6 “Picles” de Porco e Hipertermia Maligna, 592

15.7 Angina Pectoris e Infarto do Miocárdio, 593

15.8 Deficiência de Piruvato Quinase e Anemia Hemolítica, 598

15.9 Hipoglicemia e Crianças Prematu- ras, 599

15.10 Hipoglicemia e Intoxicação Alcoólica, 608

15.11 Doenças de Armazenamento de Glicogênio, 612

16

|

METABOLISMO DE CARBOIDRATOS II:

VIAS ESPECIAIS E GLICOCONJUGADOS,

626

16.1 VISÃO GERAL, 627

16.2 VIA DAS PENTOSES FOSFATO, 627

16.3 INTERCONVERSÕES DE AÇÚCARES E FORMAÇÃO DE NUCLEOTÍDEO- AÇÚCAR, 631

16.4 BIOSSÍNTESE DE CARBOIDRATOS COMPLEXOS, 637

16.5 GLICOPROTEÍNAS, 638

16.6 PROTEOGLICANOS, 642

BIBLIOGRAFIA, 647

QUESTÕES E RESPOSTAS, 647 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

16.1 Glicose 6-Fosfato Desidrogenase:

Deficiência Genética ou presença de Variantes Genéticas em Eritrócitos, 629

16.2 Síndrome de Wernicke-Korsakoff:

Deficiência ou Presença de Varian- tes Genéticos de Transcetolase,

629

16.3 Síndromes de Glicoproteínas Deficientes em Carboidratos (CDGS), 632

16.4 Frutosúria Essencial e Intolerância à Frutose: Deficiência de Frutoqui- nase e de Frutose 1-Fosfato Aldo-

lase, 633

16.5 Galactosemia: Incapacidade de Transformar Galactose em Glicose,

634

22.01.07

1-Fosfato Aldo- lase, 633 16.5 Galactosemia: Incapacidade de Transformar Galactose em Glicose, 634 22.01.07 16:25:04

16:25:04

16.6 Pentosúria: Deficiência de Xilitol Desidrogenase, 635

16.7 Ácido Glucurônico: Significado Fisiológico da Formação de Glucuronídeos, 635

16.8 Substâncias dos Grupos Sangüí- neos, 638

16.9 Carboidrato Marcador Comum do Direcionamento Lisossomal e Doença da Célula I, 640

16.10 Aspartilglicosilaminúria: Ausência de 4-L-Aspartilglicosamina Amido- hidrolase, 641

16.11 Doenças de Glicolipídeos, 642

16.12 Heparina é um Anticoagulante,

643

16.13 Condrodistrofias Devidas a Defeitos de Sulfatação, 645

16.14 Mucopolissacaridoses, 646

17

|

METABOLISMO DE LIPÍDEOS I: SÍNTESE, ARMAZENAMENTO E UTILIZAÇÃO DE ÁCIDOS GRAXOS E TRIACILGLICERÓIS, 650

17.1 VISÃO GERAL, 651

17.2 NATUREZA QUÍMICA DE ÁCIDOS GRAXOS E ACILGLICERÓIS, 652

17.3 TRANSPORTE INTERÓRGÃOS DE ÁCIDOS

GRAXOS E SEUS PRODUTOS PRIMÁRIOS,

656

17.4 SÍNTESE DE ÁCIDOS GRAXOS:

LIPOGÊNESE, 657

17.5 ARMAZENAMENTO DE ÁCIDOS GRAXOS COMO TRIACILGLICERÓIS, 665

17.6 UTILIZAÇÃO DE ÁCIDOS GRAXOS PARA PRODUÇÃO DE ENERGIA, 667

17.7 REGULAÇÃO DO METABOLISMO DE LIPÍDEOS, 679

BIBLIOGRAFIA, 680 QUESTÕES E RESPOSTAS, 681 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

17.1 Obesidade, 654

17.2 Papel do Metabolismo de Ácidos Graxos em Diabetes Tipo 2, 655

17.3 Ciclo Triacilglicerol/Ácido Graxo,

668

17.4 Deficiências Genéticas no Transporte por Carnitina ou na Carnitina Palmitoil Transferase, 670

17.5 Deficiências Genéticas das Acil-CoA Desidrogenases, 672

17.6 Doença de Refsum, 675

17.7 Corpos Cetônicos como Combustí- veis: A Dieta Atkins, 677

Corpos Cetônicos como Combustí- veis: A Dieta Atkins, 677 BioQ.00 15 18 | CONTEÚDO | XV

BioQ.00

15
15

18 |

CONTEÚDO

|
|

XV

METABOLISMO DE LIPÍDEOS II: VIAS DO METABOLISMO DE LIPÍDEOS ESPECIAIS,

683

18.1 VISÃO GERAL, 684

18.2 FOSFOLIPÍDEOS, 684

18.3 COLESTEROL, 694

18.4 ESFINGOLIPÍDEOS, 706

18.5 PROSTAGLANDINAS E TROMBOXANES,

714

18.6 LIPOXIGENASE E ÁCIDOS

OXIEICOSATETRAENÓICOS, 718 BIBLIOGRAFIA, 721 QUESTÕES E RESPOSTAS, 722 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

18.1 Síndrome do Desconforto Respiratório, 687

18.2 Tratamento da Hipercolesterolemia,

703

18.3 Aterosclerose, 704

18.4 Diagnóstico da Doença de Gaucher em um Adulto, 713

19 | METABOLISMO DE AMINOÁCIDOS, 725

19.1 VISÃO GERAL, 726

19.2 INCORPORAÇÃO DE NITROGÊNIO EM AMINOÁCIDOS, 727

19.3 TRANSPORTE DE NITROGÊNIO PARA FÍGADO E RIM, 732

19.4 CICLO DA URÉIA, 733

19.5 SÍNTESE E DEGRADAÇÃO DE AMINOÁCIDOS INDIVIDUAIS, 736

BIBLIOGRAFIA, 766

QUESTÕES E RESPOSTAS, 767 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

19.1 Deficiências de Carbamoil Fosfato Sintetase e N-Acetilglutamato Sintetase, 736

19.2 Deficiências de Enzimas do Ciclo da Uréia, 738

19.3 Doenças do Metabolismo de Prolina, 739

19.4 Selenoproteínas, 740

19.5 Hiperglicinemia Não-Cetótica, 741

19.6 Deficiência de Ácido Fólico, 743

19.7 Fenilcetonúria, 745

19.8 Doenças do Metabolismo de Tirosina, 747

19.9 Mal de Parkinson, 748

19.10 Hiper-homocisteinemia e Aterogênese, 751

19.11 Doenças de Aminoácidos que Contêm Enxofre, 752

19.12 Acidúria Glutárica, 756

19.13 Esquizofrenia e Outras Doenças

Associadas a Neurotransmissores Derivados de Triptofano, 757

22.01.07

756 19.13 Esquizofrenia e Outras Doenças Associadas a Neurotransmissores Derivados de Triptofano, 757 22.01.07 16:25:04

16:25:04

XVI

|
|

CONTEÚDO

19.14 Doenças do Metabolismo de Aminoácidos de Cadeia Ramifi- cada, 757

19.15 Doenças do Metabolismo de Propionato e Metilmalonato, 760

19.16 Doenças Envolvendo Lisina e Ornitina, 762

19.17 Histidinemia, 762

19.18 Doenças do Metabolismo de Folato, 764

20

|

METABOLISMO DE PURINA E PIRIMIDINA NUCLEOTÍDEOS, 770

20.1 VISÃO GERAL, 771

20.2 FUNÇÕES METABÓLICAS DOS NUCLEOTÍDEOS, 771

20.3 METABOLISMO DE PURINA NUCLEOTÍDEOS, 772

20.4 METABOLISMO DE PIRIMIDINA NUCLEOTÍDEOS, 783

20.5 FORMAÇÃO DE DESOXIRRIBONUCLEO- TÍDEOS, 786

20.6 NUCLEOSÍDEO E NUCLEOTÍDEO QUINASES, 789

20.7 ENZIMAS QUE METABOLIZAM NUCLEOTÍDEOS COM UMA FUNÇÃO EM CICLO CELULAR E TAXA DE DIVISÃO

CELULAR, 790

20.8 SÍNTESE DE COENZIMAS NUCLEOTÍDEOS,

791

20.9 SÍNTESE E UTILIZAÇÃO DE 5-FOSFOR-

RIBOSIL-1-PIROFOSFATO, 791

20.10 AGENTES QUIMIOTERÁPICOS QUE INTERFEREM COM METABOLISMO DE

PURINA E PIRIMIDINA NUCLEOTÍDEOS,

793

BIBLIOGRAFIA, 799 QUESTÕES E RESPOSTAS, 800 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

20.1 Gota, 777

20.2 Síndrome de Lesch-Nyhan, 779

20.3 Atividade Aumentada da 5’- Nucleotidase Citosólica, 781

20.4 Doenças com Imunodeficiências Associadas com Defeitos na Degradação de Purina Nucleo- sídeos, 782

20.5 Pacientes com Câncer em Tratamento por Radiações ou Quimioterapia, 783

20.6 Subclasses de Pacientes com Autismo, 783

20.7 Acidúria Orótica Hereditária, 785

com Autismo, 783 20.7 Acidúria Orótica Hereditária, 785 BioQ.00 16 21 | METABOLISMO DO HEME E

BioQ.00

16

21 |

METABOLISMO DO HEME E DO FERRO,

803

21.1 METABOLISMO DO FERRO: VISÃO GERAL, 804

21.2 PROTEÍNAS QUE CONTÊM FERRO, 804

21.3 ABSORÇÃO INTESTINAL DE FERRO, 807

21.4 REGULAÇÃO MOLECULAR DA UTILIZAÇÃO DE FERRO, 808

21.5 DISTRIBUIÇÃO E CINÉTICA DO FERRO,

811

21.6 BIOSSÍNTESE DE HEME, 813

21.7 CATABOLISMO DE HEME, 821

BIBLIOGRAFIA, 826

QUESTÕES E RESPOSTAS, 827 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

21.1 Sobrecarga de Ferro e Infecção,

805

21.2 Patogenicidade Microbiana e Ferro, 805

21.3 Síntese do Grupo Ferro-Enxofre e

Doença Humana, 807

21.4 Ataxia de Friedreich, 807

21.5 Absorção Duodenal de Ferro, 809

21.6 Elementos de Resposta ao Ferro

Mutante, 811

21.7 Deficiência de Ceruloplasmina, 812

21.8 Anemia por Deficiência de Ferro,

812

21.9 Hemocromatose Tipo I: Genética Molecular e a Questão das Dietas Enriquecidas em Ferro, 814

21.10 Hemocromatose Tipo III, 814

21.11 Porfiria Intermitente Aguda, 817

21.12 Papel Citoprotetor de Heme Oxigenase, 822

21.13 Hemólise Isoimune Neonatal, 824

21.14 Deficiência de Bilirrubina UDP- Glucuronosiltransferase, 824

21.15 Elevação de Bilirrubina Conjugada no Soro, 825

22 | INTER-RELAÇÕES METABÓLICAS, 829

22.1 VISÃO GERAL, 830

22.2 CICLO JEJUM-ALIMENTAÇÃO, 830

22.3 MECANISMOS ENVOLVIDOS NA MUDANÇA DO METABOLISMO HEPÁ- TICO ENTRE OS ESTADOS BEM- ALIMENTADO E DE JEJUM, 843

22.4 INTER-RELAÇÕES METABÓLICAS DE TECIDOS EM VÁRIOS ESTADOS NUTRICIONAIS E HORMONAIS, 852

BIBLIOGRAFIA, 866 QUESTÕES E RESPOSTAS, 868

22.01.07

DE TECIDOS EM VÁRIOS ESTADOS NUTRICIONAIS E HORMONAIS, 852 BIBLIOGRAFIA, 866 QUESTÕES E RESPOSTAS, 868 22.01.07
DE TECIDOS EM VÁRIOS ESTADOS NUTRICIONAIS E HORMONAIS, 852 BIBLIOGRAFIA, 866 QUESTÕES E RESPOSTAS, 868 22.01.07

16:25:05

CORRELAÇÕES CLÍNICAS

22.1 Obesidade, 831

22.2 Subnutrição Protéica, 832

22.3 Jejum, 833

22.4 Síndrome de Reye, 837

22.5 Coma Hiperglicêmico, Hiperosmolar, 841

22.6 Hiperglicemia e Glicação de Proteínas, 841

22.7 Diabetes Mellitus Tipo 2, 855

22.8 Diabetes Mellitus Tipo 1, 857

22.9 Via do Poliol e Complicações do Diabetes, 857

22.10 Caquexia do Câncer, 858

PARTE V | PROCESSOS FISIOLÓGICOS

PARTE V | PROCESSOS FISIOLÓGICOS

23 | BIOQUÍMICA DE HORMÔNIOS, 870

23.1 VISÃO GERAL, 871

23.2 HORMÔNIOS E O SISTEMA DE CASCATA HORMONAL, 872

23.3 SÍNTESE DE HORMÔNIOS

POLIPEPTÍDICOS E HORMÔNIOS DERI- VADOS DE AMINOÁCIDOS, 875

23.4 PROTEÍNAS DE SINALIZAÇÃO HORMONAL, 883

23.5 RECEPTORES DE HORMÔNIOS DE MEMBRANA, 891

23.6 CASCATA HORMONAL INTRACELULAR:

PROTEÍNAS QUINASES, 894

23.7 HORMÔNIOS ESTERÓIDES, 902

23.8 RECEPTORES DE HORMÔNIOS ESTERÓIDES, 914

BIBLIOGRAFIA, 921

QUESTÕES E RESPOSTAS, 922 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

23.1 Testando a Atividade da Pituitária

Anterior, 875

23.2 Hipopituitarismo, 879

23.3 Atividade Reduzida do Receptor de Insulina Quinase no Diabetes Mellitus Gestacional, 897

23.4 Contracepção Oral, 913

23.5 Síndrome do Excesso Aparente de Mineralocorticóide, 917

23.6 Mutação no Receptor de Mineralocorticóide Resulta em

Hipertensão e Toxemia da Gravidez,

919

Resulta em Hipertensão e Toxemia da Gravidez, 919 BioQ.00 17 24 | CONTEÚDO | XVII BIOLOGIA

BioQ.00

17

24

|

CONTEÚDO

|
|

XVII

BIOLOGIA MOLECULAR DAS CÉLULAS,

925

24.1 VISÃO GERAL, 926

24.2 TECIDO NERVOSO: METABOLISMO E FUNÇÃO, 926

24.3 OLHO: METABOLISMO E VISÃO, 938

24.4 MOTORES MOLECULARES E PROTEÍNAS ASSOCIADAS, 952

24.5 MECANISMO DA COAGULAÇÃO DO SANGUE, 967

BIBLIOGRAFIA, 983 QUESTÕES E RESPOSTAS, 984 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

24.1 Síndrome Miastênica de Lambert- Eaton, 933

24.2 Miastenia Gravis: Uma Doença Neuromuscular, 935

24.3 Degeneração da Mácula e Perda de Visão, 942

24.4 Doença de Niemann-Pick e Retinite Pigmentosa, 942

24.5 Retinite Pigmentosa por Mutação do Gene da Periferina, 944

24.6 Amaurose Congênita de Leber:

Distrofia da Retina Levando a Cegueira, 949

24.7 Glicação e Estrutura e Função de Miosina, 956

24.8 Cardiomiopatias Hipertróficas Familiares e Mutações em Proteínas Musculares, 957

24.9 Cardiomiopatia Dilatada e Mutações em Actina, 958

24.10 Subunidades da Troponina como Marcadores de Infarto do Miocárdio, 961

24.11 Canelopatias de Íons Voltagem- Dependentes, 962

24.12 Canais Iônicos e Doença do Músculo Cardíaco, 962

24.13 Mutações Afetando Pigmentação:

Existe uma Conexão com Motor Molecular?, 965

24.14 Defeitos da Via Intrínseca:

Deficiência de Pré-calicreína, 970

24.15 Hemofilia Clássica, 974

24.16 Uso de Fator VIIa Recombinante para Controlar Sangramento, 975

24.17 Trombose: Defeitos na Via da Proteína C e Níveis Aumentados de Fatores da Coagulação, 979

22.01.07

975 24.17 Trombose: Defeitos na Via da Proteína C e Níveis Aumentados de Fatores da Coagulação,
975 24.17 Trombose: Defeitos na Via da Proteína C e Níveis Aumentados de Fatores da Coagulação,

16:25:05

XVIII

|
|

CONTEÚDO

25 | CICLO CELULAR, MORTE CELULAR PROGRAMADA E CÂNCER, 987

25.1 VISÃO GERAL, 988

25.2 CICLO CELULAR, 988

25.3 APOPTOSE: MORTE CELULAR PROGRAMADA, 993

25.4 CÂNCER, 997

BIBLIOGRAFIA, 1005

QUESTÕES E RESPOSTAS, 1007 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

25.1 Vírus Oncogênicos de DNA, 999

25.2 Droga Anti-Câncer Molecularmente Dirigida, 1002

25.3 Causa Ambiental de Cânceres Humanos, 1003

26 |

DIGESTÃO E ABSORÇÃO DE

CONSTITUINTES NUTRICIONAIS BÁSICOS,

1009

26.1 VISÃO GERAL, 1010

26.2 CONSIDERAÇÕES GERAIS, 1012

26.3 TRANSPORTE EPITELIAL, 1016

26.4 DIGESTÃO E ABSORÇÃO DE PROTEÍNAS,

1024

26.5 DIGESTÃO E ABSORÇÃO DE CARBOIDRATOS, 1028

26.6 DIGESTÃO E ABSORÇÃO DE LIPÍDEOS,

1031

26.7 METABOLISMO DE ÁCIDOS BILIARES,

1037

BIBLIOGRAFIA, 1040 QUESTÕES E RESPOSTAS, 1040 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

26.1 Cloridorréia Familiar Causa Alcalose Metabólica, 1017

26.2 Fibrose Cística, 1020

26.3 Diarréias Toxigênicas Bacterianas e Terapia de Reposição de Eletrólitos,

1021

26.4 Aminoacidúria Neutra: Doença de Hartnup, 1026

26.5 Deficiência de Dissacaridases, 1030

26.6 Intervenções Farmacológicas para Evitar Absorção de Gordura e Obesidade, 1033

26.7 Cálculos de Colesterol, 1036

26.8 A-β-Lipoproteinemia, 1038

de Colesterol, 1036 26.8 A- β -Lipoproteinemia, 1038 BioQ.00 18 27 | PRINCÍPIO DE NUTRIÇÃO I:

BioQ.00

18
18

27 | PRINCÍPIO DE NUTRIÇÃO I:

MACRONUTRIENTES, 1043

27.1 VISÃO GERAL, 1044

27.2 METABOLISMO ENERGÉTICO, 1044

27.3 METABOLISMO DE PROTEÍNAS, 1045

27.4 DESNUTRIÇÃO PROTÉICO-ENERGÉTICA,

1048

27.5 EXCESSIVA INGESTÃO PROTÉICO- ENERGÉTICA, 1050

27.6 CARBOIDRATOS, 1051

27.7 GORDURAS, 1051

27.8 FIBRAS, 1052

27.9 COMPOSIÇÃO DOS MACRONUTRIENTES DA DIETA, 1054

BIBLIOGRAFIA, 1059

QUESTÕES E RESPOSTAS, 1060 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

27.1 Dietas Vegetarianas e Necessidades

Protéico-Energéticas para Crianças,

1047

27.2 Ingestão de Proteínas na Dieta e Doença Renal, 1048

27.3 Oferecendo Proteínas e Calorias

Adequadas a Pacientes Hospitali- zados, 1049

27.4 Carga de Carboidratos e Resistência Atlética, 1052

27.5 Dietas Ricas em Carboidratos Versus Dietas Ricas em Gorduras para Diabéticos, 1053

27.6 Ácidos Graxos Poliinsaturados e Fatores de Risco para Doença Cardíaca, 1055

27.7 Adaptação Metabólica:

Relação entre Ingestão de Carboi- dratos e Triacilgliceróis no Soro,

1059

28 | PRINCÍPIO DE NUTRIÇÃO II:

MICRONUTRIENTES, 1063

28.1 VISÃO GERAL, 1064

28.2 AVALIAÇÃO DE MÁ NUTRIÇÃO, 1064

28.3 INGESTÃO DIETÉTICAS DE REFERÊNCIAS,

1064

28.4 VITAMINAS LIPOSSOLÚVEIS, 1066

28.5 VITAMINAS HIDROSSOLÚVEIS, 1073

28.6 VITAMINAS HIDROSSOLÚVEIS LIBERADORAS DE ENERGIA, 1074

28.7 VITAMINAS HIDROSSOLÚVEIS HEMATOPOIÉTICAS, 1079

28.8 OUTRAS VITAMINAS HIDROSSOLÚVEIS,

1082

28.9 MACROMINERAIS, 1084

28.10 MINERAIS TRAÇOS, 1084

22.01.07

1079 28.8 OUTRAS VITAMINAS HIDROSSOLÚVEIS, 1082 28.9 MACROMINERAIS, 1084 28.10 MINERAIS TRAÇOS, 1084 22.01.07 16:25:05
1079 28.8 OUTRAS VITAMINAS HIDROSSOLÚVEIS, 1082 28.9 MACROMINERAIS, 1084 28.10 MINERAIS TRAÇOS, 1084 22.01.07 16:25:05

16:25:05

28.11 DIETA AMERICANA: FATO E FALÁCIA,

1087

28.12 AVALIAÇÃO DO ESTADO NUTRICIONAL NA PRÁTICA CLÍNICA, 1087 BIBLIOGRAFIA, 1089 QUESTÕES E RESPOSTAS, 1091 CORRELAÇÕES CLÍNICAS

28.1 Considerações Nutricionais na Fibrose Cística, 1068

28.2 Osteodistrofia Renal, 1069

28.3 Considerações Nutricionais em Recém-Nascidos, 1073

28.4 Drogas Anticonvulsivantes e Necessidades Vitamínicas, 1074

Drogas Anticonvulsivantes e Necessidades Vitamínicas, 1074 BioQ.00 19 CONTEÚDO | XIX 28.5 Considerações Nutricionais

BioQ.00

19
19

CONTEÚDO

|
|

XIX

28.5 Considerações Nutricionais em Alcoólatras, 1076

28.6 Necessidades de Vitamina B 6 em

Usuários de Contraceptivos Orais,

1078

28.7 Polimorfirmos Genéticos e Necessidades de Ácido Fólico, 1081

28.8 Dieta e Osteoporose, 1085

28.9 Necessidades Nutricionais de Idosos, 1089

APÊNDICE REVISÃO DE QUÍMICA ORGÂNICA, 1094 GLOSSÁRIO, 1107 ÍNDICE, 1134

22.01.07

de Idosos, 1089 APÊNDICE REVISÃO DE QUÍMICA ORGÂNICA, 1094 GLOSSÁRIO, 1107 ÍNDICE, 1134 22.01.07 16:25:06

16:25:06

BioQ.01 1 CAPÍTULO 1 ESTRUTURA DA CÉLULA EUCARIÓTICA | 1 PARTE 1 ESTRUTURAS DE MACROMOLÉCULAS

BioQ.01

1

CAPÍTULO 1 ESTRUTURA DA CÉLULA EUCARIÓTICA

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1

PARTE 1 ESTRUTURAS DE MACROMOLÉCULAS

– � O H H 104.5 o � + � +
O
H
H
104.5 o
� +
� +

1

MACROMOLÉCULAS – � O H H 104.5 o � + � + 1 ESTRUTURA DA CÉLULA
MACROMOLÉCULAS – � O H H 104.5 o � + � + 1 ESTRUTURA DA CÉLULA

ESTRUTURA DA CÉLULA EUCARIÓTICA

Thomas M. Devlin

� + 1 ESTRUTURA DA CÉLULA EUCARIÓTICA Thomas M. Devlin 1.1 VISÃO GERAL: CÉLULAS E COMPARTIMENTOS

1.1 VISÃO GERAL: CÉLULAS E COMPARTIMENTOS CELULARES, 2

1.2 ÁGUA, pH E SOLUTOS: O AMBIENTE AQUOSO DAS CÉLULAS, 3 Pontes de hidrogênio formam-se entre moléculas de água, 3 Água tem propriedades singulares como solvente,

4

Algumas moléculas dissociam-se formando cátions e ânions, 5 Água é um eletrólito fraco, 6 Muitas moléculas biologicamente importantes são ácidos ou bases fracos, 6 Ácido carbônico, 7 Equação de Henderson-Hasselbalch define a rela- ção entre pH e concentrações de ácido e base conjugados, 8 Tamponamento é importante para controlar o pH,

9

1.3 COMPOSIÇÃO DE CÉLULAS EUCARIÓTICAS:

PAPÉIS FUNCIONAIS DE ORGANELAS SUBCE- LULARES E SISTEMAS DE MEMBRANAS, 11 Composição química geral das células, 12 Papel funcional de organelas subcelulares e siste- mas de membranas, 13 Membrana Plasmática é a fronteira de uma célula, 13 Núcleo é local de síntese de DNA e RNA, 13

Retículo endoplasmático participa da síntese protéica e de muitas vias de síntese, 13 Complexo de Golgi está envolvido na secreção de proteínas, 14 Mitocôndria fornece a maior parte do ATP de que a célula necessita, 14

Lisossomos são necessários para digestão intrace- lular, 15 Peroxissomos desempenham papel importante no metabolismo de lipídeos, 17 Citoesqueleto organiza o conteúdo intracelular,

18

Citosol contém componentes celulares solúveis,

18

1.4 INTEGRAÇÃO E CONTROLE DAS FUNÇÕES CELULARES, 19

BIBLIOGRAFIA, 20

QUESTÕES E RESPOSTAS, 20

CORRELAÇÕES CLÍNICAS

1.1 Concentração Sangüínea de Bicarbonato na Acidose Metabólica, 10

1.2 Doenças Mitocondriais, 15

1.3 Enzimas Lisossomais e Gota, 16

1.4 Deficiência de Lipase Ácida Lisossomal, 18

1.5 Doenças da Biogênese de Peroxissomos (PBDs), 19

22.01.07

1.4 Deficiência de Lipase Ácida Lisossomal, 18 1.5 Doenças da Biogênese de Peroxissomos (PBDs), 19 22.01.07

16:09:40

1.3 | COMPOSIÇÃO DE

DE ORGANELAS

SUBCELULARES

E SISTEMAS DE

MEMBRANAS

CÉLULAS

EUCARIÓTICAS:

PAPÉIS FUNCIONAIS

Células eucarióticas contêm organelas celulares bem definidas, como núcleo, mitocôndrias, lisossomos e peroxissomos, todos delimitados por uma membrana (Figura 1.9). Membranas formam uma rede tubular por toda a célula, o retículo endoplasmático e o complexo de Golgi, englobando um espaço interconectado ou cis- ternas, respectivamente. A natureza lipídeo-proteína das membranas celulares (ver p. 455) impede rápi- do movimento de muitas moléculas, incluindo água, de um compartimento para outro. Mecanismos específicos para deslocamento de moléculas pequenas e grandes, carregadas ou não-carregadas, permitem que as várias membranas modulem concentrações de substâncias em seus compartimentos. Citosol e compartimento fluido de organelas têm composição distinta em íons inorgâni- cos, moléculas orgânicas, proteínas e ácidos nucléicos.

ER P M ER G Núcleo Ly Nucléolo M (a)
ER
P
M
ER
G
Núcleo
Ly
Nucléolo
M
(a)
nucléicos. ER P M ER G Núcleo Ly Nucléolo M (a) BioQ.01 11 CAPÍTULO 1 ESTRUTURA

BioQ.01

11

CAPÍTULO 1 ESTRUTURA DA CÉLULA EUCARIÓTICA

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11

Partição de atividades e componentes em espaços delimitados por membranas tem muitas vantagens para a economia da célula, incluindo (a) seqüestro de subs- tratos, cofatores e enzimas para maior eficiência me- tabólica e (b) ajuste de pH e composição iônica para máxima atividade de processos biológicos. As atividades e a composição de estruturas e organe- las celulares são determinadas em células intactas por métodos histoquímicos, imunológicos e de coloração fluorescente. Observações contínuas em tempo real de eventos celulares em células intactas viáveis são possí- veis. Por exemplo, mudanças de pH e de concentração de íon cálcio podem ser estudadas no citosol pelo uso de indicadores íon-específicos. Organelas individuais, membranas e componentes do citosol podem ser isola- dos e analisados após rompimento da membrana plas- mática. Técnicas para romper membranas incluem uso de detergentes, choque osmótico ou homogeneização de tecidos, onde o atrito quebra a membrana plasmática. Em meios de isolamento apropriados, organelas celula- res e sistemas de membranas podem ser separados por centrifugação, graças a diferenças em tamanho e densi- dade. Essas técnicas permitiram isolamento de frações celulares da maioria dos tecidos de mamíferos. Além disso, componentes de organelas, como mitocôndrias e peroxissomos, podem ser isolados após rompimento da membrana da organela. Pelo uso dessas várias técnicas, as atividades e as funções dos vários compartimentos celulares foram estudadas.

Membrana nuclear

Lisossomos Membrana celular
Lisossomos
Membrana celular

Centríolos

Complexo

de Golgi

Núcleo

Nucléolo

Cromatina

Ribossomos

livres

Vacúolo

Retículo

endoplasmático

(b)

Mitocôndria

FIGURA 1.9 (a) Micrografia eletrônica de uma célula de fígado de rato, marcada para indicar os principais componentes estruturais de células eucarióticas e (b) desenho esquemático de uma célula animal. Note o número e a variedade de organelas subcelulares e a rede de membranas interconectadas que delimitam canais ou cisternas. Nem todas as células eucarióticas são tão complexas em sua aparência, mas a maioria contém as principais estruturas mostradas. ER, retículo endoplasmático; G, zona do Golgi; Ly, lisossomo; P, peroxissomo; M, mitocôndria. Fotografia (a) reimpressa com permissão de Dr. K. R. Porter de Porter, K. R., e Bonneville, M. A. Em: Fine Structure of Cells and Tissues. Philadelphia: Lea & Febiger, 1972; esquema (b) reimpresso com permissão de Voet, D., e Voet, J. G. Biochemistry, 2ª ed., New York, Wiley, 1995. © (1995) John Wiley & Sons, Inc.

22.01.07

D., e Voet, J. G. Biochemistry , 2ª ed., New York, Wiley, 1995. © (1995) John
D., e Voet, J. G. Biochemistry , 2ª ed., New York, Wiley, 1995. © (1995) John

16:09:57

pendência mútua. Estima-se que esse evento possa ter ocorrido há cerca de três bilhões de anos. A herança mitocondrial ocorre por transmissão materna e tem sido possível estudar o movimento global humano por avaliação das variações em mtDNA. Mitocôndrias tam- bém têm os RNAs (ver p. 66) e enzimas necessárias para catalisar a síntese de algumas proteínas. A maioria das proteínas mitocondriais, entretanto, derivaram de genes presentes no DNA nuclear e são sintetizadas em ribossomos livres no citosol, depois importadas para a organela. Há várias centenas de doenças genéticas de atividades mitocondriais; algumas resultam de muta- ções no DNA nuclear que codifica proteínas mitocon- driais, enquanto outras resultam de mutações no DNA mitocondrial (ver Corr. Clín. 1.2).

Lisossomos São Necessários para Digestão Intracelular

Lisossomos são responsáveis pela digestão intrace- lular de substâncias extracelulares e intracelulares. Com uma única membrana delimitante, mantêm uma matriz com pH ácido de cerca de 5. Encapsulada nes- sas organelas está uma classe de enzimas glicoprotéi- cas – hidrolases – que catalisam clivagem hidrolítica de ligações carbono-oxigênio, carbono-nitrogênio, carbo-

CAPÍTULO 1 ESTRUTURA DA CÉLULA EUCARIÓTICA

|
|

15

no-enxofre e oxigênio-fósforo em proteínas, lipídeos, carboidratos e ácidos nucléicos. Uma lista parcial das enzimas lisossomais é apresentada na Tabela 1.7. Hi- drolases lisossomais são mais ativas em pHs ácidos e quebram moléculas complexas em compostos simples de baixo peso molecular que podem ser reutilizados. A relação entre pH e atividade enzimática é discutida na p. 368. O conteúdo enzimático dos lisossomos varia em di- ferentes tecidos e depende das funções específicas do tecido. A membrana lisossomal contém mediadores e receptores protéicos específicos, bem como transporta- dores para deslocamento de substâncias através dela. Lisossomos isolados só catalisam hidrólise de subs- tratos adicionados quando a membrana lisossomal é rompida. Rompimento da membrana em células leva à digestão celular. Várias condições patológicas têm sido atribuídas à liberação de enzimas lisossomais, incluin- do artrite, respostas alérgicas, várias doenças muscula- res e destruição tecidual induzida por drogas (ver Corr. Clín. 1.3).

CORRELAÇÃO CLÍNICA 1.2 Doenças Mitocondriais A primeira doença (doença de Luft) envolvendo es- pecificamente

CORRELAÇÃO CLÍNICA 1.2

Doenças Mitocondriais

A primeira doença (doença de Luft) envolvendo es- pecificamente transdução de energia mitocondrial foi relatada em 1962. Uma paciente de 30 anos de idade apresentava fraqueza generalizada, transpi- ração excessiva, alta ingesta calórica sem ganho de peso e taxa de metabolismo basal muito elevada (uma medida da utilização de oxigênio). Ela tinha um defeito no mecanismo que controla a utilização de oxigênio pela mitocôndria (ver Capítulo 14). Desde então, várias centenas de anomalias gené- ticas foram identificadas que levam a alterações em enzimas, ácidos ribonucléicos, componentes do transporte de elétrons e sistemas de transporte de membranas mitocondriais. Mutações no mtDNA bem como no DNA nuclear levam a doenças gené- ticas mitocondriais. A primeira doença identificada que se deve a uma mutação no mtDNA foi Neuropa-

tia Óptica Hereditária de Leber, que leva a ceguei- ra súbita no início da idade adulta. Muitas doenças mitocondriais envolvem músculo esquelético e sis- tema nervoso central. Lesões no DNA mitocondrial podem ocorrer, devido a radicais livres (superóxi- dos) formados nas mitocôndrias. Anomalias nas mitocôndrias têm sido implicadas na patofisiologia de esquisofrenia, doença bipolar e doenças dege- nerativas relacionadas com idade, como a doença de Parkinson, de Alzheimer e cardiomiopatias. Re- centemente, sugeriu-se que uma única mutação em um tRNA mitocondrial levaria a uma constelação de sintomas, incluindo hipertensão, colesterol ele- vado no sangue e níveis baixos de Mg 2+ no plasma. Ver as seguintes Correlações Clínicas para detalhes de doenças mitocondriais: 6.5, p. 217; 14.4, p. 564; 14.5, p. 564; 14.6, p. 565; e 14.7, p. 567.

Fonte: Luft, R. The development of mitochondrial medicine. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91:8731, 1994; Chalmers, R.M. e Schapira, A.H.V. Clinical, biochemical and molecular genetic features of Leber’s hereditary optic neuropathy. Biochim. Biophys. Acta 1410:147, 1999; Wallace, D.C. Mitochondrial DNA in aging and disease. Sci. Am. 280:40, 1997; e Wallace, D.C. Mitochondrial diseases in man and mouse. Science 283:1482, 1999.

1997; e Wallace, D.C. Mitochondrial diseases in man and mouse. Science 283:1482, 1999. BioQ.01 15 22.01.07

BioQ.01

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CAPÍTULO 1 ESTRUTURA DA CÉLULA EUCARIÓTICA

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CORRELAÇÃO CLÍNICA 1.5 Doenças de Biogênese de Peroxissomos (PBDs) Peroxissomos são responsáveis por várias

CORRELAÇÃO CLÍNICA 1.5

Doenças de Biogênese de Peroxissomos (PBDs)

Peroxissomos são responsáveis por várias reações metabólicas importantes, incluindo síntese de glice- rol éteres, encurtamento de ácidos graxos de cadeia muito longa para que as mitocôndrias possam oxi- dá-los completamente, e oxidação da cadeia lateral do colesterol necessária à síntese de ácidos bilia- res. Doenças de biogênese de peroxissomos (PBDs) compreendem mais de 25 doenças genética e fenoti- picamente relacionadas que envolvem atividades en- zimáticas de peroxissomos. São doenças autossômi- cas recessivas raras que se caracterizam por níveis diminuídos de lipídeos glicerol-éteres (plasmalo- gênios), níveis aumentados de ácidos graxos de ca- deias muito longas (C 24 e C 26 ) e de derivados do áci- do colestanóico (precursores de ácidos biliares). As

doenças podem afetar fígado, rim, cérebro e sistema esquelético. A mais grave é síndrome de Zellweger, que se deve à ausência de peroxissomos funcionais; morte freqüentemente ocorre por volta dos 6 meses de idade. Nessa condição, o defeito genético está no mecanismo para importar enzimas para a matriz dos peroxissomos. Algumas condições PBD são cau- sadas por mutações de splice doador ou de sentido errado (missense) (ver p. 158); em algumas, há au- sência de uma única enzima metabólica ou defeito em um componente do transporte de membranas. Em alguns casos, a doença pode ser diagnosticada antes do nascimento por ensaio de enzimas de pero- xissomos ou de ácidos graxos em células do líquido amniótico.

Fonte : Wanders, R. J., Schutgens, R. B., e Barth, P. G. Peroxissomal disorders: A review. J. Neuropathol. Exp. Neu - rol. 54: 726, 1995; FitzPatrick, D. R., Zellweger syndrome and associated phenotypes. J. Med. Genet. 33:863, 1996; e Warren, D.S., Wolfe, B. D. e Gould, S. J. Phenotype-genotype relationships in PEX10-deficient peroxisome biogenesis disorder patients. Hum. Mutat. 15:509, 2000.

1.4 | INTEGRAÇÃO E CON-

TROLE DAS FUNÇÕES

CELULARES

Uma célula eucariótica é uma estrutura complexa que mantém um ambiente intracelular que permite que muitas reações complexas e funções ocorram com a máxima eficiência possível. Células de organismos mul- ticelulares também participam da manutenção do bem- estar de todo o organismo, exercendo influências umas sobre as outras para manter equilíbrio entre atividades tissulares e celulares. Processos intracelulares e vias metabólicas são muito bem controlados e integrados para conseguir esse equilíbrio. Pouquíssimas funções operam de modo totalmente independente; mudanças em uma função podem exercer uma influência, positiva ou negativa, sobre outras funções. Como será descrito ao longo deste livro, controles de função são mediados em muitos níveis, desde a expressão de um gene para alterar a concentração de uma enzima ou proteína efe- tora, até mudanças em níveis de substrato ou coenzi- ma para ajustar a velocidade de uma reação enzimática específica. A integração de muitos processos celulares é controlada por proteínas que funcionam como ativa- dores ou inibidores, que mantêm homeostase celular. Muitos processos celulares são programados para ocor- rerem em condições específicas; por exemplo, divisão

rerem em condições específicas; por exemplo, divisão BioQ.01 19 celular em células normais só ocorre quando

BioQ.01

19
19

celular em células normais só ocorre quando os pro- cessos necessários à divisão celular são ativados (ver p. 989). Então, e somente então, ocorre uma série de reações ordenadas e integradas, culminando na divisão de uma célula em duas células filhas. Um processo fas- cinante é apoptose, morte celular programada, tam- bém chamada suicídio celular (ver p. 993). Esse pro- cesso cuidadosamente regulado ocorre em células de todos os tecidos de mamíferos, mas etapas individuais do processo variam de tecido para tecido. Muitas doen- ças devem-se a erro em mecanismos específicos de con- trole. À medida que alguém amplia sua compreensão da complexidade de células biológicas, esse alguém fica admirado de que não ocorram muito mais erros e de que não existam muito mais indivíduos com condições anormais. Assim, à medida que prosseguimos para o es- tudo de componentes químicos separados e atividades de células em capítulos subseqüentes, é importante não esquecer as atividades concomitantes e vizinhas, limi- tações e influência do ambiente. Só conciliando todas as partes e atividades de uma célula – isto é, montando o quebra-cabeça – é que apreciaremos a maravilha das células vivas.

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16:10:03

BioQ.02 CAPÍTULO 2 DNA E RNA: COMPOSIÇÃO E ESTRUTURA | 23 PARTE 1 ESTRUTURAS DE

BioQ.02

CAPÍTULO 2 DNA E RNA: COMPOSIÇÃO E ESTRUTURA

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23

PARTE 1 ESTRUTURAS DE MACROMOLÉCULAS

PARTE 1 ESTRUTURAS DE MACROMOLÉCULAS

PARTE 1 ESTRUTURAS DE MACROMOLÉCULAS 2

2

ESTRUTURA | 23 PARTE 1 ESTRUTURAS DE MACROMOLÉCULAS 2 DNA E RNA: COMPOSIÇÃO E ESTRUTURA Stephen

DNA E RNA: COMPOSIÇÃO E ESTRUTURA

Stephen A. Woski e Francis J. Schmidt

E ESTRUTURA Stephen A. Woski e Francis J. Schmidt 2.1 VISÃO GERAL, 24 Dogma central da

2.1 VISÃO GERAL, 24 Dogma central da biologia molecular, 24 DNA pode transformar células, 24 Capacidade de informação do DNA é enorme, 25

2.2 COMPONENTES ESTRUTURAIS DOS ÁCIDOS NUCLÉICOS: NUCLEOBASES, NUCLEOSÍDEOS E NUCLEOTÍDEOS, 26 Propriedades físicas de nucleosídeos e nucleotí- deos, 26 Propriedades estruturais de nucleosídeos e nu- cleotídeos, 27

2.3 ESTRUTURA DO DNA, 28 Estrutura polinucleotídica, 28 Conformações dos polinucleotídeos, 29

Estabilidade do Esqueleto polinucleotídico,

30

DNA dupla-hélice, 31

Fatores que estabilizam DNA dupla-hélice,

34

Desnaturação e renaturação, 35 Hibridização, 36 Conformações do DNA dupla-hélice, 39 Estruturas não-canônicas de DNA, 40 DNA dobrado, 41 DNA cruciforme, 41 DNA tripla-fita, 43 DNA quatro-fitas, 44 DNA deslocado, 46

2.4 ORDEM SUPERIOR DA ESTRUTURA DO DNA, 47 DNA genômico pode ser linear ou circular, 47 DNA é super-hélice, 49 Topoisomerases, 50

Empacotamento do DNA procariótico, 51 Organização da cromatina eucariótica, 54 Nucleossomos e polinucleossomos, 55 Empacotamento de polinucleossomos em estruturas superiores, 56

2.5 SEQÜÊNCIA E FUNÇÃO DO DNA, 57 Endonucleases de restrição e palíndromes, 57 A maior parte do DNA procariótico codifica pro- teínas específicas, 58 Apenas uma pequena percentagem do DNA euca- riótico consisde de genes funcionais, 59 Seqüências repetidas, 60

2.6 ESTRUTURA DO RNA, 61 RNA é um polímero de ribonucleosídeos 5-mono fosfato, 61 Estrutura secundária do RNA envolve pareamen- to de bases intramolecular, 61 Moléculas de RNA têm estruturas terciárias, 62

2.7 TIPOS DE RNA, 64

RNA transportador tem duas funções: ativar aminoácidos e reconhecer códons no mRNA,

64

RNA ribossômico é parte do aparelho de síntese protéica, 65 RNAs mensageiros carregam a informação para a estrutura primária de proteínas, 66 Mitocôndrias contêm espécies peculiares de

RNA, 66 RNA em partículas ribonucleoprotéicas, 67 RNA catalítico: ribozimas, 67 RNAs podem ligar outras moléculas, 68 RNAs controlam tradução, 69

23

22.01.07

RNA catalítico: ribozimas, 67 RNAs podem ligar outras moléculas, 68 RNAs controlam tradução, 69 23 22.01.07

16:20:49

28

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PARTE 1 ESTRUTURA DE MACROMOLÉCULAS

os átomos de carbono desse arranjo lembram a letra S; por isso, essa conformação é às vezes chamada confor- mação-Sul. Na segunda torção comum, C3’ é deslocada em direção à face endo e é chamada C3’-endo. Os car- bonos da pentose desenham uma letra N, produzindo a conformação-Norte. É notável que os grupos ligados ao açúcar fiquem em orientações muito diferentes em cada uma dessas conformações. Por exemplo, grupos 5’- e 3’-fosfatos ficam muito mais afastados na torção C2’-endo do que na C3’-endo. A orientação da ligação glicosídica também muda significativamente nas duas conformações. Conformações C2’-endo e C3’-endo estão em rápido equilíbrio. Um substituinte eletronegativo na posição 2’ da pentose favorece a conformação C3’-endo. Portan- to, ribonucleosídeos em RNA preferem essa torção do açúcar. Fatores adicionais como pontes de hidrogênio entre o grupo 2’-OH e o átomo O4’ do resíduo vizinho deslocam o equilíbrio para a conformação C3’-endo. Entretanto, os 2’-desoxinucleosídeos do DNA contêm um hidrogênio em lugar do grupo 2’-OH, e a conforma- ção C2’-endo é preferida. As bases em nucleosídeos são planas. Embora rota- ção livre em torno da ligação glicosídica seja possível, duas orientações da base em relação ao açúcar predo- minam (Figura 2.7). Em purinas, a conformação anti coloca H8 sobre o açúcar, enquanto a conformação syn posiciona esse átomo longe do açúcar e a maior parte da purina bicíclica sobre o açúcar. Em pirimidinas, o áto- mo H6 fica acima do anel de pentose na conformação anti, e o átomo O 2 , maior, fica acima do anel na confor- mação glicosídica syn. Pirimidinas, portanto, mostram uma grande preferência pela conformação com menos impedimento estérico anti. Purinas rapidamente se interconvertem entre as duas conformações, mas favo- recem a orientação anti. Contudo, guanina 5’-nucleotí- deos são exceções. Nesses casos, interações favoráveis entre o grupo 2-NH 2 e o grupo 5’-fosfato estabilizam a conformação syn. 2’-Desoxiguanosina 5’-monofosfato (dGMP), por exemplo, prefere a conformação glicosí-

P O O base 7.0 Å C-2� ���� P O “Sul” base P O O
P
O
O
base
7.0 Å
C-2� ����
P
O
“Sul”
base
P
O O
5.9 Å
P O

C-3����

“Norte”

FIGURA 2.6 Conformações preferenciais de açúcares pentoses. Duas conformações produzem variações na orientação relativa da base (com relação ao açúcar) e na distância entre os grupos 3’- e 5’-fosfato (P). Finalmente, essas diferenças afetam a conformação geral do complexo dupla-hélice.

afetam a conformação geral do complexo dupla-hélice. BioQ.02 28 HO H NH 2 6 H N

BioQ.02

28
28

HO

H NH 2 6 H N HO HO N O O
H NH 2
6
H
N
HO
HO
N
O
O

OH

NH 2 N 2 O H N O H
NH 2
N
2
O
H
N
O
H

OH

anti

syn

H O O N N H H 2 N N N H 8 N NH
H
O
O
N
N
H
H 2 N
N
N
H 8
N
NH 2
HO
N
O N
N
O
HO OH
HO OH
anti
syn

H

FIGURA 2.7 Conformações glicosídicas de purinas e pirimidinas. Em pirimidinas, fatores estéricos entre o açúcar e O2 da base desfavorecem fortemente a conformação syn. Em purinas, as conformações anti e syn se interconvertem facilmente, com anti sendo mais estável na maioria dos casos. A conformação syn é estabilizada em guanosina 5’-fosfato, devido a interações favoráveis entre o grupo 2-NH 2 e os oxigênios do fosfato.

dica syn. Essa preferência também foi observada em DNA fita-dupla com seqüências de Gs e Cs alternados. A conformação syn dos resíduos G nesses DNAs resulta na formação de uma hélice pouco usual, que gira para a esquerda (ver p. 40).

2.3 |ESTRUTURA DO DNA

Estrutura Polinucleotídica

Ácidos nucléicos são fitas de nucleotídeos ligados por ligações fosfodiéster (Figura 2.8). O comprimento dessas fitas varia consideravelmente, de dois resíduos a centenas de milhões de resíduos. Tipicamente, fitas de ácidos nucléicos contendo 50 nucleotídeos são chama- dos oligonucleotídeos, enquanto os mais longos são polinucleotídeos. A ligação fosfodiéster liga o grupo 5’-hidroxila de um resíduo ao grupo 3’-hidroxila do se- guinte. Ligações entre dois 5’-OHs ou dois 3’-OHs não são vistas em DNA de ocorrência natural. A direcio-

nalidade dessa ligação significa que oligo- e polinu- cleotídeos lineares têm uma extremidade que termi- na em um 5’-OH e outra que termina em 3’-OH. Essas extremidades são extremidade 5’ e extremidade 3’, respectivamente. Em muitos polinucleotídeos, uma ou ambas as extremidades são quimicamente modificadas com resíduos de grupos fosfatos ou aminoácidos. Poli- nucleotídeos circulares não têm nenhuma extremidade livre, e são formados unindo-se a extremidade 5’ de um polinucleotídeo linear com sua própria extremidade 3’ por uma ligação fosfodiéster.

22.01.07

5’ de um polinucleotídeo linear com sua própria extremidade 3’ por uma ligação fosfodiéster. 22.01.07 16:20:54

16:20:54

42

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PARTE 1 ESTRUTURA DE MACROMOLÉCULAS

CORRELAÇÃO CLÍNICA 2.3 Antibióticos Antitumorais que Mudam a Forma do DNA A estrutura local tridimensional

CORRELAÇÃO CLÍNICA 2.3

Antibióticos Antitumorais que Mudam a Forma do DNA

A estrutura local tridimensional do DNA é impor-

tante em interações com proteínas envolvidas em reparo, transcrição, recombinação e condensação da cromatina. Foi proposto que antibióticos possam induzir formação de estruturas de DNA que podem

recrutar essas proteínas com resultados citotóxicos.

O exemplo melhor estudado é a droga antitumoral

cisplatina, um complexo tetracoordenado de plati- na [cis-Pt(NH 2 ) 2 CL 2 ]. Cisplatina é usada sozinha ou em combinação com outros agentes antitumorais para tratar uma variedade de tumores, incluindo câncer testicular, ovariano, ósseo e pulmonar. For- ma ligações cruzadas inter- e intra-fitas em DNA dupla-fita com o último aducto compreendendo 90% das lesões do DNA. Essas ligações surgem do deslo-

camento de cloretos ligados à platina por átomos N7 de duas guaninas vizinhas. Estudos estruturais de DNA com aducto fazendo ligação cruzada intra-fita mostra que a dupla hélice é fortemente dobrada em direção à fenda maior. Estruturas dobradas de aductos DNA-cisplatina são reconhecidas especificamente por várias proteí- nas que se ligam ao DNA, tais como proteínas do re- paro por excisão de nucleotídeos (NER) e proteínas não-histonas que se ligam ao DNA como HMG-1. A

citotoxicidade da cisplatina é um processo compli- cado mediado por interações específicas com essas proteínas. Processos celulares como transcrição e apoptose são afetados e os complexos aducto-pro- teína provavelmente interferem com transcrição. Proteínas NER são recrutadas para reparar a lesão, mas reparo por excisão está sujeito a introduzir que- bras de fita no DNA. Acúmulo dessas quebras indu- zirá, finalmente, apoptose, quando o DNA se tornar danificado demais para funcionar. Mecanismos se- melhantes foram propostos como responsáveis pela citotoxicidade de outras drogas que ligam ao DNA, como ditercalinium, uma molécula bifuncional que forma aductos não-covalentes com DNA que tam- bém fica fortemente dobrado. Acredita-se que cito- toxicidade surja da indução da via de reparo aborti- vo, que leva a quebras da fita de DNA. Interações do aducto cisplatina-DNA com proteínas HMG também podem contribuir para sua citotoxicidade. Ligação de proteínas HMG pode sinalizar incorretamente que a região danificada do DNA é transcripcional- mente ativa e impedir condensação em estruturas de cromatina enovelada. Esses complexos também perpetuam a lesão, porque bloqueiam o aducto DNA- cisplatina impedindo reparo.

��
��

Fonte: Zamble, D.B. e Lippard, S.J. The response of cellular proteins to cisplatin-damaged DNA. In: B. Lippert (Ed.) Cisplatin: Chemistry and Biochemistry of a Leading Anticancer Drug. New York: Wiley-VCH, 1999, pp. 73- 134; e Lambert, B., Segal-Bendirjian, E., Esnault, C., Le Pecq, J.-B., Roques, B.P., Jones, B. e Yeunf, A.T. Recognition by the DNA repair system of DNA structural alterations induced by reversible drug-DNA interactions. Anti-Cancer Drug Des. 5:43, 1990.

alterations induced by reversible drug-DNA interactions. Anti-Cancer Drug Des. 5:43, 1990. BioQ.02 42 22.01.07 16:21:15

BioQ.02

42

22.01.07

alterations induced by reversible drug-DNA interactions. Anti-Cancer Drug Des. 5:43, 1990. BioQ.02 42 22.01.07 16:21:15

16:21:15

BioQ.02 61 mente 300 pb de comprimento e são repetidas mais de 500.000 vezes. As

BioQ.02

61

mente 300 pb de comprimento e são repetidas mais de

500.000 vezes. As estruturas das repetições dispersas curtas, incluindo família Alu, são remanescentes de transposons. Aproximadamente 1-15% do DNA genômico eucari- ótico consiste de seqüências tipicamente menores do que 20 nucleotídeos reiteradas milhares ou milhões de vezes. A maioria das seqüências altamente reite- radas tem uma composição em bases característica,

e elas podem ser isoladas fragmentando-se o DNA em

segmentos de algumas centenas de nucleotídeos e se- parando-se os fragmentos por centrifugação em gra- diente de densidade. Esses fragmentos são chamados DNA satélite, porque aparecem como satélites das bandas que contêm a maior parte do DNA após centri- fugação. Outras seqüências altamente reiteradas, que não podem ser isoladas por centrifugação, podem ser identificadas por sua propriedade de rápido reanela- mento. Esses DNAs altamente reiterados são também chamados DNAs de seqüência simples. Seqüências simples estão tipicamente presentes no DNA da maio- ria dos eucariotos, se não de todos. Em algumas espé- cies, uma seqüência principal está presente, enquanto

em outras, várias seqüências simples são repetidas até um milhão de vezes. DNAs de seqüência simples po- dem freqüentemente ser isolados, como DNA satélite.

O encontrado no centrômero de eucariotos superiores

consiste de milhares de cópias em seqüência de uma ou de algumas poucas seqüências curtas. Seqüências satélites têm apenas 5-10 pb de comprimento e são um constituinte dos telômeros, onde têm um papel bem definido na replicação do DNA. Alguns DNAs de se- qüência simples mais longos foram identificados. Por exemplo, no genoma do macaco verde africano, um segmento de 172 pb que contém algumas repetições de seqüências é altamente reiterado. Repetições invertidas são motivos estruturais do DNA. Repetições invertidas curtas, consistindo de até seis nucleotídeos de comprimento (p. ex., a seqüência palindrômica GAATTC), ocorrem por acaso uma vez a cada 3.000 nucleotídeos. Tais repetições curtas não po- dem formar uma estrutura cruciforme estável, como a formada por seqüências palindrômicas mais longas. Se- qüências repetitivas invertidas que são suficientemente longas para formar cruciformes estáveis, é pouco prová- vel que ocorram por acaso, e deveriam ser classificadas como uma classe separada de seqüências eucarióticas. No DNA humano, cerca de dois milhões de repetições invertidas estão presentes, com um comprimento mé- dio de cerca de 200 pb; entretanto, seqüências inverti- das com mais de 1.000 pb já foram detectadas. A maio- ria das seqüências repetidas invertidas é repetida 1.000 ou mais vezes por célula.

CAPÍTULO 2 DNA E RNA: COMPOSIÇÃO E ESTRUTURA

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|

61

2.6 |ESTRUTURA DO RNA

RNA é um Polímero de Ribonucleosídeo 5’-Monofosfatos

RNA é um polímero linear de ribosídeos monofosfatos. As bases púricas do RNA são adenina e guanina; as piri- mídicas são citosina e uracil. Exceto por uracil, que subs- titui timina, são as mesmas bases encontradas no DNA. Nucleotídeos de A, C, G e U são incorporados no RNA durante transcrição. Muitos RNAs também contêm nu- cleotídeos modificados, que são produzidos por proces- samento. Nucleotídeos modificados são especialmente característicos de espécies de RNAs estáveis (i.é, tRNA e rRNA); contudo, alguns nucleotídeos metilados estão também presentes em mRNA eucariótico. Na sua maior parte, nucleotídeos modificados no RNA têm papel no “ajuste fino”, e não funções indispensáveis na célula. As ligações 3’,5’-fosfodiéster do RNA formam um es- queleto, a partir do qual as bases se estendem (Figura 2.51). RNAs eucarióticos variam de aproximadamente 20 nucleotídeos de comprimento a mais de 200.000 nu- cleotídeos. Cada RNA é complementar à seqüência de bases de porções específicas de apenas uma das fitas do DNA. Portanto, ao contrário da composição em bases do DNA, as relações molares (A + U) e (G + C) no RNA não são iguais. RNA celular é linear e de fita-única, mas RNA fita-dupla está presente em certos genomas virais. Quimicamente, RNA é semelhante a DNA. Ambos contêm ligações fosfodiéster carregadas negativamen- te, e as bases são quimicamente muito semelhantes. As diferenças químicas entre DNA e RNA devem-se prin- cipalmente a dois fatores. Primeiro, RNA contém ribose em lugar de 2’-desoxirribose como açúcar componente do nucleotídeo, e segundo, RNAs geralmente são fita- única em lugar de dupla-fita. O grupo 2’-hidroxila torna as ligações fosfodiéster de uma molécula de RNA mais susceptível à hidrólise química, especialmente em soluções alcalinas, do que as do DNA. A instabilidade química do RNA reflete-se em sua instabilidade metabólica. Alguns RNAs, como mRNA bacteriano, são sintetizados, usados e degrada- dos em minutos. Outros, como rRNA humano, são mais estáveis metabolicamente, com tempo de vida medido em dias. Entretanto, mesmo os RNAs mais estáveis, são menos estáveis que o DNA.

Estrutura Secundária do RNA Envolve Pareamento de Bases Intramolecular

Como moléculas de RNA são fita-única, geralmente não formam extensas duplas-hélices. Em vez disso, a estrutura secundária de uma molécula de RNA resul- ta de regiões relativamente curtas com pareamento de

22.01.07

16:21:40

BioQ.03 CAPÍTULO 3 PROTEÍNAS I: COMPOSIÇÃO E ESTRUTURA | 73 PARTE 1 ESTRUTURAS DE MACROMOLÉCULAS

BioQ.03

CAPÍTULO 3 PROTEÍNAS I: COMPOSIÇÃO E ESTRUTURA

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73

PARTE 1 ESTRUTURAS DE MACROMOLÉCULAS

PARTE 1 ESTRUTURAS DE MACROMOLÉCULAS

PARTE 1 ESTRUTURAS DE MACROMOLÉCULAS 3

3

ESTRUTURA | 73 PARTE 1 ESTRUTURAS DE MACROMOLÉCULAS 3 PROTEÍNAS I: COMPOSIÇÃO E ESTRUTURA Richard M.

PROTEÍNAS I: COMPOSIÇÃO E ESTRUTURA

Richard M. Schultz e Michael N. Liebman

E ESTRUTURA Richard M. Schultz e Michael N. Liebman 3.1 PAPÉIS FUNCIONAIS DE PROTEÍNAS NO HO-

3.1 PAPÉIS FUNCIONAIS DE PROTEÍNAS NO HO- MEM, 74

3.2 COMPOSIÇÃO EM AMINOÁCIDOS DE PROTEÍ- NAS, 75 Aminoácidos comuns, 75

Cadeias laterais definem a natureza química e as estruturas de α-aminoácidos, 76 Cistina é um aminoácido derivado, 78 Aminoácidos têm um centro de assimetria,

78

Aminoácidos São Polimerizados em Peptídeos e Proteínas, 78

3.3 PROPRIEDADES DE CARGAS E QUÍMICAS DE AMINOÁCIDOS E PROTEÍNAS, 81 Grupos ionizáveis de aminoácidos e proteínas são críticos para a função biológica, 81 Forma iônica de um aminoácido ou uma pro- teína pode ser determinada em dado pH,

82

Titulação de um ácido monoamino-monocar-

boxílico: determinação do pH isoelétrico,

82

Titulação de um ácido monoamino-dicarboxí- lico, 83 Relação geral entre as propriedades de carga de aminoácidos e proteínas, e pH, 83 Aminoácidos e proteínas podem ser separados com base em valores de pI, 84 Cadeias laterais de aminoácidos têm proprieda- des polares e apolares, 84 Aminoácidos sofrem várias reações químicas, 87

3.4 ESTRUTURA PRIMÁRIA DE PROTEÍNAS, 88

73

3.5 NÍVEIS SUPERIORES DE ORGANIZAÇÃO PRO- TÉICA, 90 Estrutura secundária, 90 Estrutura em α-hélice, 91 Estrutura-β, 92

Motivos estruturais e dobras das proteínas,

92

Estrutura terciária, 93 Estrutura quaternária, 94 Bioinformática relaciona estrutura e função das proteínas como produtos gênicos, 95 Estruturas de dobras homólogas são freqüente- mente formadas a partir de seqüências de aminoácidos não-homólogas, 96

3.6 OUTROS TIPOS DE PROTEÍNAS, 97 Proteínas fibrosas: colágeno, elastina, queratina e tropomiosina, 98 Colágeno, 98 Composição em aminoácido do colágeno, 98 Seqüência de aminoácido do colágeno, 98 Estrutura do colágeno, 99 Formação de ligações covalentes cruzadas no colágeno, 100 Elastina é uma proteína fibrosa com ligações cru- zadas geradas por alisina, 100 Queratina e tropomiosina, 102 Lipoproteínas plasmáticas são complexos de lipí- deos com proteínas, 102 Glicoproteínas contêm carboidratos ligados cova- lentemente, 107 Ligações covalentes carboidrato-proteína, 107

22.01.07

contêm carboidratos ligados cova- lentemente, 107 Ligações covalentes carboidrato-proteína, 107 22.01.07 16:30:59

16:30:59

3.3 | PROPRIEDADES DE

PROTEÍNAS

CARGAS E QUÍMICAS

DE AMINOÁCIDOS E

Grupos Ionizáveis de Aminoácidos e Proteínas São Críticos para a Função Biológica

Grupos ionizáveis comuns a proteínas e aminoácidos são mostrados na Tabela 3.3. As formas ácidas estão à esquerda do sinal de equilíbrio, e as formas básicas do lado direito. Ao formar sua base conjugada, a forma áci- da libera um próton. Ao contrário, a forma básica asso- cia-se com um próton para formar o respectivo ácido. A dissociação de um ácido é caracterizada por uma cons- tante de dissociação ácida (Ka ) e seu valor de pKa : pKa = log 10 (1/Ka ). Tabela 3.3 mostra a faixa de valores de pKa para cada grupo ácido, porque o pKa real depende do meio no qual o grupo ácido está colocado. Por exem-

CAPÍTULO 3 PROTEÍNAS I: COMPOSIÇÃO E ESTRUTURA

|
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81

plo, quando um grupo amônio carregado positivamente (NH 3 + ) é colocado perto de um grupo carregado nega- tivamente em uma proteína, a carga negativa estabiliza a forma ácida carregada positivamente, tornando mais difícil a dissociação do seu próton. O pKa do NH 3 + terá um valor maior do que o normal para um grupo amônio na ausência de uma estabilização por uma carga nega- tiva próxima. Outros fatores, além da carga, que afetam o pKa incluem polaridade do meio, ausência ou presença de água e potencial para formação de pontes de hidrogê- nio. Além disso, grupos ácidos (α-COOH ou α-NH 3 + ) nas extremidades dos polipeptídeos tipicamente têm um valor de pKa mais baixo do que os mesmos tipos de grupos ácidos nas cadeias laterais (Tabela 3.4). Os ami- noácidos cujos grupos R contêm átomos de nitrogênio (Lys e Arg) são os aminoácidos básicos, uma vez que suas cadeias laterais têm valores relativamente altos de pKa e funcionam como bases em pH fisiológico. Eles estão geralmente em sua forma ácida e carregada posi- tivamente em pH fisiológico. Aminoácidos cujas cadeias laterais contêm um grupo carboxílico têm valores de pKa relativamente baixos que facilmente perdem seus prótons e são aminoácidos acídicos. Estão predomi-

TABELA 3.3 Valores de pKa característicos para os Grupos Ácidos Comuns em Proteínas

Onde o Grupo Ácido É Encontrado

Forma Ácida

 

Forma Básica

 

Faixa Aproximada de pK a Para o Grupo

NH 2 -terminal ou cadeia lateral de lisina

 

R—NH 3 + Amônia

 

R—NH 2 + H +

 

7,6–10,6

 

Amina

COOH-terminal ou cadeias laterais de glutamato e aspartato

R—COOH

 

R—COO + H + Carboxilato

 

Ácido carboxílico

3,0–5,5

 

+

Cadeia lateral de arginina

R—NH—C … NH 2

 

R—NH—C= NH + H

 
 

|

|

11,5–12,5

NH 2

NH 2

 

Guanidínio

 

Guanidino

 

Cadeia lateral de cisteína

R—SH

R—S + H +

 

8,0–9,0

Tiol

Tiolato

 
 
 

Cadeia lateral de histidina

RC=

CH

 

R—C=

CH

 

|

HN

|

+ NH

C

|

HN

C

|

N+H +

6,0–7,0

 

H

H

 

Imidazólio

 

Imidazol

 

Cadeia lateral de tirosina

   
 
R— — OH

R—

— OH

R— — OH – +H +

R—

— OH +H +

9,5–10,5

 

Fenol

 

Fenolato

 

TABELA 3. 4 pKa da Cadeia Lateral e Grupos Ácidos Terminais em Ribonuclease

 

—NH 3 +

—COOH

Cadeia lateral

Lisina 10,2

Glu e Asp 4,6

Final da cadeia

N-terminal = 7,8

C-terminal = 3,8

Final da cadeia N-terminal = 7,8 C-terminal = 3,8 BioQ.03 81 nantemente em sua forma desprotonada

BioQ.03

81
81

nantemente em sua forma desprotonada e carregada negativamente em pH fisiológico. Proteínas nas quais a razão (Lys + Arg)/(Glu + Asp) é maior do que 1 são proteínas básicas. Proteínas, nas quais a razão é menor do que 1, são proteínas ácidas.

22.01.07

16:31:12

98

Proteínas Fibrosas: Colágeno, Elastina, Queratina e Tropomiosina

Proteínas fibrosas caracteristicamente têm quanti- dades maiores de estrutura secundária regular, uma forma cilíndrica longa (tipo bastão), baixa solubilidade em água e uma função estrutural em lugar de um papel dinâmico. Exemplos de proteínas fibrosas com essas ca- racterísticas são colágeno, queratina e tropomiosina.

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|

PARTE 1 ESTRUTURA DE MACROMOLÉCULAS

Colágeno

Colágeno é uma família de proteínas presente em to- dos os tecidos e órgãos e fornece o arcabouço que dá

aos tecidos sua forma e resistência. A porcentagem de colágeno por peso para alguns tecidos e órgãos huma- nos representativos é: fígado 4%, pulmão 10%, aorta 12-24%, cartilagem 50%, córnea 64%, osso cortical to-

tal 23% e pele 74% (ver Corr. Clín. 3.4).

CORRELAÇÃO CLÍNICA 3.4 Doenças de Síntese de Colágeno Colágeno está presente em praticamente todos os

CORRELAÇÃO CLÍNICA 3.4

Doenças de Síntese de Colágeno

Colágeno está presente em praticamente todos os tecidos e é a mais abundante proteína do cor- po. Certos órgãos dependem muito dele para funcionar fisiologicamente. Síntese ou estrutura anormal de colágeno causa disfunção em órgãos cardiovasculares (aneurisma da aorta e arterial e defeitos de válvulas cardíacas), ossos (fragilidade e fratura fácil), pele (cicatrização difícil e disten- sibilidade incomum), articulações (hipermobili- dade e artrite) e olhos (deslocamento do crista- lino). Doenças causadas por síntese anormal de colágeno incluem síndrome de Ehlers-Danlos, osteogênese imperfeita e escorbuto. Essas do- enças podem resultar de genes anormais de co- lágeno, modificações pós-tradução anormais do colágeno ou deficiência de cofatores necessários às enzimas responsáveis por modificações pós- tradução de colágeno.

Fonte: Aronson, D. Cross-linking of glycated colla- gen in the pathogenesis of arterial and myocardial stiff- ening of aging and diabetes. J. Hypertens. 21:3, 2003. Byers, P. H. Disorders of collagen biosynthesis and structure. In: C. R. Scriver, et al. (Eds.), The Metabolic and Molecular Bases of Inherited Disease, 8 th ed. McGraw-Hill, 2001, Chapter 205. Hudson, B. G., et al., Alport’s syndrome, Goodpasture’s syndrome and type

IV collagen, N. Engl J Med 348:2543, 2003.

and type IV collagen, N. Engl J Med 348:2543, 2003. BioQ.03 98 Composição em Aminoácidos do

BioQ.03

98
98

Composição em Aminoácidos do Colágeno

A composição do colágeno tipo I de pele e das proteí-

nas globulares ribonuclease e hemoglobina são dadas na Tabela 3.10. Colágeno de pele é rico em glicina (33% de seus aminoácidos), prolina (13%) e aminoácidos de- rivados 4-hidroxiprolina (9%) e 5-hidroxilisina (0,6%) (Figura 3.37). Hidroxiprolina é exclusiva de colágenos, sendo formada enzimaticamente a partir de prolina. A maior parte das hidroxiprolinas tem o grupo hidroxila na posição 4 (carbono γ), embora uma pequena quanti- dade de 3-hidroxiprolina também seja formada (Tabela 3.10). Colágenos são glicoproteínas com carboidratos ligados a 5-hidroxilisina por uma ligação O-glicosídica por meio do grupo hidroxila do carbono-δ.

Seqüência de Aminoácidos do Colágeno

A família colágeno é composta por polipeptídeos deriva-

dos de 40 genes conhecidos de cadeias de colágeno, que produzem cerca de 20 tipos de colágeno. Cada molécula de colágeno maduro ou tropocolágeno contém três ca- deias polipeptídicas. Alguns tipos de colágeno contêm

três cadeias polipeptídicas idênticas. No tipo I (Tabela 3.11), há duas cadeias α1(I) e uma α2(I). Colágeno tipo

V contém α1(V), α2(V) e α3(V). Colágenos diferem em

seqüência de aminoácidos, mas há grandes regiões de seqüências homólogas entre todos os diferentes tipos de colágeno. Em todos os tipos de colágeno há regiões com os tripeptídeos Gly-Pro-Y e Gly-X-Hyp (onde X e Y são quaisquer aminoácidos) repetidos em seguida vá-

H H N N H C CH COOH H C CH COOH 2 2 HC
H
H
N
N
H
C
CH
COOH
H
C
CH
COOH
2
2
HC
CH 2
H
C
CH
2
OH
OH
4-Hidroxiprolina
3-Hidroxiprolina
OH
NH 2
NH 2
CH 2
CH
CH
2 CH
2 C
H
COOH

5-Hidroxilisina

NH 2 O C CH 2 CH 2 CH 2 C H
NH 2
O
C CH
2 CH
2 CH
2 C
H

H COOH

Alisina

FIGURA 3.37 Aminoácidos derivados encontrados no colágeno. Carboidrato é ligado a 5-OH de hidroxilisina por uma ligação glicosídica tipo III (ver Figura 3.45).

22.01.07

Carboidrato é ligado a 5-OH de hidroxilisina por uma ligação glicosídica tipo III (ver Figura 3.45).

16:31:51

116

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PARTE 1 ESTRUTURA DE MACROMOLÉCULAS

tos de domínios e mudanças de estrutura quaternária,

como os observados em hemoglobina após ligação de O 2 (ver p. 344). O comportamento dinâmico de proteínas

é a base para (a) mudanças conformacionais induzidas

por substrato, inibidor ou droga quando se liga a uma enzima ou receptor, (b) geração de efeitos alostéricos em hemoglobinas, (c) transferência de elétrons em cito- cromos, e (d) a formação de montagens supramolecula- res como vírus. Os movimentos também podem ter um papel funcional na ação catalítica de enzimas.

3.9 | CARACTERIZAÇÃO, PU-

RIFICAÇÃO E DETERMI-

NAÇÃO DA ESTRUTURA

E ORGANIZAÇÃO DE

PROTEÍNAS

Separação de Proteínas com Base em Carga

Em eletroforese, proteína dissolvida em uma solução tampão em um pH em particular é colocada num campo

elétrico. Dependendo da relação entre o pH do tampão e

o pI da proteína, a proteína move-se em direção ao cáto- do (–) ou ao ânodo (+) ou permanece estacionária (pH

= pI). Suportes como géis poliméricos (p. ex., poliacri- lamida), amido ou papel são usados. Os suportes iner- tes são saturados com solução tampão, uma amostra de

proteína é colocada sobre o suporte, um campo elétrico

é aplicado ao suporte, e a proteína carregada migra no

suporte em direção ao pólo de carga oposta. Uma técnica de resolução extremamente alta é a fo- calização isoelétrica, na qual misturas de anfolitos poliamino-ácidos policarboxílicos com uma faixa defi- nida de valores de pI são usadas para estabelecer um gradiente de pH ao longo do campo elétrico aplicado. Uma proteína carregada migra pelo gradiente de pH no campo elétrico até alcançar uma região de pH no gradiente igual ao seu valor de pI. Nesse ponto, a pro- teína torna-se estacionária e pode ser visualizada (Fi- gura 3.55). Proteínas que diferem por tão pouco quanto 0,0025 em seus valores de pI são separadas no gradien- te apropriado de pH. Cromatografia de troca-iônica em colunas é usada para separação preparativa de proteínas por carga. Re- sinas de troca-iônica consistem de materiais insolúveis (agarose, poliacrilamida, celulose e vidro) que contêm grupos carregados (Figura 3.56). Resinas carregadas negativamente ligam cátions fortemente e são resinas de troca catiônica. Resinas carregadas positivamente ligam ânions fortemente e são resinas de troca aniô- nica. O grau de retardo de uma proteína (ou um amino- ácido) por uma resina depende da magnitude da carga da proteína no pH particular do experimento. Moléculas

da proteína no pH particular do experimento. Moléculas BioQ.03 116 0.05 F S A A 1c

BioQ.03

116

0.05 F S A A 1c A 1c F A 2 A S A 2
0.05
F
S
A
A 1c
A
1c
F
A
2
A
S
A 2
0
14
15
16
17
Tempo (min)
(a)
(b)
Absorbância (415 nm)

FIGURA 3.55 Focalização isoelétrica de hemoglobinas de um paciente hete- rozigoto para HbS e β-talassemia. Figura mostra separação por focalização isoelétrica de HbA 1c (HbA glicosilada na extremidade NH 2 , ver Corr. Clín. 3.7), HbA de adulto normal, HbF fetal, HbS de anemia falciforme (ver Corr. Clín 3.3) e HbA 2 minoritária de adulto. (a) Focalização isoelétrica realizada por eletroforese capilar com anfólito na faixa de pH entre 6,7 e 7,7 e detecção de bandas a 415 nm. (b) Focalização isoelétrica realizada em gel com Pharmacia Phast System; anfólito na faixa de pH entre 6,7 e 7,7. De Molteni, S., Frischknecht, H. e Thormann, W. Electrophore- sis 15:22, 1994 (Figura 4, partes A e B).

R

CH 2

COO

Ligante carregado negativamente: carboximetil

R

+ N
+
N

H

C

C

2 H

2 H

5

5

Ligante carregado positivamente: dietilamino

FIGURA 3.56 Dois exemplos de ligantes carregados usados em cromatogra- fia de troca-iônica.

de mesma carga que a resina são eluídas primeiro, em uma única banda, seguidas das que têm carga oposta à da resina, em uma ordem baseada na densidade de car- gas da proteína (Figura 3.57). Quando é difícil remover uma molécula da resina, devido à força de interação atrativa entre a molécula ligada e a resina, mudanças sistemáticas no pH ou na força iônica são usadas para enfraquecer a interação. Por exemplo, um gradiente crescente de pH em uma resina de troca catiônica reduz a diferença entre o pH da solução e o pI da proteína ligada. Essa diminuição entre pH e pI reduz a magnitude da carga final da prote- ína e diminui a força da interação de cargas entre a pro- teína e a resina. Um gradiente crescente de força iônica também diminui a interação de cargas e elui eletrólitos fortemente ligados à resina.

22.01.07

16:32:44

BioQ.04 132 | PARTE 2 TRANSMISSÃO DA INFORMAÇÃO PARTE 2 TRANSMISSÃO DA INFORMAÇÃO 4 REPLICAÇÃO,

BioQ.04

132

|
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PARTE 2 TRANSMISSÃO DA INFORMAÇÃO

PARTE 2 TRANSMISSÃO DA INFORMAÇÃO

PARTE 2 TRANSMISSÃO DA INFORMAÇÃO

PARTE 2 TRANSMISSÃO DA INFORMAÇÃO 4

4

DA INFORMAÇÃO PARTE 2 TRANSMISSÃO DA INFORMAÇÃO 4 REPLICAÇÃO, RECOMBINAÇÃO E REPARO NO DNA Howard J.

REPLICAÇÃO, RECOMBINAÇÃO E REPARO NO DNA

Howard J. Edenberg

RECOMBINAÇÃO E REPARO NO DNA Howard J. Edenberg 4.1 CARACTERÍSTICAS COMUNS DA REPLICAÇÃO, RECOMBINAÇÃO

4.1 CARACTERÍSTICAS COMUNS DA REPLICAÇÃO, RECOMBINAÇÃO E REPARO, 133

4.2 REPLICAÇÃO DO DNA, 133

O básico, 133

A química da elongação da cadeia, 134

DNA polimerases, 135 Separando as fitas parentais: a forquilha de replicação, 137 Resolvendo o problema da polaridade: síntese de DNA semidescontínua, 138 Movimento da forquilha de replicação, 138 Início, 138 Elongação da fita, 138 Remoção do primer, 138 Preenchimento da falha, 138 Ligação, 139 Desenrolando as fitas parentais, 141 Braçadeiras corrediças (sliding clamps) e

processividade, 142

Coreografia em três dimensões: o replissomo,

142

Enzimas procarióticas de replicação, 142 Enzimas eucarióticas de replicação, 144 Início da replicação, 146

O ciclo celular, 147

Término da replicação em genomas circulares,

150

Término da replicação em genomas lineares: telô-

meros, 150 Telomerase, 151 Replicação de genomas de RNA, 151

4.3 RECOMBINAÇÃO, 151 Modelos de recombinação homóloga, 152 Modelo Holliday, 152 Modelo de Meselson e Radding, 153 Modelo de quebra da dupla fita, 153 Enzimas-chaves da recombinação em E. coli,

153

RecA, 153 RecBCD, RuvA, RuvC, 155 Recombinação não-homóloga, 155 Recombinação sítio-específica, 155 Transposição, 155

Ligação de extremidades não-homólogas,

155

4.4 REPARO, 156 Lesão no DNA, 156 Mutações, 158 Reparo por excisão, 160 Reparo por excisão de base, 160 Reparo por excisão de nucleotídeo, 161 Reparo acoplado à transcrição, 162 Reparo de pareamento errado, 162 Desmetilação direta, 165 Fotorreativação, 165 Lesões podem bloquear a replicação, 165 Síntese bypass (translesão), 166 Reparo de falha na fita filha, 166

Enrolamento e reparo de forquilhas de replica- ção, 167 Reparo de quebra na dupla fita, 167 Regulação do reparo do DNA: o regulon SOS,

168

132

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16:37:06

BioQ.04 CAPÍTULO 4 REPLICAÇÃO, RECOMBINAÇÃO E REPARO NO DNA | 151 Telomerase Telômeros são mantidos

BioQ.04

CAPÍTULO 4 REPLICAÇÃO, RECOMBINAÇÃO E REPARO NO DNA

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151

Telomerase

Telômeros são mantidos por telomerases, enzimas

que adicionam novas repetições de seis nucleotídeos

à extremidade 3’ dos telômeros. Telomerases são com-

plexos ribonucleoprotéicos contendo um pequeno RNA que serve de molde para adição de uma nova repetição de seis nucleotídeos (Figura 4.18). Uma telomerase liga-se à extremidade da fita 3’, como parte do RNA da telomerase ligado por pontes de hidrogênio aos últimos nucleotídeos do cromossomo. Uma repetição de seis nucleotídeos é sintetizada, usando o RNA como molde. Então, a telomerase pode se dissociar e reassociar para adicionar outro hexâmero. Telômeros não precisam permanecer exatamente do mesmo tamanho; algum encurtamento não é problema porque essas repetições não codificam proteínas. Telô- meros passam por ciclos de encurtamento das fitas tar- dias devido a incapacidade de síntese completa (Figura

4.17a) e adição de novas repetições de seis nucleotídeos

à extremidade 3’ pela telomerase (Figura 4.18). Embo-

ra o comprimento dos telômeros não permaneça cons- tante, encurtamento progressivo é evitado por adição de repetições. Telomerases também restabelecem os excessos 3’, característicos dos telômeros. Células que diferenciaram e se dividirão apenas um número limitado de vezes, não expressam telomerase. Assim, os telômeros encurtam a cada divisão subse- qüente; isso limita o número de vezes que tais células podem se dividir antes que a perda dos telômeros dis- pare apoptose – isto é, morte celular programada (ver p. 1020). Expressão de telomerase é geralmente reativada em células tumorais, o que lhes permite continuar as divisões indefinidamente, sem encurtamento cromos- sômico. Isso torna a telomerase um alvo atraente para quimioterapia do câncer. Deve-se notar que inativação da telomerase em um tumor não levaria a uma parada rápida no crescimento do tumor; o efeito seria retarda- do por muitos ciclos celulares, até que as extremidades cromossômicas fossem encurtadas significativamente. Portanto, é provável que inibidores da telomerase sejam úteis apenas em combinação com outras terapias.

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[TTAGGG] n TTAGGGTTAGGGTTAGGG 3���������

[AATCCC] n AATCCC 5

FIGURA 4.18 Telomerase. Telomerase é um complexo ribonucleoprotéico com uma fita curta de RNA, como parte integral; catalisa a adição de novas repetições teloméricas de 6-nt à extremidade 3’ de uma cadeia de DNA. O RNA da telomerase pareia parcialmente pelas bases com a repetição telomérica e serve de molde para a reação, enquanto o componente protéico funciona como uma transcriptase reversa, sintetizando DNA usando o RNA como molde. Depois da adição de uma repetição de seis nucleotídeos, a enzima pode se dissociar e se ligar novamente e adicionar novas repetições de 6-nt.

Replicação de Genomas de RNA

Alguns vírus têm um genoma de RNA. Tais genomas são replicados com muito menor precisão e eles podem acumular variações em período relativamente curto. Um exemplo particularmente importante disso é o ví- rus da imunodeficiência humano (HIV), que cau- sa AIDS (síndrome da imunodeficiência adquirida). O RNA viral do HIV é reversamente transcrito em DNA e, depois, o DNA integra-se ao cromossomo. A trans- criptase reversa do HIV é um alvo para quimioterapia antiviral (Corr. Clín. 4.4). Transcrição reversa do RNA genômico do HIV é mui- to menos precisa que síntese de DNA, e a precisão dimi- nuída leva à rápida geração de uma coleção de vírus va- riantes em um indivíduo. É provável que uma pequena fração desses variantes seja resistente a qualquer droga única que esteja sendo usada para tratar a infecção. Essa fração pode continuar a replicar na presença do agente terapêutico até se tornar a variante dominante, o que leva à perda de eficácia da droga. Atuais terapias combinadas são projetadas para reduzir a probabilida- de de um vírus ser resistente simultaneamente a todas as drogas da combinação. Terapias combinadas atuais têm como alvos tanto a transcriptase reversa do HIV como a protease do HIV.

4.3 |RECOMBINAÇÃO

Recombinação é a troca de informação genética. Há dois tipos básicos: recombinação homóloga e re- combinação não-homóloga. Recombinação homó- loga (também chamada recombinação geral) ocorre entre seqüências idênticas ou quase idênticas – por exemplo, entre os cromossomos paterno e materno de um par. Cromossomos não são passados intactos de ge- ração para geração (Figura 4.19); em vez disso, cada cromossomo que você herda de seu pai contém porções de ambos os pais e, da mesma forma para os cromosso- mos herdados de sua mãe. Esta é uma parte normal do processo de alinhamento cromossômico e segregação

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FIGURA 4.19 Recombinação homóloga. (a) O cromossomo paterno é mostrado em cinza com os alelos mostrados por letras maiúsculas. O cromossomo homólogo materno é mostrado em preto com os alelos mostrados por letras minúsculas. (b) Depois da recombinação homóloga entre os genes j e k, ambos os cromossomos contêm DNA de ambos os pais. Houve uma troca igual, recíproca entre eles.

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Mutações

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PARTE 2 TRANSMISSÃO DA INFORMAÇÃO

As mutações são alterações hereditárias na seqüência do DNA. Podem resultar de erros na replicação, de le- sões no DNA ou de erros durante o reparo de lesões. Mutações que são trocas de um único par de bases são chamadas mutações puntuais. Mutações puntuais podem ser classificadas pela natureza das bases altera- das. Transições são mutações puntuais, nas quais uma purina é substituída por outra (p. ex., A por G ou G por A) ou uma pirimidina é substituída por outra (p. ex., T por C ou C por T). Deaminação de C, se não reparada, levaria a uma transição. A freqüência de transições é aumentada por análogos de bases, incluindo 2-amino purina (Corr. Clín. 4.7). Transversões são mutações puntuais, nas quais uma purina é substituída por uma pirimidina ou vice versa (p. ex., A por C ou C por A). Mutações puntuais também podem ser caracteriza- das por seu efeito sobre uma seqüência codificadora. Mutações de sentido errado (missense) são mu- tações puntuais que trocam um único par de bases em um códon, de modo que o códon agora codifica um aminoácido diferente (Figura 4.24a). Mutações sem sentido (nonsense) são mutações puntuais que tro- cam um único par de bases em um códon para um có- don de terminação (stop codon) que termina a tradu- ção (Figura 4.24b). Mutações sem sentido geralmente têm efeitos mais graves do que mutações de sentido errado porque levam à síntese de polipeptídeos trun- cados (e geralmente instáveis). Mutações silenciosas ou sinônimos não alteram o aminoácido codificado; estas incluem muitas mudanças no terceiro nucleotí- deo de um códon.

Inserções ou remoções de um ou mais pares de ba- ses podem levar a mudanças na estrutura de leitu- ra ( frameshifts) (se o número de pares de bases não for múltiplo de 3), destruindo o código de uma pro- teína (Figura 4.24c,d). Tradução de um mRNA não tem pontuação; ao contrário, uma vez que o código de iniciação tenha sido determinado, tripletes sucessivos são lidos como códons. Portanto, adição (ou deleção) de um múltiplo de três pares de bases em uma região codificadora adicionaria (ou subtrairia) aminoácidos a uma proteína, mas adição de outros números de pares

de bases deslocaria a estrutura da leitura daquele pon- to em diante. Mudança na estrutura de leitura ( fra- meshift) muda os aminoácidos codificados a partir do ponto de inserção ou remoção. Frameshifts geralmen- te levam à terminação prematura (ou, mais raramente,

à elongação) da cadeia polipeptídica codificada, quan-

do códons de terminação (stop codons) são gerados ou removidos pela mudança na estrutura de leitura. Alguns agentes químicos, incluindo acridinas e pro- flavina, intercalam-se no DNA; isto é, inserem-se en- tre pares de bases adjacentes. Isso geralmente leva a inserções ou remoções de um único par de bases. Mu- tações também podem resultar de alterações em lar- ga escala, incluindo inserção de transposons. Embora raras em uma geração qualquer, mutações acumula- ram-se em populações ao longo de milhões de anos, de modo que duas pessoas diferem em cerca de 1 pb por 1000 ao longo de seus genomas. Muitas dessas di- ferenças genéticas não têm efeito, mas outras afetam

nossa fisiologia, susceptibilidade a doenças e resposta

a tratamentos (Corr. Clín. 4.8).

CORRELAÇÃO CLÍNICA 4.7 Análogos de Nucleosídeos como Drogas: Tiopurinas 6-Mercapto purina (6-MP) é um análogo

CORRELAÇÃO CLÍNICA 4.7

Análogos de Nucleosídeos como Drogas: Tiopurinas

6-Mercapto purina (6-MP) é um análogo de purina administrado oralmente que é útil na quimioterapia de leucemias agudas e para imunossupressão após transplante de órgãos. Age por vários mecanismos, incluindo inibição da biossíntese de purinas e toxi- cidade após incorporação no DNA. É metabolizado a 6-MP ribosina 5´-fosfato, que tem curta meia-vida, porque é degradada por xantina oxidase. A velocida- de de degradação é muito reduzida em pacientes que estão sendo tratados com alopurinol (um inibidor da xantina oxidase) para hiperuricemia relacionada à gota, de modo que a dose deve ser drasticamente re- duzida em tais pacientes.

Outra enzima que metaboliza 6-MP (e o anti- metabólito relacionado 6-tioguanina) é tiopurina metil transferase (TPMT). Alguns pacientes (cerca de 10% da população) são heterozigotos para um polimorfismo que inativa a enzima e, portanto, tem aproximadamente 50% da atividade, e 1/300 das pessoas não têm atividade de TPMT e têm risco ex- tremamente alto de imunossupressão grave e morte se forem tratadas com 6-MP. Por outro lado, pessoas que metabolizam as drogas mais rapidamente po- dem não chegar a ter dose terapêutica suficiente. Essa diferença farmacogenética, portanto, tem sé- rias implicações para o tratamento com tiopurinas.

Fonte: Sanderson, J., Ansari, A., Marinaki, T. e Duley, J. Thiopurine methyltransferase: Should it be measured before commencing thiopurine drug therapy? Ann. Clin. Biochem. 41:294, 2004.

be measured before commencing thiopurine drug therapy? Ann. Clin. Biochem. 41:294, 2004. BioQ.04 158 22.01.07 16:37:40

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| BIBLIOGRAFIA |

CAPÍTULO 4 REPLICAÇÃO, RECOMBINAÇÃO E REPARO NO DNA

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| QUESTÕES | Carol N. Angstadt

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Questões de Múltipla Escolha.

1. Replicação:

A. é semiconservativa.

B. requer apenas proteínas com atividade de DNA poli-

merase.

C. usa atividade de polimerase 5’ para 3’ para sintetizar uma fita, e atividade de polimerase 3’ para 5’ para sin- tetizar a fita complementar.

D. requer um primer em eucariotos, mas não em proca- riotos.

E. deve começar com uma etapa de quebra.

2. Na replicação de DNA eucariótica:

A. só um replissomo se forma, porque há uma única ori- gem de replicação.

B. os fragmentos de Okasaki têm 1000 a 2000 nucleotíde- os de comprimento.

C. helicase se dissocia do DNA assim que as bolhas de iniciação se formam.

do DNA assim que as bolhas de iniciação se formam. BioQ.04 169 D. FEN 1 (

BioQ.04

do DNA assim que as bolhas de iniciação se formam. BioQ.04 169 D. FEN 1 (

169

D. FEN 1 ( flap endonuclease 1) está envolvida na re- moção do primer.

E. o processo ocorre ao longo de todo o ciclo celular.

3. Todas as afirmativas seguintes sobre a telomerase são corretas, exceto:

A. o componente RNA age como molde para a síntese de um segmento de DNA.

B. adiciona telômeros às extremidades 5’ das fitas de DNA.

C. fornece um mecanismo para replicar as extremidades de cromossomos lineares.

D. reconhece uma fita única do DNA rica em G.

E. é uma transcriptase reversa.

4. Uma mutação por transição:

A. ocorre quando uma purina é substituída por uma piri- midina ou vice-versa.

B. resulta da inserção de uma ou duas bases na cadeia de

DNA.

22.01.07

por uma piri- midina ou vice-versa. B. resulta da inserção de uma ou duas bases na

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BioQ.05 172 | PARTE 2 TRANSMISSÃO DA INFORMAÇÃO PARTE 2 TRANSMISSÃO DA INFORMAÇÃO IIF IID

BioQ.05

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PARTE 2 TRANSMISSÃO DA INFORMAÇÃO

PARTE 2 TRANSMISSÃO DA INFORMAÇÃO

IIF IID Pol II IIB IIH PA IIA TATA INR DPE IIE
IIF
IID
Pol II
IIB
IIH
PA
IIA
TATA INR DPE
IIE

5

IIF IID Pol II IIB IIH PA IIA TATA INR DPE IIE 5 RNA: TRANSCRIÇÃO E
IIF IID Pol II IIB IIH PA IIA TATA INR DPE IIE 5 RNA: TRANSCRIÇÃO E

RNA: TRANSCRIÇÃO E PROCESSAMENTO

Francis J. Schmidt e David R. Setzer

E PROCESSAMENTO Francis J. Schmidt e David R. Setzer 5.1 VISÃO GERAL, 173 5.2 MECANISMOS DE

5.1 VISÃO GERAL, 173

5.2 MECANISMOS DE TRANSCRIÇÃO, 173

Processo inicial de síntese de RNA é transcrição,

173

Informação em seqüência de DNA sinaliza síntese de RNA, 173 RNA polimerase catalisa o processo de transcri- ção, 174 Etapas da transcrição em procariotos, 175 Reconhecimento do promotor, 175 Início da síntese, 176 Elongação, 177 Terminação, 178

5.3 TRANSCRIÇÃO EM EUCARIOTOS, 178 Natureza da cromatina ativa, 178 Ativação da transcrição opera por recrutamento de RNA polimerase, 179 Enhancers, 179 Transcrição por RNA polimerase II, 180 Promotores para a síntese de mRNA, 180 Transcrição por RNA polimerase I, 181 Transcrição por RNA polimerase III, 181 A base enzimática comum para ação de RNA polimerases, 183

5.4 PROCESSAMENTO DE RNA, 184 RNA transportador é modificado por clivagem, adição e modificação de bases, 184 Clivagem, 184 Adição na extremidade 3´, 184 Nucleosídeos modificados, 184 Processamento de RNA ribossômico libera vários RNAs de um precursor mais longo, 184 Processamento de RNA mensageiro garante a seqüência codificadora correta, 185 RNA polimerase II recruta enzimas de processa-

mento durante transcrição em eucariotos, 186 Capping, 186 Remoção de íntrons de precursores de mRNA,

186

Poliadenilação, 188 Mutações em sinais de splicing causam doenças humanas, 188 Splicing alternativo de pré-mRNA pode levar à síntese de múltiplas isoformas de proteínas a partir de uma única seqüência codificadora no DNA, 190

5.5 EXPORTAÇÃO DO RNA E CONTROLE DE QUA- LIDADE, 191

5.6 RNAs PEQUENOS INIBITÓRIOS, 192

5.7 REPARO DO DNA ACOPLADO À TRANSCRI- ÇÃO, 192

5.8 NUCLEASES E TURNOVER DO RNA, 193

BIBLIOGRAFIA, 194

QUESTÕES E RESPOSTAS, 195

CORRELAÇÕES CLÍNICAS

5.1 Antibióticos e Toxinas que Têm RNA Poli- merase como Alvo, 176

5.2 Síndrome do X Frágil: Uma Doença de RNA- Cromatina?, 179

5.3 Envolvimento de Fatores Transcripcionais em Carcinogênese, 182

5.4 Talassemia Devido a Defeitos na Síntese de RNA Mensageiro, 188

5.5 Auto-imunidade em Doença do Tecido Con- juntivo, 189

5.6 Síndrome de Cockayne, 193

172

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188 5.5 Auto-imunidade em Doença do Tecido Con- juntivo, 189 5.6 Síndrome de Cockayne, 193 172

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BioQ.05 CAPÍTULO 5 RNA: TRANSCRIÇÃO E PROCESSAMENTO | 179 Sítios HSS (setas) 5� Oviduto, imaturo

BioQ.05

CAPÍTULO 5 RNA: TRANSCRIÇÃO E PROCESSAMENTO

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Sítios HSS

(setas) 5� Oviduto, imaturo Oviduto, maduro Eritrócitos -5 0 Distância no DNA do início da
(setas)
5�
Oviduto, imaturo
Oviduto, maduro
Eritrócitos
-5
0
Distância no DNA do início da transcrição, em quilobases

transcrito

FIGURA 5.5 Sítios hipersensíveis à DNase (HSS) antes do promotor do gene de lisozima de galinha, uma unidade transcripcional eucariótica típica. Sítios hiper-sensíveis – isto é, seqüências próximas ao gene da lisozima que são particularmente susceptíveis à digestão por nucleases mesmo quando empacotadas em cromatina – são indicados por setas. É provável que esses sítios fiquem livres de nucleossomos. Note que alguns sítios hipersensíveis são encontrados no promotor da lisozima tanto em oviduto maduro como imaturo. Indução da síntese de lisozima em ovi- duto maduro é acompanhada pelo aparecimento de um novo sítio hipersensível. Em contraste, nenhum sítio hipersensível está presente em eritrócitos nucleados que nunca sintetizam lisozima. Adaptado de Elgin, S. C. R. J. Biol. Chem. 263:1925, 1988.

Outras modificações de histonas que influenciam atividade gênica incluem metilação, fosforilação e ubi- quitinação. Combinações dessas modificações ocor- rendo em diferentes posições específicas em histonas podem constituir um “código histona” que acopla mo- dificação de histonas, compactação de cromatina, mo- dificação do DNA e atividade gênica (Corr. Clín. 5.2). A idéia geral é que cromatina parcialmente desdobrada seja necessária, mas não suficiente, para transcrição.

Ativação de Transcrição Opera por Recrutamento de RNA Polimerase

Fatores protéicos eucarióticos, independentemente da seqüência à qual se liguem, operam de modo funda- mentalmente diferente do fator σ de E.coli. Em vez de primeiro fazer parte de um complexo protéico e depois procurar a seqüência relevante no DNA, os fatores se ligam a um sítio específico (seqüência) do DNA e de- pois ligam RNA polimerase (com ou sem envolvimento de fatores intermediários). Esse mecanismo é chamado “recrutamento”. Recrutamento é um meio pouco impor- tante em ativação de genes em procariotos, e o princi- pal mecanismo em eucariotos.

Enhancers

Enhancers ou amplificadores aumentam muitas vezes a expressão de um gene. Fatores de transcrição

CORRELAÇÃO CLÍNICA 5.2 Síndrome do X Frágil: Uma Doença de RNA-Cromatina? Síndrome do X frágil

CORRELAÇÃO CLÍNICA 5.2

Síndrome do X Frágil: Uma Doença de RNA-Cromatina?

Síndrome do X frágil é a forma individual mais comum de retardo mental hereditário, afetando 1/1250 homens e 1/2000 mulheres. Uma variedade

de sintomas anatômicos e neurológicos resulta de inativação do gene FMR1, localizado no cromosso- mo X. A genética da síndrome é complexa, devido ao mecanismo molecular da mutação do X frágil. A condição do X frágil resulta de expansão de uma seqüência repetida de um trinucleotí- deo, CGG, encontrado na região 5’ não-traduzi- da do gene FRM1. Normalmente, essa repetição está presente em 30 cópias, embora indivíduos normais possam ter até 200 cópias da repetição. Em indivíduos com síndrome do X frágil, o gene FRM1 contém muito mais cópias, de 200 a milha- res, da repetição CGG. A genética complexa da doença resulta do potencial da repetição CGG se expandir de geração para geração. A presença de um número anormalmente ele- vado de repetições CGG induz extensa metilação do DNA de toda a região do promotor de FMR1. DNA metilado é transcripcionalmente inativo, de modo que mRNA de FMR1 não é sintetizado. Ausência da proteína FMR1 leva à patologia da doença. Proteína FMR1 normalmente se localiza no citoplasma de todos os tecidos do feto jovem e, mais tarde, especialmente no cérebro e tecido neural fetal. A proteína FMR afeta tradução de vários mRNAs e uma hipótese é que essa proteí- na ajude na tradução e localização de mRNAs es- pecíficos durante desenvolvimento. Uma possibi- lidade descoberta recentemente é que a proteína FMR1 esteja envolvida em RNA de interferência e sua perda possa causar ampla regulação gênica anormal (ver Seção 5.7). É provável que várias vias de sinalização estejam ligadas à patologia dessa doença muito complexa.

Fonte: Warren, S. L. e Nelson, D. L. Advance in molecu- lar analysis of Fragile X syndrome. JAMA 271:536, 1994. Caskey, C. T. Triple repeat mutations in human disease. Science 256:784, 1992. Jin, P., Zarnescu, D. C., Ceman, S., Nakamoto, M., Mowrey, J., Jongens, T. A., Nelson, D. L., Moses, K. e Warren, S. T. Biochemical and genetic interac- tion between the fragile X mental retardation protein and the micro RNA pathway. Nature Neurosci. 7:113, 2004. Miyashiro, K. e Eberwine, J. Fragile X syndrome: (What’s) lost in translation? Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101:17329, 2004. Fragile Site Mental Retardation 1 Gene; FMR1 in Online Mendelian Inheritance in Man, http://www.ncbi.

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PARTE 2 TRANSMISSÃO DA INFORMAÇÃO

Nucleotídeos entram e RNA sai por dois outros canais separados na molécula. A despeito das diferenças em seqüências e composição em subunidades, RNA polime- rases procarióticas e eucarióticas mantiveram estrutu- ras semelhantes para desempenhar os mesmos objeti- vos levando à síntese de uma nova cadeia de RNA. Estas incluem: (1) passagem do DNA molde por um canal na enzima; (2) separação das fitas de DNA para formar uma bolha na qual um híbrido RNA-DNA existe com a extremidade 3’ da cadeia de RNA posicionada no sítio ativo; (3) colocação de nucleotídeos no sítio ativo por um poro da enzima; (4) uso de um íon metálico para ajudar na catálise da formação de uma nova ligação és- ter fosfato entre o fosfato α do nucleosídeo trifosfato que está chegando e a extremidade 3’ da cadeia nascen- te de RNA; (5) exclusão do RNA produzido por outro poro; e (6) direção do re-pareamento das duas fitas de DNA, à medida que saem da enzima. Lembre-se que a subunidade σ da holoenzima pro- cariótica é responsável por ligar as caixas –10 e –35 de promotores. Estudos estruturais demonstraram que sigma é uma molécula oblonga, composta por um feixe de resíduos em α-hélice, empacotados em uma forma de “V” aberto. Um braço do “V” contém resíduos críticos para reconhecimento do promotor e ligação com poli- merase core. Um lado desse braço contém uma α-hélice que se liga à seqüência “–10”, e a outra face liga polime- rase core por interações hidrofóbicas.

5.4 | PROCESSAMENTO DE RNA

Cópias em RNA de seqüências de DNA devem ser modi- ficadas em moléculas maduras, funcionais, em procario- tos e eucariotos. As reações de processamento do RNA podem incluir remoção de nucleotídeos extras, modifi- cação de bases, adição de nucleotídeos e separação de diferentes seqüências de RNA pela ação de nucleases es- pecíficas. Reações de processamento podem ocorrer co- transcripcionalmente (enquanto o RNA ainda está sen- do transcrito) ou pós-transcripcionalmente (depois do transcrito ter sido liberado pela RNA polimerase). Final- mente, em eucariotos, RNAs são exportados do núcleo.

RNA Transportador É Modificado por Clivagem, Adição e Modificação de Bases

Clivagem

O transcrito primário de um gene de tRNA contém se- qüências extras de nucleotídeos, tanto 5’ como 3’ da se- qüência do tRNA. Esses transcritos primários também podem conter íntrons na região do anticódon. Reações de processamento pós-transcripcional ocorrem em uma

de processamento pós-transcripcional ocorrem em uma BioQ.05 184 ordem temporal bem definida, mas não