NORMA RAMIREZ HERNANDEZ

UNIVERSIDAD POLITCNICA DE MADRID

MSTER EN INGENIERA BIOMDICA MSTER EN TELEMEDICINA Y BIOINGENIERA

EEG: Adquisicin y familiarizacin con la seal mediante la utilizacin de herramientas comerciales de proceso

PROCESAMIENTO DE SEALES BIOMDICAS 2010/2011 NOMBRE ALUMNO: NORMA RAMIREZ HERNANDEZ REPORTE DE PRCTICA:

CLASE PRCTICA SEAL EEG

CASO PRCTICO 1:

Electroencefalografa (EEG) es el registro de las elctricas actividades a lo largo del cuero cabelludo producido por el disparo de las neuronas en el cerebro. La carga elctrica del cerebro es la mantenida por miles de millones de neuronas. Las neuronas son elctricamente cargadas (o "polarizadas") por las enzimas que bombean iones a travs de sus membranas. Cuando una neurona recibe una seal de su vecino a travs de un potencial de accin, que responde por la liberacin de iones en el espacio exterior de la clula. Iones de carga se repelen entre s, y cuando muchos iones son expulsados de muchas neuronas al mismo tiempo, pueden empujar a sus vecinos, que empujan a sus vecinos, y as sucesivamente, en una ola. Este proceso se conoce como la conduccin de volumen. Cuando la onda de los iones alcanza los electrodos en el cuero cabelludo, que puede empujar o tirar de los electrones en el metal en los electrodos. Como el metal conduce el empuje y atraccin de los electrones con facilidad, la diferencia de presin o tensin, entre dos electrodos se puede medir por un voltmetro. Grabacin de estas tensiones con el tiempo nos da la EEG. EEGLAB una herramientas interactiva Matlab para procesar EEG, MEG. Primero desarrollado sobre Matlab 5.3 bajo Linux, EEGLAB corre sobre Matlab v5 y ms alto bajo Linux, Unix, Ventanas, y el amigo OS X (Matlab 7 + recomendado).

Se descomprimi, pero en este caso fue en la carpeta: C:\Program Files\MATLAB\R2009b\toolbox\matlab Se incluyo la ruta y mostro la figura 1.
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1. Instalar el toolbox EEGlab de Matlab

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2. Leer seal EEG

PREGUNTA 1: QU DATOS MS RELEVANTES NOS DA EL PROGRAMA AL CARGAR EL FICHERO?

Nmero de canales: Cuadros: Cuadros: Frecuencia: Tamao de archivo: 40 489520 1 1000hz 78.3Mb

o Leer la seal EEG que se dejar en el portal docente: ctrl_2_251109.cnt o Como se trata de una seal capturada con un equipo Neuroscan utilizar: File-> Import Data -> From Neuroscan .CNT file o OJO! Data format: 32 bits

3. Mostrar la seal EEG y navegar por ella

PREGUNTA 2: QU ESCALA HAS ELEGIDO PARA LA VISUALIZACIN DE LOS DATOS? QU CANALES ELIMINARAS DEL REGISTRO? POR QU?

o Mostrar grficamente la seal: Plot -> Channel Data (scroll) o Utilizar las flechas para navegar a lo largo de la seal y los signos x- para cambiar la escala de la seal hasta que consiga visualizarse correctamente la seal

Se observa que los canales: PO2, A2, A1, VEOL, VEOU, HEOR, y HEOL no contienen informacin (son planos) por lo que sugiero se eliminen del registro. Comparando la izquierda, observamos que al emplear una escala vertical pequea (26 V) las seales individuales se traslapan, por lo que no se pueden distinguir bien. Por otra parte, empleando una escala grande (1000 V), se separan las seales individualmente, pero su variacin propia es tan pequea que no puede apreciarse adecuadamente. As pues, ya que son 40 canales, sugiero desplegarlos en varias partes, como se muestra en la figura de la derecha.

4. Eliminar canales de la seal

o Si has detectado que algn canal no es til para el registro, puedes eliminarlo utilizando: Edit-> Select Data / Channel rate (pestaa de los tres puntitos permite seleccionar canales manualmente)
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Se observa que los canales: PO2, A2, A1, VEOL, VEOU, HEOR, y HEOL no contienen informacin (son planos) por lo que sugiero se eliminen del registro. Quedando 33 canales en total.

5. Importar posiciones de los electrodos y visualizarlas

o El archivo .CNT no contiene la informacin sobre la posicin de los electrodos sino nicamente las etiquetas de sus nombres. Como el sistema de Neuroscan sigue el sistema 10/20 se pueden importar estas posiciones utilizando: Edit > Channel Locations -> Using BESA o Visualizar la posicin de los electrodos utilizando: Plot -> Channel Locations -> By number

PREGUNTA 3: HACER UNA CAPTURA DE PANTALLA CON LAS POSICIONES DE LOS ELECTRODOS. EN CUNTAS ZONAS CEREBRALES SE SITUAN LOS ELECTRODOS DEL CASCO SEGN SU NOMBRE Y SU POSICIN?
Cada hemisferio posee varias cisuras que lo subdividen en lbulos: El lbulo frontal, El lbulo parietal, El lbulo occipital, El lbulo temporal. Respecto de las zonas cerebrales (lbulos) en donde se encuentran los electrodos, Nos apoyamos en la Figura y se enlistan como:
Fp1: Prefrontal izquierdo, Fp2: Prefrontal derecho, F7, F3: Frontales izquierdos, F4, F8: Frontales derechos, FZ: Frontal nter-hemisfrica, FT9, FT7: Frontales-Temporales izquierdos, FT8, FT10: Frontales-Temporales derechos, FC3: Frontal-Central izquierdo, FC4: Frontal-Central derecho, FCZ: Frontal-Central nter-hemisfrica, T3: Temporal izquierdo, T4: Temporal derecho, C3: Central izquierdo, C4: Central derecho, CZ: Central nter-hemisfrica, TP7: Temporal-Parietal izquierdo, TP8: Temporal-Parietal derecho, CP3: Central-Parietal izquierdo, CP4: Central-Parietal derecho, CPZ: Central-Parietal nter-hemisfrica, 3 T5: Temporal izquierdo, T6: Temporal derecho, P3: Parietal izquierdo, P4: Parietal derecho, PZ: Parietal nter-hemisfrica, PO1: Parietal-Occipital izquierdo, O1: Occipital izquierdo, O2: Occipital derecho, OZ: Occipital nter-hemisfrica,

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6. Segmentacin de la seal

o Del mismo modo, que antes se han eliminado canales de la seal a visualizar, ahora podemos generar un nuevo Dataset que contenga slo una parte de la seal. Edit-> Select Data Time Range o El registro que se ha entregado consta de dos partes diferenciadas por sus caractersticas en los ritmos cerebrales. PREGUNTA 4: POR QU SE PRODUCE ESE CAMBIO EN LA SEAL? CUL ES LA DIFERENCIA? GENERA DOS DATASET QUE CONTENGAN ESTAS DOS PARTES DEL REGISTRO (Y DALES UN NOMBRE QUE LOS DIFERENCIE1) INDICA QUE INTERVALOS DE TIEMPO HAS ELEGIDO.
Para poder visualizar las dos partes que presentan caractersticas distintas en los ritmos cerebrales, graficamos el registro completo (la poca completa de cerca de 500 s y con una escala en amplitud grande de 1000 v para poder apreciar los canales separados) como se muestra en la Figura (Visualizacin del registro completo (poca de 489 s). se pueden apreciar los dos conjuntos de datos como se indica: 1.- La primera parte (parte baja) con cerca de una quinta parte de la poca (aproximadamente.de 0-200 s). En este segmento, casi todos los canales muestran mucha variacin llegando incluso a traslaparse, lo que nos indica que contiene muchos ms artefactos que el resto del registro. La razn de este comportamiento es probablemente debido al nerviosismo inicial del paciente, que provoque casi todo tipo de artefactos de origen biolgico (parpadeo de ojos, ECG, movimientos oculares, actividad muscular, sudoracin) as como artefactos de origen externo como los movimientos corporales. 2.- La segunda parte (parte alta) con casi cuatro quintas partes de la poca (de 200 a 490 s). En este segmento casi todos los canales muestran una actividad mucho ms estable. Comportamiento debido probablemente a que el paciente ya se encuentra relajado por lo que las seales presentan menos artefactos.

Rango de 0 - 100
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Rango de 200-500

Pinchando en Datasets se puede acceder a todos los distintos conjuntos de datos que genereis.
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o Del primero de los Dataset que obtengas, selecciona el primero de ellos y navega por la seal (plot) para indicar que artefactos encuentras en la seal y a que se deben. o Para rechazar segmentos que no puedan ser filtrados, utiliza la opcin Reject. PREGUNTA 5: INDICA LOS TIPOS DE ARTEFACTOS QUE SE ENCUENTRAN EN LA SEAL Y SU MOTIVO, INDICA EL INSTANTE DE TIEMPO DE UNO DE CADA UNO DE LOS ARTEFACTOS QUE ENCUENTRES.
La imagen a la izquierda muestra la segmentacion1 de 0-200 segundos. En seguida se detalla electrodos en especfico.

7. Rechazar segmentos contaminados de la seal (indicar los principales problemas de esas seales)

T4 aparentemente en toda su extensin es ruido, como que esta mal colocado. Analizando el electrodo FP1, se obtiene lo siguiente: ORIGEN BIOLOGICO PARPADEO DE OJOS: Se caracterizan por unas deflexiones en forma de pico particularmente evidentes en los registros frontales. Pueden difundirse hacia la regin central y otras zonas de la cabeza. No reconozco en este canal este artefacto. MOVIMIENTOS OCULARES: Ocasionan ondas de baja frecuencia de polaridad variable en los electrodos frontales y temporales anteriores. El artefacto se debe a las variaciones del campo elctrico ocasionadas por el movimiento del globo ocular (EOG). En el electrodo FP1 se reconoce este artefacto en los siguientes instantes: 19s, 58s.

ACTIVIDAD MUSCULAR: Seal de alta frecuencia que se manifiesta en puntas aisladas o en series que provienen de la seal muscular EMG por contraccin de varios msculos del cuero cabelludo, cara, mandbula y cuello. En el electrodo FP1 se reconoce este artefacto en los siguientes instantes: 55s, 90s, 169s, 176, 169.1s.
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NORMA RAMIREZ HERNANDEZ SUDORACIN: Aparecen ondas de baja frecuencia de entre un cuarto y un tercio de hercio. Se observan particularmente en los registros de las regiones temporales y frontal. En el electrodo FP1 se reconoce este artefacto a lo largo del segmento seleccionado (los 200 segundos). ECG: Aparece en algunos individuos en los que la seal cardiaca llega menos debilitada a la zona del registro EEG, por ejemplo en sujetos con cuello ancho y corto o que posean marcapasos. Es ms patente si el electrodo de referencia se coloca en los mastoides. Se reconoce fcilmente por su regularidad. En el electrodo FP1 se reconoce este artefacto en los siguientes instantes: 3.6, 9.5, 11.2, 13.8, 16.6, 33.2, 36, 47.5, 53.8, 59.6, 61.2, 66.8, 92.6, 96.8, 103.3, 104.6, 106.9, 109.3, 116.3, 118.9, 122.3, 124.7, 129.4, 137.4, 148, 148.7, 157.9, 159.5, 162.8, 164.3, 166.2, 168.7, 172, 176.5 y 180.9 segundos. ORIGEN EXTERNO

MOVIMIENTOS CORPORALES: Actividad irregular, generalmente de alto voltaje, comparado con las amplitudes del EEG, generada por los cambios de las distribuciones de los campos elctricos estticos. En el electrodo FP1 se reconoce este artefacto en los siguientes instantes: 47.6, 51, 66, 128.5 s.

ELECTRODOS: Potenciales de varias formas de onda, originados por la polarizacin de la interface electrodotejido. El sistema electrodo-pasta electroltica produce fluctuaciones elctricas por la evolucin temporal de la interface o por los movimientos del cuerpo (temblores, respiracin, pulso, etc). Puede manifestarse de forma abrupta como consecuencia de un cambio repentino en la impedancia de la interfaz. Pudiera ser estar contemplados en MOVIMIENTOS CORPORALES

50 (60) Hz: Representa una actividad consecuencia del acoplamiento de las redes de distribucin con los sistemas de medida del EEG. El acoplamiento de la fuente del artefacto con el amplificador puede ser capacitivo (interferencia electrosttica), inductivo (interferencia electromagntica) o resistivo. ACOPLAMIENTOS ELECTROMAGNTICOS: Transitorios rpidos, como consecuencia de la puesta en marcha o parada de motores, lmparas fluorescentes, rels y otros instrumentos elctricos. En el electrodo FP1 se reconoce este artefacto en los siguientes instantes: 27.6s, 53s, 81.2s, 92.1s, 105.4s, 125s, 153.9s, 195.9s .

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QU ES LO QUE HACE EL PROGRAMA CUANDO SE LE DA A REJECT?

Al reject elimina esa parte de la seal en tiempo de TODOS los electrodos

Imagen Original (seccin a eliminar)

Imagen eliminando parte de la seal

PREGUNTA 6: CMO MEJORARAS ESA FUNCIN? (VOLUNTARIO)

En lugar de eliminar la informacion de todos los electrodos en la banda seleccionada, afectar solo aquella en el(los) electrodos afectados, reemplazando el artefacto por una lnea horizontal. Restarle el artefacto a la seal de los electrodos afectados (aunque esto implica un proceso bastante complejo).

8. Eliminacin de lnea de base

1. El EEGlab cuenta con una funcin de eliminacin de lnea de base Tools -> Remove baseline PREGUNTA 7: CMO CREES QUE EST IMPLEMENTADA ESTA FUNCIN?
Por cercana en la lnea horizontal (Y), trata de unir las lneas, de una manera no lgica, pues quedan sin par algunas de las seales

9. Filtrar la seal
a. El EEGlab cuenta con funciones de filtrado implementadas: Tools -> Filter Data -> Short IIR filter Tools -> Filter Data -> Basic FIR filter

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PREGUNTA 8: APLICA AL SEGUNDO DE LOS DATASET GENERADOS UN FILTRO DE BANDA ELIMINADA (NOTCH) A 50 HZ CON LOS DOS TIPOS DE FILTROS Y COMENTA LAS DIFERENCIAS QUE ENCUENTRAS.
a)Imagen Original con 33 electrodos b)Imagen aplicando el filtro: SHORT IIR FILTER c)Imagen aplicando el filtro: BASIC FIR FILTER

Como se puede apreciar en b) se est dejando pasar la frecuencia de 50Hz y esto pudiera confundirse (para m) como artefacto de actividad muscular.

PREGUNTA 9: GENERA DOS SEGMENTOS DE 5 SEGUNDOS DE CADA UNO DE LOS DOS DATASET DE LA PREGUNTA 4 QUE NO SE ENCUENTREN CONTAMINADOS POR NINGUN ARTEFACTO (INDICA LOS INSTANTES DE TIEMPO DE ESTOS DOS SEGMENTOS Y HAZ CAPTURA DE PANTALLA DE ELLOS) Y CALCULA SU CONTENIDO ESPECTRAL ANTES Y DESPUS DE APLICAR ELIMINACIN DE LNEA DE BASE. COMENTA LAS DIFERENCIAS
Partiendo de la imagen original (ctrl_2_251109), se haba dividido en 2 partes con respecto a cambios de la seal misma, el primer segmento fue de 1s-200s. Las siguientes figuras son segmentos de esta que no muestran contaminacin alguna por artefactos sus rangos son: 40s-45s y 72s-77s respectivamente

10. Potencia de la seal

NORMA RAMIREZ HERNANDEZ El segundo segmento corresponde al bloque de tiempo de 200s-500s. Las siguientes figuras son segmentos de esta que no muestran contaminacin alguna por artefactos sus rangos son: 23s-28s y 281s-286s respectivamente

La imagen de la columna izquierda corresponde al antes de quitarle la lnea de base, y la de la derecha a la de despus, en la lnea de comando del MATLAB, sealando la lnea (electrodo) nos muestra que canal es. En las figuras de contienen la lnea de base, la potencia es mucho mayor que a las que se les suprimi ya que la lnea de base representa un valor promedio en cada una de las seales

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11. Trabajo voluntario (podeis hacer alguna de las preguntas o todas para conseguir puntuacin adicional)

PREGUNTA EXTRA 1: SELECCIONA UN SEGMENTO DE SEAL QUE CONTENGA UN ARTEFACTO OCULAR Y CALCULAR SU CONTENIDO ESPECTRAL. COMPRALO CON UN SEGMENTO SIN ARTEFACTOS.

Seal original

Segmento de la seal con artefacto ocular (5 s)

Contenido artefacto

espectral

de

seal

con

Se puede observar que aunque a simple vista son similares, la potencia espectral es menor en algunos electrodos de la seal que no tiene artefactos.

Contenido artefacto

espectral

de

seal

SIN

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PREGUNTA EXTRA 2: SELECCIONA UN SEGMENTO DE LA SEAL E INTENTA HACER UN FILTRADO POR BANDAS (DELTA, THETA, ALPHA Y BETA) Y CALCULA LA POTENCIA DE CADA UNA DE ELLAS.
ORIGINAL El segmento seleccionado fue uno que se considero sin artefacto con 5s de segmento.

DELTA (hasta 3.5 Hz) ondas de baja frecuencia y alta intensidad. Al aplicarle el filtrado prcticamente es igual, sin la variacin de ruido.

THETA (3.5-7.5) se dan durante el proceso de maduracin en toda la corteza cerebral, aunque predomina en la regin occipital y temporal y es ms rpida en la zona frontal.

ALPHA

BETA

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PREGUNTA EXTRA 3: UTILIZA EL RESTO DE FUNCIONES DISPONIBLES EN EL INTERFAZ GRFICO EEGLAB Y COMENTA SU FUNCIONALIDAD (CAMBIO DE REFERENCIA, CAMBIO DE LA FRECUENCIA DE MUESTREO O RECHAZO AUTOMTICO DE DATOS)
Me permite tomar otro canal de referencia y darle valores, asi que agregara el canal con sus valores adjudicados

Es la velocidad de muestreo, as que si originalmente tiene dado 1000/s y se lo cambio a 10 (demostrativo) la calidad ser menor.

Me permite visualmente quitar partes de la seal que no son de inters (azul sombreado) . Se hizo cuando se explico REJECT

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