GENI INDIPENDENTI Come si fa a vedere tramite il test del chi-quadro se 2 geni sono concatenati o indipendenti?

Da un reincrocio tra AaBb x abab? F1 -ABab -Abab -AbAB -abab Ottengo un rapporto 1:1:1:1,giusto? Se si i geni AB e ab sono concatenati o indipendenti? SOLUZIONE
Allora, la cosa funziona in questo modo: Il doppio negativo aabb ti dar solo gameti ab, non importa che A e B siano concatenati o meno. Se A e B sono indipendenti AaBb ti dar con uguale probabilit gameti AB, Ab, aB ed ab (25% di probabilit ciascuno) e quindi otterrai la F1 come hai scritto tu. Se invece i geni sono concatenati questo rapporto sar differente (a seconda della distanza fra i geni). Il test del chi quadro ti dice se la distribuzione osservata diversa dall'attesa. Facciamo un esempio pratico. Fai un tot di incroci AaBb x abab ed ottieni: AaBb -> 21 individui Aabb -> 16 individui aaBb -> 18 individui aabb -> 13 individui Ora, il rapporto fra i vari genotipi pi o meno 1:1:1:1, ma non esattamente. Per vedere se queste differenze sono solo casuali oppure se derivano dal fatto che i geni sono concatenati usiamo il chi quadro. Il totale 21+16+18+13 = 68 individui, quindi i risultati attesi sono 68/4=17 individui per genotipo.

Calcoliamo il chi quadro come somma di (osservati-attesi)^2/attesi per ogni genotipo Genotipo | Osservati | Attesi | (O-A)^2 | (O-A)^2/A ------------+--------------+------------+------------+-----------AaBb | 21 | 17 | 16 | 0.94 Aabb | 16 | 17 | 1 | 0.06 aaBb | 18 | 17 | 1 | 0.06 aabb | 13 | 17 | 16 | 0.94 ------------+--------------+------------+------------+----------TOTALE | 68 | 68 2.00

Quindi il chi quadro uguale a 2, che con 3 gradi di libert ti d p=0.5724 Il valore di probabilit quindi non significativo (generalmente si considera significativo se <0.05) e quindi possiamo concludere che le differenze fra osservati ed attesi siano casuali ed i due geni siano indipendenti. PS: nota che i genotipi si scrivono mettendo i due alleli per lo stesso gene in fila. Non si scrive AbAb, ma Aabb...

GENI DIPENDENTI

Se invece prendiamo lo stesso esempio e consideriamo che A e B siano concatenati potresti ad esempio avere: AaBb -> 37 individui Aabb -> 45 individui aaBb -> 8 individui aabb -> 6 individui Rifacendo la nostra tabellina:
Genotipo | Osservati | Attesi | (O-A)^2 | (O-A)^2/A ------------+--------------+------------+------------+-----------AaBb | 37 | 24 | 169 | 7.04 Aabb | 45 | 24 | 441 | 18.38 aaBb | 8 | 24 | 256 | 10.67 aabb | 6 | 24 | 324 | 13.50 ------------+--------------+------------+------------+----------TOTALE | 96 | 96 49.59

Un chi quadro di 49.59 con 3 gradi di libert d p<<0.001, quindi altamente significativo. Questo significa che le differenze fra la situazione osservata e quella attesa NON sono dovute al caso e devono essere dovute al fatto che i geni segregano insieme (quindi sono concatenati).