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LEZIONE I

INTRODUZIONE ALLA BIOLOGIA MOLECOLARE: STRUTTURA E FUNZIONI DEL DNA

Dott. Paolo Cascio

1. QUALI

SONO

LE

BASI

MOLECOLARI

(BIOCHIMICHE)

DEI

CARATTERI MORFOLOGICI OSSERVATI (ES. COLORE OCCHI, FORMA ALI)? 2. QUALI SONO E DOVE SONO MATERIALMENTE LOCALIZZATE NELLA CELLULA LE UNITA RESPONSABILI DELLA TRASMISSIONE DEI CARATTERI EREDITARI?

MOLTI

CARATTERI

EREDITARI DAL

SONO DI

MALATTIE

METABOLICHE REAZIONI

CARATTERIZZATE

BLOCCO

DETERMINATE

CHIMICHE. QUESTE MALATTIE SONO CAUSATE DALLASSENZA DI UN ENZIMA SPECIFICO NORMALMENTE SINTETIZZATO DA UN GENE PRESENTE NEGLI INDIVIDUI SANI.

DA QUI LIPOTESI DEL UN GENE, UNA PROTEINA: AD OGNI GENE CORRISPONDE UNA PROTEINA E VICEVERSA

PRINCIPALI COMPONENTI DEI CROMOSOMI: 1) 2) ACIDO DESOSSIRIBONUCLEICO (DNA) ISTONI: PICCOLE PROTEINE BASICHE CHE NEUTRALIZZANO

LACIDITA DEL DNA.

LE CELLULE CONTENGONO ANCHE UN ALTRO TIPO DI ACIDO NUCLEICO: LACIDO RIBONUCLEICO (RNA). LRNA E LOCALIZZATO: 1 - NEL CITOPLASMA 2 - NEL NUCLEO IN PICCOLI GRANULI (NUCLEOLI)

NOMENCLATURA BASI AZOTATE E NUCLEOSIDI:

BASI ADENINA PURINICHE GUANINA CITOSINA PIRIMIDINICHE TIMINA URACILE

NUCLEOSIDI ADENOSINA GUANOSINA CITIDINA TIMIDINA URIDINA

ORGANISMI DIVERSI PRESENTANO NEL LORO DNA DIVERSE QUANTITA DELLE QUATTRO BASI AZOTATE. LA QUANTITA DI ADENINA E SEMPRE IDENTICA A QUELLA DI TIMINA E QUELLA DI GUANINA A QUELLA DI CITOSINA IL NUMERO TOTALE DI BASI PURINICHE A QUELLO NEL DNA E BASI

APPROSSIMATIVAMENTE PIRIMIDINICHE

UGUALE

DELLE

NATURA DELLE FORZE IDROFOBICHE EFFETTO IDROFOBICO E IL NOME ASSEGNATO A QUELLE INTERAZIONI CHE CONTRIBUISCONO A DIMINUIRE I CONTATTI CON LACQUA DELLE SOSTANZE NON POLARI E DELLE SOSTAZE ANFIPATICHE. UN GRUPPO NON POLARE NON PUO ACCETTARE O DONARE LEGAMI IDROGENO. PER RECUPERARE LENERGIA DEI LEGAMI H PERSI, LE MOLECOLE DACQUA SULLA SUPERFICIE IDROFOBICA SI ORIENTANO A FORMARE UN RETICOLO (STRUTTURE A CLATRATI). SI DETERMINA QUINDI UNA DIMINUZIONE DELL ENTROPIA DEL SISTEMA. PER LIMITARE QUESTA DIMINUZIONE DI ENTROPIA (CHE E TERMODINAMICAMENTE

SFAVORITA) LE MOLECOLE NON POLARI VENGONO ESCLUSE DALLA FASE ACQUOSA E FORMANO DEGLI AGGREGATI (IN MODO, CIOE, CHE IL RAPPORTO SUPERFICIE-VOLUME DIMINUISCA).

I FOSFATI E GLI ZUCCHERI SONO SOLUBILI IN ACQUA MENTRE LE BASI SONO IDROFOBICHE. NELLE CATENE POLINUCLEOTIDICHE LA DISTANZA TRA DUE

DESOSSIRIBOSI ADIACENTI E DI 0.6 nm, DI CONSEGUENZA TRA LE BASI SI VIENE A CREARE UNO SPAZIO DI 0.27 nm DOVE PUO INSERIRSI DELLACQUA.

0.33nm 0.27nm 0.33nm P 0.6nm P

UN PRIMO MODO PER RIDURRE I CONTATTI DELLE BASI CON LAMBIENTE RICCO DACQUA DELLA CELLULA E QUELLO DI FORMARE DEI LEGAMI CON LE BASI DI UNALTRA CATENA

POLINUCLEOTIDICA.

0.6nm

18nm

LO SPAZIO FRA LE BASI ADIACENTI PUO ESSERE ELIMINATO FACENDO RUOTARE LASSE DELLE CATENE ZUCCHERO-FOSFATO DI 30 GRADI, IN MODO CHE LE BASI INTERAGISCANO TRA LORO CON INTERAZIONI DI TIPO IDROFOBICO TRA LE NUVOLE ELETTRONICHE DEGLI ANELLI AROMATICI

IL DNA ASSUME UNA CONFORMAZIONE AD ELICA E NON A GRADINATA PERCHE IN QUESTO CASO SI VERREBBERO A CREARE DEI CONTATTI INACCETTABILI TRA GLI ATOMI DELLE BASI

SOVRAPPOSTE. TALI CONTATTI VENGONO FACILMENTE ELIMINATI ATTRAVERSO UNA LEGGERA ROTAZIONE IN SENSO ORARIO DELLE BASI IMPILATE

CARATTERISTICHE DELLA DOPPIA ELICA DI DNA-B: ELICA DESTRORSA. IN CIASCUNA CATENA I NUCLEOTIDI ADIACENTI SONO RUOTATI LUNO RISPETTO ALLALTRO DI 34.6. PER QUESTO MOTIVO LA DOPPIA ELICA COMPLETA UN GIRO APPROSSIMATIVAMENTE OGNI 10.4 COPPIE DI BASI. CIASCUN GIRO DELLA DOPPIA ELICA SI ESTENDE PER 3.40 nm (PASSO DELLELICA). OGNI COPPIA DI BASI INCREMENTA LA LUNGHEZZA DELLELICA DI 0.33 nm. IL DIAMETRO DELLA DOPPIA ELICA E DI 2.37 nm.

SULLA SUPERFICIE DEL DNA SONO PRESENTI DUE SOLCHI: IL SOLCO MAGGIORE E QUELLO MINORE

DNA A: 1.FORMA CHE IL DNA ASSUME IN CONDIZIONI DI BASSA UMIDITA 2.NELLA CELLULA IL DNA E SEMPRE PRESENTE NELLA FORMA B INTERCALATA DA BREVI SEQUENZE IN CONFORMAZIONE A 3.HANNO, INVECE, CONFORMAZIONE A LE MOLECOLE DI RNA A DOPPIO FILAMENTO E LE MOLECOLE IBRIDE DNA-RNA

NEL DNA B LE BASI GIACCIONO VICINO ALLASSE DELLELICA, MENTRE NEL DNA A SONO SPOSTATE VERSO LESTERNO INOLTRE NEL DNA A LE BASI SONO INCLINATE DI CIRCA 20 RISPETTO ALLASSE DELLELICA. I DUE SOLCHI SONO SIMILI.

LA FORMA B DEL DNA E FAVORITA IN AMBIENTE ACQUOSO PROBABILMENTE PERCHE TALE CONFORMAZIONE NON PERMETTE LACCESSO DELLACQUA NELLINTERNO IDROFOBICO DELLA

MOLECOLA E PERMETTE, INVECE, LA FORMAZIONE A LIVELLO DEL SOLCO MINORE DI PONTI H CHE STABILIZZANO LA STRUTTURA LRNA NON PUO MAI ASSUMERE LA CONFORMAZIONE B PERCHE LOSSIDRILE IN 2 DEL RIBOSIO IMPEDISCE STERICAMENTE LA FORMAZIONE DI QUESTA STRUTTURA

LA STRUTTURA A DOPPIO FILAMENTO FORNISCE UN MODELLO SEMPLICE ED ELEGANTE PER SPIEGARE LA CAPACITA DEL DNA DI DUPLICARSI.

LA REPLICAZIONE DEL DNA E SEMICONSERVATIVA: DURANTE UN CICLO DI REPLICAZIONE CIASCUNO DEI DUE FILAMENTI E USATO COME STAMPO PER LA SINTESI DI UN NUOVO FILAMENTO COMPLEMENTARE.

AGENTI DENATURANTI: 1 2 CALORE pH < 3 >10

I CROMOSOMI SONO FORMATI DA UNUNICA MOLECOLA DI DNA ALLA QUALE SONO ASSOCIATE MOLTEPLICI PROTEINE CHE CONCORRONO A MANTENERNE LA STRUTTURA E A REGOLARE LESPRESSIONE GENICA DIMENSIONI CROMOSOMA: FAGO T7 E. Coli MAMMIFERI 40.000 PAIA DI BASI 4.000.000 PAIA DI BASI 80.000.000 PAIA DI BASI

MOLTI BATTERI CONTENGONO PLASMIDI: PICCOLE MOLECOLE DI DNA CIRCOLARE CHE CONTENGONO ALCUNE MIGLIAIA DI PAIA DI BASI. CONFERISCONO RESISTENZA AGLI ANTIBIOTICI EPISOMI: SI INTEGRANO NEL CROMOSOMA BATTERICO. PLASMIDI NON TRASFERIBILI: NON SI INTEGRANO NEL CROMOSOMA BATTERICO. PLASMIDI A CONTROLLO RILASSATO: PLASMIDI A CONTROLLO STRINGENTE: 10-100 PER BATTERIO 1-2 PER BATTERIO

I PLASMIDI SONO FACILMENTE PURIFICABILI E IN PRESENZA DI Ca++ I BATTERI CAPTANO I PLASMIDI

IL DNA CIRCOLARE RILASSATO PUO FORMARE UNA MOLECOLA A SUPERAVVOLGIMENTO NEGATIVO